Trong khu vực tuyến đi qua có nhiều khe suối nhỏ đổ ra biển, không có nước thường xuyên vào mùa kiệt nhưng lưu lượng khá lớn vào mùa mưa lũ. Trong đó đáng chú ý là suối Đá Hang có nước quanh năm, với diện tích lưu vực lớn khoảng 30,3Km2
, lưu lượng dòng chảy bình quân là 0,131m3/s và có độ dốc lớn khoảng 9 – 11%.
Trên dọc tuyến, tại những đoạn tuyến có suối cắt ngang sẽ được bố trí công trình thoát nước ngang gồm cầu bản, tràn và cống thoát nước với tổng số 49 cống với các khẩu độ khác nhau, 2 cầu bản và 1 cầu BTDƯL (cầu Đá Hang). Riêng đối với đoạn cắt qua suối Đá Hang, tuyến hiện hữu bố trí 3 tràn cắt ngang suối làm cản
trở dòng chảy vào mùa lũ, để đảm bảo việc lưu thông dòng chảy trong những ngày có lũ và đảm bảo lưu thông của các phương tiện giao thông của toàn tuyến dự án sẽ xây dựng cầu Đá Hang thay thế cho 3 tràn vượt qua hạ lưu của suối Lồ Ô với giải pháp thi công mố, trụ khoan cọc nhồi; 2 cầu bản còn trên phân đoạn Ninh Chữ - Mỹ Tân tại vị trí Km9+400 và Km11+30,05 sẽ được tận dụng và mở rộng từ 9m lên 12m cho bằng bề rộng nền đường.
Quá trình thi công mố, trụ cầu có thể sẽ phải tiến hành cắm các tường vây, cọc cừ bằng thép xung quanh. Điều này dẫn tới mặt thoáng của các con suối này bị thu hẹp, dòng chảy thoát lũ của suối có thể bị hạn chế khi xảy ra mưa lớn, ảnh hưởng lớn đến chế độ dòng chảy có thể gây ra hiện tượng xói lở bờ suối gây sạt lở ở những vị trí nền đất yếu,... Tuy nhiên giải pháp thiết kế cầu, cống được đề xuất dựa trên cơ sở tính toán lưu lượng dòng nước cực đại của từng vị trí bố trí cầu cống. Vì vậy, khi hệ thống thoát nước ngang đi vào vận hành đảm bảo tốt lưu thông nước trong mùa mưa lũ.
Ngoài ra các biện pháp phòng ngừa tắc nghẽn dòng chảy như nạo vét, khai thông dòng chảy và duy tu các công trình thoát nước cũng như xây dựng bờ kè tại vị trí các cống sẽ góp phòng hạn chế khả năng sinh lũ tại khu vực cũng như phòng ngừa khả năng xảy ra xói mòn, sạt lở 2 bên bờ chân cầu, miệng cống, đặc biệt việc thi công móng cầu sẽ được tiến hành trong thời gian mùa khô để tránh những thiên tai cho công trình cũng nhưng không làm ảnh hưởng đến dòng chảy.