- Tính cho đến nay khối lượng giao dịch trên Sàn là rất thấp. Số lượng cà phê gửi kho hầu hết chỉ được giao dịch thỏa thuận ngoài với sự giám sát của Trung tâm, còn khối lượng giao dịch cà phê kỳ hạn hầu hết đều do Thành viên Môi giới tạo lập. Thiếu giao dịch trên Sàn dẫn đến các hợp đồng được mở lại không thể giao dịch được vì không có lệnh đối ứng. Điều này làm cho các điều khoản hợp đồng cà phê kỳ hạn mất đi những tính chất đặc trưng như đánh giá trạng thái hàng ngày, tất toán vị thế mở…
- Mô hình hoạt động giao dịch hàng hóa qua Sở giao dịch hàng hóa hiện nay chưa hoàn thiện về chính sách nhà nước như chưa có quy định về hoạt động tạo lập thị trường, hướng dẫn hoạt động của ngân hàng thanh toán bù trừ, thuế, phí v.v...
- Thiếu cơ chế chính sách khuyến khích phát triển Sở giao dịch hàng hóa.
- Chưa thiết lập được đơn vị tạo lập thị trường nhằm tạo ra sự mua bán sôi động (có người bán thì phải có người mua và ngược lại), nhằm tăng tính thanh khoản của thị trường, từ đó mới thu hút các thành viên tham gia bảo hiểm và đầu tư.
- Hệ thống ngân hàng là khâu then chốt trong tổ chức hoạt động tại Sở giao dịch nhưng còn vướng các quy định của ngân hàng Trung ương nên mức độ tham gia rất hạn chế. Điều này dẫn đến chưa có sự cạnh tranh và tạo ra các chính sách ưu đãi cho người sản xuất, doanh nghiệp kinh doanh cà phê tham gia thị trường.
- Cơ chế tài chính hiện tại (ngân sách hoạt động do Ngân sách nhà nước cấp) chưa cho phép Trung tâm thực sự chủ động trong các hoạt động đầu tư cơ sở vật chất (hạ tầng công nghệ thông tin, hệ thống kho hàng...), đầu tư cho công tác truyền thông. Mặt khác, việc triển khai các hoạt động đầu tư của Trung tâm phải thông qua nhiều
cấp thẩm định, phê duyệt dẫn đến hiệu quả thấp hoặc quá mất quá nhiều thời gian cho việc chấp thuận chủ trương như trường hợp đề nghị Công ty TNHH Pacorini Việt Nam là đơn vị quản lý kho hàng tại Trung tâm. Ngoài ra, Trung tâm hiện không chủ động trong việc đề ra các chính sách về các loại phí được thu tại Trung tâm, cơ chế tài chính (thuế, hóa đơn, chứng từ) áp dụng cho hoạt động của sàn giao dịch hàng hóa còn nhiều vướng mắc.
- Nguồn nhân lực đảm bảo trình độ, chuyên môn và kinh nghiệm vận hành, quản lý hoạt động Sở giao dịch hàng hóa còn hạn chế.
- Các chính sách thắt chặt tiền tệ được Ngân hàng Trung ương áp dụng nhằm kiềm chế lạm phát đã khiến cho nguồn tín dụng vào Trung tâm gặp khó khăn, do đó chưa có sự cạnh tranh và tạo ra các chính sách ưu đãi cho người sản xuất, doanh nghiệp kinh doanh cà phê tham gia thị trường.
- Các đơn vị phối hợp cũng rất khó khăn về tài chính dẫn đến không triển khai được hoạt động hỗ trợ, tạo dựng thị trường giao dịch.
- Công tác quản lý kho hàng tiềm ẩn nhiều rủi ro, đơn vị hoạt động trong lĩnh vực logistic lại yếu về tài chính, dẫn đến thiếu công cụ bảo đảm an toàn khi rủi ro mất hàng, giảm chất lượng hàng…xảy ra.
- Chưa phát triển được nhiều đơn vị quản lý kho hàng và thiết lập hệ thống kho thuận tiện cho người sản xuất với mức chi phí tốt nhất.