C. sinensis CsHB SLG nhỏ trưởng thành Hòa Bình (Việt Nam)
F. hepatica (multiplex-PCR) (1031bp) cox1-trnT-rrnL (16S)
3.2.8.4. Đánh giá độ nhạy của kit E(Ph+Po)
Kiểm tra độ nhạy của phản ứng triplex-PCR của kit E(Ph+Po) với độ pha loãng cao nhất có thể phát hiện được, được thực hiện như sau: chọn khuôn DNA tổng số của mẫu của mẫu PhVN (P. heterotremus), PoJP (P. ohirai), được pha ở nồng độ gốc 50 ng/µl. Từ nồng độ này, DNA tổng số của các mẫu được pha loãng theo cơ số 2 (2-1đến 2-8), gấp đôi liên tục, tức là có các nồng độ sau: 20: 50ng/µl; 2-1: 25ng/µl; 2-2: 12,5ng/µl;
63
2-3: 6,25ng/µl; 2-4: 3,125ng/µl; 2-5: 1,5625ng/µl; 2-6: 0,78125ng/µl; 2-7: 0,390625ng/µl; 2-8: 0,1953125ng/µl.
Hình 3.13D. Kiểm tra độ nhạy của duplex-PCR ở các nồng độ DNA khác nhau với khuôn hỗn hợp của
P. heterotremus, P. ohirai. Ghi chú: M: Chỉ thị DNA thang 1 kb (Fermentas Inc.). Giếng: 1 = 25 ng; 2 = 12,5 ng; 3 = 6,25 ng; 4 = 3,13 ng; 5 = 1,56 ng; 6 = 0,78 ng; 7 = 0,39 ng. Đến hàm lượng DNA tổng sốở 12,5 ng; 3 = 6,25 ng; 4 = 3,13 ng; 5 = 1,56 ng; 6 = 0,78 ng; 7 = 0,39 ng. Đến hàm lượng DNA tổng sốở 0,39 ng, băng PCR vẫn còn phát hiện được (mũi tên).
Với các độ pha loãng khác nhau như thế này, 3 µl hỗn hợp DNA của mỗi một nồng độ được sử dụng làm khuôn cho phản ứng triplex-PCR với các với mồi PHEF – POHF – PHOWR, thành phần của phản ứng và theo chu trình nhiệt như Bảng 2.3 và Bảng 2.4. Sau đó, lấy 10 µl sản phẩm của mỗi phản ứng điện di kiểm tra trên thạch agarose 1% (nhuộm Ethidium bromide).
Kết quảđiện di kiểm tra độ nhạy của phản ứng triplex-PCR ở các nồng độđược trình bày ở Hình 3.13D. Kết quả cho thấy, ở nồng độ 2-7: 0,390625ng/µl, khi sử dụng 3 µl hỗn hợp DNA của cả 3 loài làm khuôn, phản ứng PCR vẫn có thể cho phép phát hiện
được sản phẩm. Sản phẩm PCR ở các nồng độ khuôn thấp (thấp hơn khoảng 0,39 ng/phản ứng) hiển thị không được rõ lắm để cho phép đánh giá kết quả. Như vậy, kit
E(Ph+Po) có thể thực hiện để phát hiện được 1 hay 2 loài sán lá phổi P. heterotremus,
P. ohirai ở nồng độ thấp nhất là 0,39 ng/phản ứng. M 1 2 3 4 5 6 7 8 250 bp 500 bp 750 bp 1 kb 598 bp 433 bp M 1 2 3 4 5 6 7 8 250 bp 500 bp 750 bp 1 kb 598 bp 433 bp M 1 2 3 4 5 6 7 8 250 bp 500 bp 750 bp 1 kb 598 bp 433 bp
64
TÀI LIỆU THAM KHẢO
Tiếng Việt (trực tiếp cho đề tài)
Nguyễn Văn Đề, Lê Thanh Hoà (2006). Xác định độ nhạy của kit đa năng (Multiplex PCR) trong chẩn đoán phân biệt loài sán lá gan nhỏClonorchis sinensis và Opisthorchis viverrini. Tạp chí Thông tin Y Dược. Số 5/2007 tr 25-28.
