- Thân mềm: Tổng số có 119 loài thuộc 71 giống và 42 họ thân mềm thuộc lớp chân bụng (Gastropoda) và hai mảnh vỏ (Bivalvia) đã được xác định trên rạn san hô trong vùng biển xung quanh Cù Lao Cau. Các họ có số lượng loài phong phú gồm họ Muricidae (13 loài), Conidae (11 loài), Cypraeidae (8 loài), Trochidae (7 loài), Arcidae (6 loài), Cymatidae và Strombidae mỗi họ 5 loài. Các loài có phân bố rộng và thường gặp trên phần lớn các rạn san hô trong khu vực này gồm Pinna bicolor, Drupella conus, Trochus conus, Trochus histrio và Tridacna squamosa.
Số lượng loài ghi nhận được tại các điểm khảo sát tương đối thấp, dao động từ 4 – 18 loài, trong đó các điểm rạn khu vực phía đông bắc và đông Cù Lao Cau có số loài phong phú hơn các khu vực khác. Nhìn chung, tính chất thành phần loài quần xã thân mềm có sự khác nhau đáng kể giữa các khu vực.
- Da gai: Có trên 32 loài thuộc 27 giống và 20 họ da gai kích thước lớn đã được ghi nhận. Nhìn chung, số lượng loài của mỗi họ là không nhiều (1-2 loài), ngoại trừ họ Hải sâm (5 loài) và họ cầu gai (Diadematidae 3 loài). Một số loài phổ biến và thường gặp gồm Echinothrix calamaris và Diadema setosum (họ Diadematidae), Tripnuestes gratilla (họ Toxopneustidae) và Acanthaster planci (họ Acanthasteridae). Số loài ghi nhận được tại các điểm khảo sát cũng không nhiều (từ 3-10 loài/điểm), trong đó khu vực phía đông và đông bắc Cù Lao Cau có số lượng loài cao hơn (từ 7 – 10 loài) so với phía đông bắc và tây nam.
- Giáp xác: Đã ghi nhận được 46 loài giáp xác, trong đó có nhiều loài quan trọng và có giá trị kinh tế cao. Vùng biển xung quanh Cù Lao Cau cũng
được xem là nơi phân bố của tôm hùm bông Panulirus ornatus và tôm hùm đỏ
Panulirus versicolor.
Phân bố mật độ động vật không xương sống kích thước lớn: Mật độ
tổng số của các nhóm động vật không xương sống (ĐVKXS) kích thước lớn theo Reefcheck tại 10 điểm khảo sát vào năm 2006 dao động từ 1,3 – 110,0 con/100m2, trung bình 26,4 con/100m2. Khu vực rạn ở phía bắc và đông đảo Cù Lao Cau có mật độ ĐVKXS dao động từ 1,3 – 110,0 con/100m2, cao hơn nhiều so với khu vực bãi cạn Breda (từ 1,3 – 1,8 con/100m2) và vùng ven bờ (từ 1,4 – 14,5 con/100m2). Trong thành phần của ĐVKXS, cầu gai đen Diadema spp. chiếm ưu thế với mật độ trung bình 24,4 con/100m2 (dao động từ 0,0 – 108,4 con/100m2).
Ốc đụn Trochus spp. và hải sâm Holothuria spp. cũng có mật độ rất thấp trên hầu hết các rạn, với mật độ trung bình tương đương 1,7 con/100m2 và 0,2 con/100m2. Trai tai tượng Tridacna spp. chỉ ghi nhận được tại 2 trong số 10 điểm rạn khảo sát với mật độ tối đa < 1,5 con/100m2, trong đó chủ yếu là 2 loài
Tridacna squamosa và Tridacna crocea. Tôm hùm được xem là nguồn lợi quan trọng những cũng chỉ ghi nhận được tại các điểm rạn khu vực phía bắc Cù Lao Cau với mật độ trung bình < 0,5 con/100m2. Các nhóm chỉ tiêu khác gồm ốc tù và (Charonia triton), tôm bác sĩ (Stenopus hispidus), cầu gai bút chì (Heterocentrotus mammillatus) và sao biển gai (Acanthaster planci) không được ghi nhận ở hầu hết các điểm rạn khảo sát. Sự vắng mặt hoặc hiện diện với mật độ rất thấp của sao biển gai là dấu hiệu tích cực vì đây là loài sinh vật địch hại đối với san hô. Khi có hiện tượng bùng nô hoặc hiện diện với mật độ cao, chúng sẽ tiêu diệt hàng loạt san hô và góp phần làm suy thoái rạn san hô ở nhiều khu vực trên thế giới.
