1) Giai đoạn giải phóng mặt bằng
Đối với hệ thực vật:
Như đã nêu ở phần trên, khi triển khai thi công tuyến đường diện tích đất rừng thu hồi là 51,29 ha, đi qua các tiểu khu 162 và tiểu khu 168 thuộc vùng đệm của rừng quốc gia Núi Chúa. Đặc điểm hiện trạng rừng dọc tuyến chủ yếu là hiện trạng rừng lùn trên núi đá (IVc) với đặc điểm là rụng lá vào mùa khô, thân thấp, lùn, vỏ dày hoặc có gai, lá nhỏ dày và mọc trên đất khô cằn, số ít diện tích cây dọc theo suối nước thân cây cao, to, thường xanh, có tầng đất mặt mỏng, đá lộ đầu nhiều, độ che phủ đất đạt từ 60-70%, độ tàn che nhỏ từ 0,3-0,4%, hầu như không có cây gỗ lớn (có D<25 cm), chủ yếu là các loài cây chịu hạn có đường kính nhỏ (đường kính trung bình khoảng 11,8cm), chiều cao thấp ít có giá trị kinh tế nhưng có giá trị về phòng hộ và cảnh quan. Còn lại, chạy dọc theo tuyến biển chủ yếu là hiện trạng núi đá, ngoài ra, có đoạn nhỏ tuyến đường đi qua các con suối, trong đó có suối Đá Hang nước chảy quanh năm, hiện trạng rừng nơi đây là hiện trạng rừng phục hồi IIa có đặc điểm phân bố nơi có tầng đất mặt lớn, ven suối, cây cao có độ tàn che từ 0,3- 0,4%. khối lượng thực vật phát quang trong quá trình thi công đường ước tính khoảng 5128,8 – 6154,5 m3, trong đó trữ lượng gỗ chặt hạ khoảng 1212,3 m3
gỗ có đường kính trung bình là 11,8cm.
Đối với hệ động vật:
Việc chặt hạ cây cối, phát quang thảm thực vật sẽ ảnh hưởng đến nơi cư trú của các loài như: phá hủy hang ổ cư trú của các loài bò sát như các loài rắn; chuột, thỏ, làm mất nơi làm tổ của các loài chim, sẽ gây ảnh hưởng đến hoạt động di cư của các đàn chim.
Tiếng ồn, ánh sáng đèn của máy móc, thiết bị thi công tuy không ảnh hưởng tới cây rừng nhưng ảnh hưởng tới các loài động vật nhạy cảm với tiếng ồn, ánh sáng trong đó các loài chim, các loài thú lớn sẽ bị ảnh hưởng nhiều nhất. Từ đó có thể làm thay đổi nơi sống của các loài này. Tuy nhiên, phạm vi ảnh hưởng của tiếng ồn là không lớn, chỉ trong phạm vi cách mỗi bên đường 100m, tương đương với phần diện tích rừng chịu tác động là 205 ha (tổng chiều dài các đoạn tuyến đi qua Vườn
Quốc gia Núi Chúa khoảng 10,25Km). Tuy nhiên các loài động vật rất nhạy cảm, chúng phát hiện thấy sự xuất hiện và tiếng động của con người, máy móc thi công sẽ xảy ra hiện tượng di cư tìm điểm cư trú khác trong rừng và tìm nguồn nước suối khác để uống nước và kiếm ăn. Nhìn chung khi xây dựng dự án sẽ không có xảy ra mất mát gì về động vật đặc biệt là các loài thú của Vườn Quốc gia Núi Chúa, nhưng sẽ gây tác động đến “tập quán” sống của động vật.
Về thành phần hệ động vật: dựa theo kết quả điều tra khảo sát thành phần động vật xuất hiện thường xuyên trong khu vực dự án ở tần xuất cao là các loài bò sát và các loài lưỡng cư như rồng đất (Physignathus cocincinus), kỳ đà vân (Varanus nebulosus), trăn đất (Python molurus), trăn gấm (Python reticulatus), rắn ráo thường (Ptyas korros), rắn ráo trâu (Ptyas mucosus), rắn cạp nong (Bungarus fasciatus), rắn hổ mang (Naja naja), rắn hổ chúa (Ophiophagu ha)… Hang động trú ngụ của các loài này cũng phân bố nhiều dọc tuyến, khi thi công san ủi thì các hang động sẽ bị phá hủy theo.
Đối với hệ sinh thái biển, tuy tuyến đường có những đoạn đi gần sát biển nhưng cũng cách bờ biển khá xa (điểm gần nhất khoảng 100 – 200m) do đó các hoạt động của dự án sẽ không gây tác động đến hệ sinh thái biển.
Như vậy, với tổng diện tích Vườn Quốc gia Núi Chúa là 22,513ha, trong đó diện tích đất có rừng là 17,223 ha thì diện tích chặt hạ 51,287 ha chiếm 0,22% diện tích Vườn Quốc gia Núi Chúa và chiếm 0,29% diện tích rừng bị mất, với diện tích nhỏ như vậy thì việc tác động tới hệ sinh thái tự nhiên trong khu vực là rất thấp. Riêng đối với hệ động vật thì các tác động do tiếng ồn, ánh sáng từ hoạt động thi công xây dựng ít nhiều cũng tác động đến tập tính sinh sống và cư trú của các loài, song với phạm vi tác động khoảng 205ha so với diện tích đất Vườn Quốc gia Núi Chúa thì những tác động này cũng không đáng kể.
2) Giai đoạn thi công
Tiếng ồn, rung và chấn động do xe tải máy móc vận hành là nguồn gây tác động cần được quan tâm của dự án. Với mức độ ồn trong khoảng 94-105dBA thì phạm vi bị ảnh hưởng của tiếng ồn sẽ nằm trong bán kính dưới 100m, tuy nhiên trong phạm vi dự án sự xuất hiện của các loài động vật là khá ít, vị trí tuyến đường
chỉ là khu vực các loài động vật thường đi qua để xuống các nguồn nước uống nước và tìm thức ăn. Diện tích khu vực dự án thuộc vùng đệm của rừng quốc gia Núi Chúa. Đây chưa phải là khu vực cư trú của nhiều loài động vật đặc hữu, với số lượng loài ít (chủ yếu là các loài bò sát) và không có loài động vật quý hiếm nào thuộc sách đỏ nằm trong khu vực này nên nhìn chung ảnh hưởng của tiếng ồn lên động vật trong khu vực dự án là không đáng kể.
Tuy nhiên, loài rùa biển là động vật rất nhạy cảm với tiếng ồn và ánh sáng. Từ tháng 2 đến tháng 9 là mùa sinh sản chung của các loài rùa biển, trong thời gian này rùa sẽ lên bờ đào hố để đẻ trứng, do vậy tiếng ồn của máy móc thi công sẽ làm rùa không dám lên bờ đẻ trứng, chúng có thể sẽ tự tìm vị trí đẻ, điều này sẽ ảnh hưởng lên chức năng bảo tồn rùa biển của Vườn Quốc gia Núi Chúa. Do đó, tại những khu vực thi công gần biển sẽ hạn chế khối lượng thi công và sử dụng các thiết bị thủ công là chủ yếu, không sử dụng máy đóng cọc, búa…Ngoài ra dự án cam kết không thực hiện nổ mìn tại những vị trí giáp biển và cũng như không thi công vận hành máy móc vào ban đêm.