Lê Thanh Hoà, Nguyễn Văn Đề (2006). Xác định và phân biệt loài sán lá gan nhỏClonorchis sinensis và Opisthorchis viverrini
bằng kỹ thuật PCR đa năng (multiplex PCR). Tạp chí Y học thực hành. Số 3(537)/2006.
Nguyễn Văn Đề, Lê Thanh Hòa (2010). Sách: “Sán dây/Ấu trùng sán lợn và sinh học phân tửứng dụng (Taenia/cysticercosis and molecular application)”. Nhà xuất bản Y học, Hà Nội (326 trang).
Nguyễn Văn Đề, Lê Thanh Hoà (2006). Xác định loài Taenia saginata và Taenia asiatica gây bệnh trên người ở Việt Nam bằng sinh học phân tử. Tạp chí Y học Việt Nam, 318: 42-50.
Tiếng Anh (trực tiếp cho đề tài)
Agatsuma T, Arakawa Y, Iwagami M, Honzako Y, Cahyaningsih U, Kang SY, Hong SJ (2000). Molecular evidence of natural hybridization between Fasciola hepatica and F. gigantica.Parasitol Int. 49(3):231-8.
Ajzenberg D, Dumètre A, Dardé ML (2005). Multiplex PCR for typing strains of Toxoplasma gondii. J Clin Microbiol
43(4):1940-3.
Alhassan A, Pumidonming W, Okamura M, Hirata H, Battsetseg B, Fujisaki K, Yokoyama N, Igarashi I (2005). Development of a single-round and multiplex PCR method for the simultaneous detection of Babesia caballi and Babesia equi in horse blood. Vet Parasitol 129(1-2):43-9.
Ashrafi K, Valero MA, Massoud J, Sobhani A, Solaymani-Mohammadi S, Conde P, Khoubbane M, Bargues MD, Mas-Coma S (2006). Plant-borne human contamination by fascioliasis. Am J Trop Med Hyg 75(2):295-302.
Blair D, Chang Z, Chen M, Cui A, Wu B, Agatsuma T, Iwagami M, Corlis D, Fu C, Zhan X (2005). Paragonimus skrjabini
Chen, 1959 (Digenea: Paragonimidae) and related species in eastern Asia: a combined molecular and morphological approach to identification and taxonomy. Syst Parasitol. 60(1):1-21.
Blair D, Xu ZB, Agatsuma T (1999). Paragonimus and paragonimiasis. Adv. Parasitol. 42:113-222.
Chandler HL, Colitz CM (2006). Molecular biology for the clinician: understanding current methods. J Am Anim Hosp Assoc.
42(5):326-35. Review.
Choe SE, Nguyen TT, Kang TG, Kweon CH, Kang SW (2011). Genetic analysis of Fasciola isolates from cattle in Korea based on second internal transcribed spacer (ITS-2) sequence of nuclear ribosomal DNA. Parasitol Res. 109(3):833-9.
Coiras MT, Aguilar JC, García ML, Casas I, Pérez-Breña P (2004). Simultaneous detection of fourteen respiratory viruses in clinical specimens by two multiplex reverse transcription nested-PCR assays. J Med Virol 72(3):484-95.
Davidson RK, Oines O, Madslien K, Mathis A (2009). Echinococcus multilocularis--adaptation of a worm egg isolation procedure coupled with a multiplex PCR assay to carry out large-scale screening of red foxes (Vulpes vulpes) in Norway.
Parasitol Res. 104(3):509-14.
De Lellis L, Curia MC, Veschi S, Aceto GM, Morgano A, Cama A (2008). Methods for routine diagnosis of genomic rearrangements: multiplex PCR-based methods and future perspectives. Expert Rev Mol Diagn 8(1):41-52. Review. De NV, Le TH (2011). Human infections of fish-borne trematodes in Vietnam: prevalence and molecular specific identification
at an endemic commune in Nam Dinh province. Exp Parasitol. 129(4):355-61.
de Pita-Pereira D, Cardoso MA, Alves CR, Brazil RP, Britto C (2008). Detection of natural infection in Lutzomyiacruzi and
Lutzomyia forattinii (Diptera: Psychodidae: Phlebotominae) by Leishmania infantumchagasi in an endemic area of visceral leishmaniasis in Brazil using a PCR multiplex assay. Acta Trop 107(1):66-9.