Bảng 13: Nhóm chỉ thị động vật đáy cỡ lớn trong rạn san hô Cù Lao Cau
Các nhóm chỉ tiêu Khoảng dao động Trung bình
Ốc tù và 0,0 – 0,0 0,0 ± 0,0
Ốc đụn 0,0 – 8,3 1,7 ± 0,8
Trai tai tượng 0,0 – 1,3 0,1 ± 0,1
Tôm bác sĩ 0,0 – 0,3 0,03 ± 0,03
Tôm hùm 0,0 – 0,4 0,1 ± 0,04
Cầu gai đen 0,1 – 108,4 24,4 ± 12,5
Sao biển gai 0,0 – 0,1 0,01 ± 0,01
Cầu gai bút chì 0,0 – 0,0 0,0 ± 0,0
Hải sâm 0,0 – 0,5 0,2 ± 0,1
Nguồn: Nguyễn Văn Long và các cộng sự, 2006
Nguồn lợi động vật không xương sống sung quanh Cù Lao Cau bao gồm mực (chủ yếu là mực ống Loligo spp. và mực nang Sepia spp.). Điệp quạt (Chlamys nobilis), Dòm (Modiolus philippinus) có sản lượng khá lớn (chiếm khoảng 5 – 6%) với sản lượng khai thác biến thiên từ 1 – 620 tấn/năm (Võ Sĩ Tuấn, 1996). Ngoài ra, trai ngọc Pinctada spp., bào ngư Haliotis spp., ốc đụn
Trochus spp., cầu gai sọ dừa Tripneutes gratilla, hải sâm Actynopyga spp., tôm he, tôm rảo, tôm đát và tôm hùm (Panulirus spp.) cũng là những nguồn lợi có giá trị, nhưng sản lượng không nhiều.
Nguồn lợi tôm hùm được xem là quan trọng nhất trong nhòm nguồn lợi động vật không xương sống rạn san hô. Theo thông tin từ ngư dân địa phương thì khu vực phía đông và đông bắc của Cù Lao Cau có các rạn ngầm là bãi đẻ của 3 loài tôm hùm bông (Panulirus ornatus), tôm hùm đỏ (Panulirus longipes) và tôm hùm xanh (Panulirus homarus). Sản lượng khai thác có thể lên đến 8 – 10 tấn/năm. Tuy nhiên, nguồn lợi này đã bị suy giảm mạnh do bị khai thác cạn kiệt.
Giá trị sinh thái kinh tế của đa dạng sinh học: Với sự phân bố rộng, độ phủ và tính đa dạng của thành phần loài sinh vật rạn khá cao, các rạn san hô trong khu vực này tạo nên sự đa dạng cảnh quan dưới nước. Đây có thể được xem là điều kiện thuận lợi trong việc phát triển các loại hình du lịch biển trong tương lai (bơi ngắm hoặc lặn có khí tài khám phá thế giới sinh vật rạn). Bên cạnh đó, do nằm trong vùng nước trồi có nhiệt độ nước biển tầng mặt thường thấp hơn những nơi khác nên các rạn san hô trong khu vực này có tính thích ứng cao hơn và ít chịu ảnh hưởng của sự gia tăng nhiệt độ nước biển. Nhờ đó, chúng được tồn tại và phát triển và được xem như là những rạn nguồn trong việc duy trì khả năng cung cấp nguồn giống cho những khu vực lân cận ở Việt Nam và Biển Đông trong tương lai do sự biến đổi khí hậu.