Trong thành phần loài của khu hệ sinh vật biển của quần đảo trường sa có thể tách thành 2 nhóm có đặc điểm phân bố khác nhau: nhóm loài di động xa, có sự phân bố rộng theo không gian và thời gian phụ thuộc vào các yếu tố môi trường như nhiệt độ, dòng chảy... và các loài thuộc nhóm sinh vật ít di chuyển, gắn với một đảo, một khu vực nào đo như các loài sinh vật đáy, rong biển, cá san hô, động, thực vật trên cạn.
- Giun đốt: Cho đến nay mới phát hiện được 23 loài thuộc 16 giống, 11 họ của 2 lớp giun nhiều tơ và tay cuốn. Các loài giun này đều phân bố trên rạn san hô, trong các tảng san hô chết trên rạn (Phạm Đình Trọng, 1995).
- Thân mềm: Thân mềm là nhóm sinh vật đáy có số loài phong phú nhất. Tổng số đã phát hiện được 271 loài thuộc 97 giống, 51 họ, 8 bộ của lớp thân mềm. Phong phú hơn cả là lớp Gastropoda với 220 loài, tiếp đến là lớp hai mảnh vỏ Bivalvia 50 loài, lớp chân đầu Cephalopoda 2 loài và lớp song kinh Amphineuura 1 loài (Lăng Văn Kẻng, 1995).
- Giáp xác: Là nhóm sinh vật đáy có số loài phong phú thứ hai sau thân mềm. Cho đến nay đã phát hiện được 122 loài thuộc 71 giống, 14 họ. Trong đó phong phú hơn cả là họ cua quạt (Xanthidae) với 75 loài, 56 giống, chiếm tới 61% số loài giáp xác. Các họ khác có số loài ít hơn nhiều, 1-10%. Nhiều hơn cả
là họ cua bơi (Portunidae) cũng chỉ có 6 giống (8%), 13 loài (10%) (CaiYixiong at al. 1994, Phạm Đình Trọng, 1995).
- Da gai: là nhóm sinh vật đáy có số loài đã được phát hiện nghèo nàn hơn cả, mặc dù sinh vật lượng của chúng cao nhờ vào kích thước lớn. Cho đến nay mới phát hiện và thống kê được 20 loài thuộc 20 giống, 13 họ, 8 bộ, 5 lớp. Phong phú hơn cả là lớp sao biển: 9 loài, 9 giống, 5 họ, tiếp đến là lớp hải sâm: 5 loài, nhím biển 4 loài, đuôi rắn 2 loài và huệ biển 1 loài. Nhìn chung các con số này chưa phản ánh đầy đủ thành phần loài và sự đa dạng của chúng trên rạn san hô (Đào Tấn Hổ, 1991, Lăng Văn Kẻng, 1995).