Deng HW, Zhou Y, Recker RR, Johnson ML, Li J (2000). Fragment size difference between multiplex and singleplex PCR products and their practical implications. Biotechniques 29(2):298-304, 307-8.
Doanh PN, Shinohara A, Horii Y, Habe S, Nawa Y (2009). Discovery of Paragonimus westermani in Vietnam and its molecular phylogenetic status in P. westermani complex. Parasitol Res. 104(5):1149-55.
Doanh PN, Shinohara A, Horii Y, Habe S, Nawa Y, Le NT (2007). Description of a new lung fluke species, Paragonimus vietnamensis sp. nov. (Trematoda, Paragonimidae), found in northern Vietnam. Parasitol Res 101(6):1495-501.
Doanh PN, Shinohara A, Yoichiro Horii Y, Shigehisa Habe S, Yukifumi Nawa Y and Nguyen Thi Le NT (2008). Discovery of
Paragonimus proliferus in Northern Vietnam and their molecular phylogenetic status among genus Paragonimus. Parasitol Res 102:677–683.
Dung DT, De NV, Waikagul J, Dalsgaard A, Chai JY, Sohn WM, Murrell KD (2007). Fishborne zoonotic intestinal trematodes, Vietnam. Emerg Infect Dis. 13(12):1828-33.
Edwards MC, Gibbs RA (1994). Multiplex PCR: advantages, development, and applications. PCR Methods Appl 3(4):S65-75. Review.
Elnifro EM, Ashshi AM, Cooper RJ, Klapper PE (2000). Multiplex PCR: optimization and application in diagnostic virology. Clin Microbiol Rev. 2000 Oct;13(4):559-70. Review.
Eom KS (2006). What is Asian Taenia? Parasitol Int 55 Suppl:S137-41.
Fernandez S, Pagotto AH, Furtado MM, Katsuyama AM, Madeira AM, Gruber A (2003). A multiplex PCR assay for the simultaneous detection and discrimination of the seven Eimeria species that infect domestic fowl. Parasitology
127(4):317-25.
Frackman S, Kobs G, Simpson D, Storts D (1998). Betaine and DMSO: Enhancing Agents for PCR. Promega Notes. 27 p. González LM, Montero E, Morakote N, Puente S, Díaz De Tuesta JL, Serra T, López-Velez R, McManus DP, Harrison LJ,
Parkhouse RM, Gárate T (2004). Differential diagnosis of Taenia saginata and Taenia saginata asiatica taeniasis through PCR. Diagn Microbiol Infect Dis 49(3):183-8.
Graczyk TK, Fried B (2007). Human waterborne trematode and protozoan infections. Adv Parasitol 64:111-60. Review. Guy RA, Payment P, Krull UJ, Horgen PA (2003). Real-time PCR for quantification of Giardia and Cryptosporidium in
65
Haque R, Roy S, Siddique A, Mondal U, Rahman SM, Mondal D, Houpt E, Petri WA Jr (2007). Multiplex real-time PCR assay for detection of Entamoeba histolytica, Giardia intestinalis, and Cryptosporidium spp. Am J Trop Med Hyg 76(4):713-7. Hoberg (2006). Phylogeny of Taenia: Species definitions and origins of human parasites. Parasitol Intl 55:S23 – S30.
Hotez PJ, Brindley PJ, Bethony JM, King CH, Pearce EJ, Jacobson J (2008). Helminth infections: the great neglected tropical diseases. J Clin Invest 118(4):1311-21.
Hu M, Gasser RB (2006). Mitochondrial genomes of parasitic nematodes--progress and perspectives. Trends Parasitol.
22(2):78-84.
Huang WY, He B, Wang CR, Zhu XQ (2004). Characterisation of Fasciola species from Mainland China by ITS-2 ribosomal DNA sequence. Vet Parasitol. 120(1-2):75-83.
Ishmael FT, Stellato C (2008). Principles and applications of polymerase chain reaction: basic science for the practicing physician. Ann Allergy Asthma Immunol 101(4):437-43.
