Từ kết quả giải trình tự nucleotide hai chiều của gen chi trong vector
tách dòng pJET1.2::chi, trình tự gen chi đƣợc xử lý, ghép nối thành đoạn gen hoàn chỉnh. Trình tự nucleotide của gen chi của chủng B. licheniformis
KNUC213 (Phụ lục 4) có độ dài 1731 nucleotide mã hóa cho protein gồm 576 amino acid, khối lƣợng phân tử theo tính toán là 63 kDa, điểm đẳng điện pI là 5,26. Trình tự gen chi trong nghiên cứu đã đƣợc đăng ký trên ngân hàng cơ sở dữ liệu GenBank (NCBI) dƣới mã số truy cập JN662350.
Khi so sánh trình tự gen chi của chủng B. licheniformis KNUC213
(JN662350) với các gen tƣơng ứng của các chủng B. licheniformis khác trên GenBank (NCBI) cho thấy độ tƣơng đồng trình tự cao (đạt 97 ÷ 98%). Khi dịch mã gen chi của chủng B. licheniformis KNUC213 sang trình tự amino
acid suy diễn, chúng tôi nhận thấy có 3 nucleotide mã hóa cho 1 amino acid ở vị trí 567 bị mất. Tuy nhiên việc thiếu vị trí amino acid này đã không ảnh hƣởng đến khung đọc mở (Open Reading Frame, ORF) và vị trí trung tâm hoạt động của chitinase ở vị trí 234 (Hình 3.7).
Hình 3.7. So sánh trình tự amino acid suy diễn từ gen chi của chủng B.
licheniformis KNU213 với trình tự protein tƣơng ứng từ các chủng B. licheniformis khác đƣợc đăng ký trên GenBank (NCBI). (Dấu sao (*) thể hiện sự
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn
tƣơng đồng trong trình tự amino acid của các enzyme chi. Khung chữ nhật thể hiện vùng
trình tự amino acid của chủng gốc B. licheniformis KNUC213 sai khác hoặc bị xóa 1
amino acid).
Bên cạnh đó, so sánh độ tƣơng đồng trình tự amino acid suy diễn từ gen chi từ B. licheniformis KNUC213 (mã số AEQ55312, trình tự đƣợc gạch chân) với các trình tự amino acid của gen chi từ các chủng B. licheniformis
khác cho tỷ lệ tƣơng đồng đạt 95÷98% (Bảng 3.4). Ngoài ra, trình tự protein suy diễn trong nghiên cứu thể thể hiện độ tƣơng đồng cao nhất với trình tự protein tƣơng ứng từ B. licheniformis DSM 8785 (mã số truy cập
ACK44109).
Bảng 3.4. Kết quả so sánh độ tƣơng đồng trình tự amino acid của endochitinase từ B. licheniformis KNUC213 (AEQ55312) với các trình tự amino acid của chitinase tƣơng ứng từ các chủng B. licheniformis khác đƣợc đăng ký trên GenBank (NCBI).
Mã truy cập ACU43581 ACM46020 ACK44109 AEQ55312 ACW83016 ACU43581 100,0
ACM46020 99,5 100,0
ACK44109 95,6 96,5 100,0
AEQ55312 95,3 95,8 98,5 100,0
ACW83016 93,8 96,7 96,7 97,0 100,0
Ghi chú: ACU43581: Trình tự amino acid của chitinase của chủng B. licheniformis N1;
ACM46020: trình tự amino acid của chitinase của chủng B. licheniformis CBFOS-03;
ACK44109: trình tự amino acid của chitinase của chủng B. licheniformis DSM 8785;
AEQ55312: trình tự amino acid của chitinase của chủng B. licheniformis KNUC213;
ACW83016: trình tự amino acid củachitinase của chủng B. licheniformis DSM 13.
Các kết quả phân tích trình tự cho thấy đoạn gen đƣợc tách dòng từ chủng B. licheniformis KNUC213 là gen chi mã hóa cho endochitinase. Theo một số tác giả, endochitinase của các chủng B. licheniformis có ái lực mạnh
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn
tạo thành các chitooligosaccharide. Gen chi do đó đƣợc sử dụng làm nguồn
gen nhằm biểu hiện rCHI trong nấm men P. pastoris.