Việc thiết lập một hệ thống KSNB hợp lý và hiệu quả là một vấn ựề khá phức tạp nhưng trong các bệnh viện vẫn chưa ựược chú trọng ựúng mức. Trong quá trình hoạt ựộng quản lý sử dụng kinh phắ NSNN cấp và các nguồn kinh phắ khác, bệnh viện tuân theo các quy ựịnh của pháp luật, các chắnh sách, chế ựộ, ựịnh mức và các quy chế chi tiêu nội bộ của ựơn vị, ựể quản lý và kiểm soát quá trình sử dụng kinh phắ, tài sản. Tuy nhiên, các quy ựịnh, thủ tục quản lý và kiểm soát còn mang tắnh phân tán, chưa ựược tập trung phân loại và ựánh giá có hệ thống theo các chuẩn mực và nguyên tắc hợp lý.
Việc tổ chức và duy trì hệ thống KSNB trong quản lý tài chắnh hiệu lực, hiệu quả là trách nhiệm của Giám ựốc bệnh viện nhằm mục ựắch phục vụ cho việc quản lý của chắnh Giám ựốc.
Môi trường kiểm soát
Giám ựốc ựã quan tâm và có thái ựộ ủng hộ tắch cực ựối với HTKSNB, ban hành những quy chế, quy ựịnh hoạt ựộng, xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ nhằm ựẩy mạnh tiết kiệm, chống lãng phắ, chủ ựộng khai thác các nguồn thu, có chắnh sách nhân sự ựúng ựắn. Sự chuyển ựổi nền kinh tế từ nền kinh tế tập trung quan liêu sang nền kinh tế thị trường ựịnh hướng xã hội chủ nghĩa ựòi hỏi phải thay ựổi các cơ chế chắnh sách về tài chắnh và ngân sách. Nghị ựịnh số 10/2002/Nđ - CP ngày 16/ 01/ 2002 của Chắnh phủ về chế ựộ tài chắnh áp dụng cho ựơn vị sự nghiệp có thu và sau ựó là Nghị ựịnh số 43/2006/Nđ - CP ngày 24/ 4/ 2006 của Chắnh phủ quy ựịnh quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về việc thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chắnh ựối với ựơn vị sự nghiệp công lập ựược ban hành là một trong những bước ựổi mới trong tiến trình cải cách nền kinh tế của ựất nước với mục tiêu: ựổi mới cơ chế quản lý biên chế và kinh phắ ựối với các ựơn vị sự nghiệp có thu nói chung và các bệnh viện công lập nói riêng, chắnh là tăng quyền tự chủ cho các ựơn vị và nâng cao chất lượng và hiệu quả dịch vụ. Kinh phắ hoạt ựộng do ngân sách Nhà nước cấp và các khoản thu khác ựược bổ sung ựể chi hoạt ựộng của ựơn vị. Do vậy các ựơn vị phải tiết kiệm các khoản chi tiêu ựể chi thu nhập tăng thêm cho cán bộ công nhân viên và trắch lập các quỹ. Vì vậy phải tìm ra các biện pháp giảm bớt
chi phắ, quản lý rủi ro, ựổi mới hoạt ựộng sao cho kinh tế và hiệu quả hơn. Bên cạnh ựó, công tác kiểm tra tài chắnh cũng ựược ựẩy mạnh với mục tiêu xoá bỏ mọi hành vi gian lận, lãng phắ và lành mạnh hoá các quan hệ tài chắnh. Những ựòi hỏi khách quan và bức xúc nêu trên ựã làm tiền ựề cho việc thiết lập HTKSNB trong các ựơn vị sự nghiệp công lập.
Hệ thống kế toán và thông tin kế toán
Các ựơn vị sự nghiệp công lập ựều áp dụng chế ựộ kế toán HCSN ban hành theo quyết ựịnh số 19/2006/Qđ-BTC ngày 30/ 3/ 2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chắnh. đây là một hệ thống kế toán ựã ựược bổ sung và hoàn thiện, áp dụng phù hợp với yêu cầu ựổi mới công tác quản lý tài chắnh tại các tổ chức sự nghiệp công. Hơn nữa, các ựơn vị sự nghiệp công lập ựã áp dụng phần mềm kế toán do ựó phục vụ tốt hơn cho công tác tài chắnh kế toán và việc cung cấp thông tin cũng như các báo cáo phục vụ cho công tác quản lý ựược nhanh chóng, kịp thời, chắnh xác.
Thủ tục kiểm soát
Trong các ựơn vị sự nghiệp công lập, một số thủ tục kiểm soát ựã ựược thiết lập như kiểm soát tuân thủ pháp luật, kiểm soát mục tiêu, kế hoạch ựã xây dựng, kiểm soát các chu trình nghiệp vụ tài chắnh.
Về kiểm soát tài chắnh có kiểm soát lập dự toán, quản lý tài sản kiểm soát các nguồn thu, kiểm soát các khoản chi như các khoản thanh toán cho cá nhân, quá trình mua sắm ...
Tóm lại, công tác kiểm tra, tại các ựơn vị sự nghiệp ựã có nhiều cố gắng, ựi vào nề nếp. Các nhà quản lý ựã bắt ựầu quan tâm ựến hiệu quả hoạt ựộng của HTKSNB. Tuy nhiên, HTKSNB nói chung vẫn chưa ựủ mạnh ựể ựáp ứng yêu cầu quản lý hiện naỵ Hệ thống này vẫn còn thiếu nhiều yếu tố cơ bản, chế ựộ thông tin báo cáo giữa các ựơn vị và cơ quan chủ quản chưa kịp thời và ựầy ựủ, trình ựộ về quản lý tài chắnh của thủ trưởng nhiều ựơn vị còn yếu do chỉ tập trung vào công tác chuyên môn, nhận thức về công tác kiểm tra, kiểm soát của cán bộ trong bệnh viện còn chưa ựầy ựủ.