Itagaki T, Ichinomiya M, Fukuda K, Fusyuku S, Carmona C (2011). Hybridization experiments indicate incomplete reproductive isolating mechanism between Fasciola hepatica and Fasciola gigantica. Parasitology. 138(10):1278-84. Itagaki T, Kikawa M, Terasaki K, Shibahara T, Fukuda K (2005). Molecular characterization of parthenogenic Fasciola sp. in
Korea on the basis of DNA sequences of ribosomal ITS1 and mitochondrial NDI gene. J Vet Med Sci. 67(11):1115-8. Jeon HK, Chai JY, Kong Y, Waikagul J, Insisiengmay B, Rim HJ, Eom KS (2009).Differential diagnosis of Taenia asiatica
using multiplex PCR. Exp Parasitol. 121(2):151-6.
Kaderali L (2007). Primer design for multiplexed genotyping. Methods Mol Biol 402:269-86. Review.
King CH, Bertino AM (2008). Asymmetries of poverty: why global burden of disease valuations underestimate the burden of neglected tropical diseases. PLoS Negl Trop Dis. 2(3):e209.
Kubista M, Andrade JM, Bengtsson M, Forootan A, Jonák J, Lind K, Sindelka R, Sjöback R, Sjögreen B, Strömbom L, Ståhlberg A, Zoric N (2006). The real-time polymerase chain reaction. Mol Aspects Med 27(2-3):95-125. Review.
Kumar V (Ed.) (2001). Fascioliasis. In: Trematode Infections and Diseases of Man and Animals book. Kluwer Academic Publshers. pp 169-200.
Lardeux F, Tejerina R, Aliaga C, Ursic-Bedoya R, Lowenberger C, Chavez T (2008). Optimization of a semi-nested multiplex PCR to identify Plasmodium parasites in wild-caught Anopheles in Bolivia, and its application to field epidemiological studies. Trans R Soc Trop Med Hyg 102(5):485-92.
Le TH, Blair D and McManus DP (2002). Mitochondrial genomes of parasitic flatworms. Trends in Parasitology, 18:206-213. Le TH, Blair D, McManus DP (2001). Complete DNA sequence and gene organization of the mitochondrial genome of the
liverfluke, Fasciola hepatica L. (Platyhelminthes; Trematoda). Parasitology. 123(6):609-21.
Le TH, De NV, Agatsuma T, Blair D, Vercruysse J, Dorny P, Nguyen TG, McManus DP (2007). Molecular confirmation that Fasciola gigantica can undertake aberrant migrations in human hosts. J Clin Microbiol. 45(2):648-50.
Le TH, De NV, Agatsuma T, Thi Nguyen TG, Nguyen QD, McManus DP, Blair D (2008). Human fascioliasis and the presence of hybrid/introgressed forms of Fasciola hepatica and Fasciola gigantica in Vietnam. Int J Parasitol. 38(6):725- 30.
Le TH, De NV, Blair D, Sithithaworn P and McManus DP (2006). Clonorchis sinensis and Opisthorchis viverrini: development of a mitochondrial-based multiplex PCR for their identification and discrimination. Experimental Parasitology, 112(2):109-114.
Le TH, Van De N, Blair D, McManus DP, Kino H, Agatsuma T (2006). Paragonimus heterotremus Chen and Hsia (1964), in Vietnam: a molecular identification and relationships of isolates from different hosts and geographical origins. Acta Trop.
98(1):25-33.
Le, T.H., Blair, D. and McManus, D.P. (2002). Mitochondrial genomes of parasitic flatworms. Trends Parasitol, 18:206-213. Lin RQ, Ai L, Zou FC, Verweij JJ, Jiang Q, Li MW, Song HQ, Zhu XQ (2008). A multiplex PCR tool for the specific
identification of Oesophagostomum spp. from pigs. Parasitol Res 103(4):993-7.
Littlewood DT (2008). Platyhelminth systematics and the emergence of new characters. Parasite 15(3):333-41.
Liu Q, Wei F, Liu W, Yang S, Zhang X (2008). Paragonimiasis: an important food-borne zoonosis in China. Trends Parasitol
24(7):318-23. Review.
