Ngoài đầu tư trực tiếp, NHCT đó đầu tư chứng khoỏn giỏn tiếp qua uỷ thỏc đầu tư thụng qua cụng ty Chứng khoỏn NHCT, nhưng trong phương thức đầu tư trực tiếp chủ yếu thực hiện việc bảo lónh phỏt hành trỏi phiếu và sau đú nắm giữ toàn bộ lượng trỏi phiếu mà NHCT VN nhận bảo lónh phỏt hành cho đến hạn thanh toỏn, cỏc hỡnh thức khỏc như mua bỏn hưởng chờnh lệch giỏ, hoỏn đổi cỏc trỏi phiếu nhằm nõng cao mức sinh lời…mới được bắt đầu quan tõm. Hoạt động đầu tư giỏn tiếp cũng khụng sụi động, doanh số giao dịch chưa lớn, chưa được quan tõm phỏt triển, hoạt động này chỉ được triển khai khi Cụng ty Chứng khoỏn NHCT tỡm được đầu mối hấp dẫn và khụng cú nguồn vốn để thực hiện, nghĩa là NHCT VN vẫn nằm trong trạng thỏi bị động trong hoạt động uỷ thỏc đầu tư, chưa chủ động cú kế hoạch để phỏt triển hoạt động này, bờn cạnh đú, hoạt động uỷ thỏc đầu tư,
NHCT VN mới chỉ thực hiện với Cụng ty Chứng khoỏn NHCT mà chưa mở rộng ra cỏc đối tượng khỏc.
Mặc dự danh mục đầu tư chứng khoỏn đó được đa dạng hơn, song cơ cấu cỏc loại chứng khoỏn cũn rất bất hợp lý, chủ yếu là sản phẩm truyền thống. Chứng khoỏn vốn cũn chiếm một tỷ lệ quỏ thấp trong tổng danh mục, mà đõy là một trong những hỡnh thức đầu tư mang lại lợi nhuận cao, phự hợp với xu hướng phỏt triển của thị trường hiện đại. Hơn nữa, cỏc NHTM núi chung, NHCT VN núi riờng hoàn toàn cú những lợi thế nhất định để cú thể tỡm hiểu, tiếp cận và đầu tư vào cỏc doanh nghiệp đó, đang và sẽ được cổ phần hoỏ. Rất nhiều doanh nghiệp mong muốn và mời NHCT VN là cổ đụng chiến lược của mỡnh, song cú rất ớt doanh nghiệp thành cụng. Với mục tiờu trở thành tập đoàn tài chớnh vững mạnh, NHCT VN khụng thể thiếu được hoạt động đầu tư nắm quyền kiểm soỏt đối với một số doanh nghiệp, trong khi đú thực tế hiện nay, danh mục đầu tư cổ phiếu của NHCT VN quỏ nghốo nàn, khụng cú doanh nghiệp nào số lượng vốn cổ phần của NHCT cú đủ để nắm quyền kiểm soỏt, đấy là chưa núi đến với số lượng cổ phần nắm giữ như hiện tại, bất cứ lỳc nào người đại diện của NHCT VN cũng cú thể khụng đủ điều kiện để ứng cử vào Hội đồng quản trị.
Tớn phiếu kho bạc nhà nước và Ngõn hàng Nhà nước mặc dự đó giảm về tỷ trọng trờn tổng đầu tư chứng khoỏn, song số dư vẫn duy trỡ khoảng 3.000 tỷ đồng. Lói suất của tớn phiếu thường thấp nờn cú ảnh hưởng tới hiệu quả chung của hoạt động đầu tư.
Trỏi phiếu Chớnh phủ chiếm tỷ trọng rất lớn trong tổng đầu tư chứng khoỏn của NHCT. Trong tổng số trỏi phiếu Chớnh phủ NHCT VN nắn giữ, phần lớn là loại trỏi phiếu cú kỳ hạn 5 năm, cỏc kỳ hạn khỏc chiếm một tỷ trọng khụng đỏng kể.
Mặc dự năm 2006 cú sự đầu tư mạnh vào trỏi phiếu doanh nghiệp, trỏi phiếu đụ thị, đõy là những loại trỏi phiếu cú lói suất tương đối cao so với trỏi phiếu Chớnh phủ cựng kỳ hạn, song tỷ trọng của cỏc loại trỏi phiếu này cũng chỉ chiếm 10% tổng dư đầu tư chứng khoỏn.
Việc đầu tư vào cỏc chứng khoỏn chủ yếu dưới hỡnh thức đấu thầu, bảo lónh phỏt hành từ nhà phỏt hành và nắm giữ cho đến khi đến hạn, việc mua từ cỏc đối tỏc khỏc và bỏn khi chưa đến hạn rất hạn chế và chỉ chiếm một doanh số rất nhỏ. Hoạt động kinh doanh trỏi phiếu mới được triển khai, doanh số hoạt động cũn nhỏ.
Hoạt động mua bỏn cú kỳ hạn trỏi phiếu mặc dự là tương đối an toàn song cũng chưa được ỏp dụng rộng rói, do ngoài chi phớ lói suất tiền vay, cỏc bờn tham gia mua bỏn cú kỳ hạn cũn phải chi trả một lượng phớ giao dịch khi đặt lệnh mua bỏn thụng qua cỏc Cụng ty Chứng khoỏn.