Lotfy WM, Brant SV, DeJong RJ, Le TH, Demiaszkiewicz A, Rajapakse RP, Perera VB, Laursen JR, Loker ES (2008). Evolutionary origins, diversification, and biogeography of liver flukes (Digenea, Fasciolidae). Am J Trop Med Hyg
79(2):248-55.
Macpherson CNL (2005). Human behaviour and the epidemiology of parasitic zoonoses. Int J Parasitol 35:1319–1331. Magalhães KG, Jannotti-Passos LK, Caldeira RL, Berne ME, Muller G, Carvalho OS, Lenzi HL (2008). Isolation and detection
of Fasciola hepatica DNA in Lymnaea viatrix from formalin-fixed and paraffin-embedded tissues through multiplex-PCR.
Vet Parasitol 152(3-4):333-8.
Magalhães KG, Passos LK, Carvalho Odos S (2004). Detection of Lymnaea columella infection by Fasciola hepatica through Multiplex-PCR. Mem Inst Oswaldo Cruz 99(4):421-4.
Mas-Coma S, Bargues MD, Valero MA (2005). Fascioliasis and other plant-borne trematode zoonoses. Int J Parasitol. 35(11- 12):1255-78. Review.
Mas-Coma S, Valero MA, Bargues MD (2009). Chapter 2. Fasciola, lymnaeids and human fascioliasis, with a global overview on disease transmission, epidemiology, evolutionary genetics, molecular epidemiology and control. Adv Parasitol 69:41- 146.
McCarthya J, Moore TA (2000) Emerging helminth zoonoses. Intl J Parasitol 30: 1351-1360.
Mishra K, Raj DK, Hazra RK, Dash AP, Supakar PC (2007). The development and evaluation of a single step multiplex PCR method for simultaneous detection of Brugia malayi and Wuchereria bancrofti. Mol Cell Probes 21(5-6):355-62.
Nguyen TGT, De NV, Vercruysse J, Dorny P and Le T.H (2009). Genotypic characterization and species identification of
Fasciola spp. with implications regarding the isolatesinfecting goats in Vietnam. Exp Parasitol, 123:354-361.
Nowakowska D, Colón I, Remington JS, Grigg M, Golab E, Wilczynski J, Sibley LD (2006). Genotyping of Toxoplasma gondii by multiplex PCR and peptide-based serological testing of samples from infants in Poland diagnosed with congenital toxoplasmosis. J Clin Microbiol 44(4):1382-9.
66
O'Brien EA, Zhang Y, Wang E, Marie V, Badejoko W, Lang BF, Burger G (2009). GOBASE: an organelle genome database.
Nucleic Acids Res. 37(Database issue):D946-50.
Ono K, Satoh M, Yoshida T, Ozawa Y, Kohara A, Takeuchi M, Mizusawa H, Sawada H (2007). Species identification of animal cells by nested PCR targeted to mitochondrial DNA. In Vitro Cell Dev Biol Anim 43(5-6):168-75.
Orlandi PA, Carter L, Brinker AM, da Silva AJ, Chu DM, Lampel KA, Monday SR (2003).Targeting single-nucleotide polymorphisms in the 18S rRNA gene to differentiate Cyclospora species from Eimeria species by multiplex PCR. Appl Environ Microbiol 69(8):4806-13.
Patel S, Pedraza-Díaz S, McLauchlin J (1999). The identification of Cryptosporidium species and Cryptosporidium parvum
directly from whole faeces by analysis of a multiplex PCR of the 18S rRNA gene and by PCR/RFLP of the
Cryptosporidium outer wall protein (COWP) gene. Int J Parasitol 29(8):1241-7.
Rao RU, Huang Y, Bockarie MJ, Susapu M, Laney SJ, Weil GJ (2008). A qPCR-based multiplex assay for the detection of
Wuchereria bancrofti, Plasmodium falciparum and Plasmodium vivax DNA. Trans R Soc Trop Med Hyg. 2008 Sep 16. (in press).
Robin ED, Wong R (1988). Mitochondrial DNA molecules and virtual number of mitochondria per cell in mammalian cells. J. Cell. Physiol.136(3):507-513.
Rodríguez-González I, Marín C, Longoni SS, Mateo H, Alunda JM, Minaya G, Gutiérrez-Sánchez R, Vargas F, Sánchez- Moreno M (2007). Identification of New World Leishmania species from Peru by biochemical techniques and multiplex PCR assay. FEMS Microbiol Lett 267(1):9-16.
Rougemont M, Van Saanen M, Sahli R, Hinrikson HP, Bille J, Jaton K (2004). Detection of four Plasmodium species in blood from humans by 18S rRNA gene subunit-based and species-specific real-time PCR assays. J Clin Microbiol 42(12):5636- 43.
Singh DV (2003). Hexaplex PCR for rapid detection of virulence factors. Expert Rev Mol Diagn. 3(6):781-4. Review.
Sripa B, Kaewkes S, Sithithaworn P, Mairiang E, Laha T, Smout M, Pairojkul C, Bhudhisawasdi V, Tesana S, Thinkamrop B, Bethony JM, Loukas A, Brindley PJ (2007). Liver fluke induces cholangiocarcinoma. PLoS Med 4(7):e201. Review. Sugiyama H, Morishima Y, Rangsiruji A, Binchai S, Ketudat P, Kawanaka M (2006). Application of multiplex PCR for
species discrimination using individual metacercariae of Paragonimus occurring in Thailand. Southeast Asian J Trop Med Public Health 37 Suppl 3:48-52.
Toscano C, Yu SH, Nunn P and Mott KE (1995). Paragonimiasis and tuberculosis, diagnostic confusion: a review of the literature. Tropical Diseases Bulletin 92, R1-R26.
Trachsel D, Deplazes P, Mathis A (2007). Identification of taeniid eggs in the faeces from carnivores based on multiplex PCR using targets in mitochondrial DNA. Parasitology 134(6):911-20.
Tran VH, Tran TK, Nguye HC, Pham HD, Pham TH (2001). Fascioliasis in Vietnam. Southeast Asian J Trop Med Public Health. 32 Suppl 2:48-50.
Veiga MI, Ferreira PE, Björkman A, Gil JP (2006). Multiplex PCR-RFLP methods for pfcrt, pfmdr1 and pfdhfr mutations in
Plasmodium falciparum.Mol Cell Probes 20(2):100-4.
Verweij JJ, Brienen EA, Ziem J, Yelifari L, Polderman AM, Van Lieshout L (2007). Simultaneous detection and quantification of Ancylostoma duodenale, Necator americanus, and Oesophagostomum bifurcum in fecal samples using multiplexreal- time PCR. Am J Trop Med Hyg 77(4):685-90.
WHO/WR (2002).Food-borne trematode infections in Asia.Report of the Joint WHO/FAO workshop, Hanoi, 26-28/11/2002. Willingham AL 3rd, Engels D (2006). Control of Taenia solium cysticercosis/taeniosis. Adv Parasitol 61:509-66. Review. Willms K (2008). Morphology and biochemistry of the pork tapeworm, Taenia solium. Curr Top Med Chem 8(5):375-82.
Review.
Xuan Le T, Hung NT, Waikagul J (2005). Cutaneous fascioliasis: a case report in Vietnam. Am J Trop Med Hyg. 72(5): 508-9. Yamasaki H, Allan JC, Sato MO, Nakao M, Sako Y, Nakaya K, Qiu D, Mamuti W, Craig PS, Ito A (2004). DNA differential
diagnosis of taeniasis and cysticercosis by multiplex PCR. J Clin Microbiol 42(2):548-53.
Yamasaki H, Nakao M, Sako Y, Nakaya K, Sato MO, Ito A (2006). Mitochondrial DNA diagnosis for taeniasis and cysticercosis. Parasitol Intl 55:S81 – S85.
Zarlenga DS, Barry Chute M, Gasbarre LC, Boyd PC (2001a). A multiplex PCR assay for differentiating economically important gastrointestinal nematodes of cattle. Vet Parasitol 97(3):199-209.
Zarlenga DS, Chute MB, Martin A, Kapel CM (1999). A multiplex PCR for unequivocal differentiation of all encapsulated and non-encapsulated genotypes of Trichinella. Int J Parasitol 29(11):1859-67.
Zarlenga DS, Chute MB, Martin A, Kapel CM (2001b). A single, multiplex PCR for differentiating all species of Trichinella.
67