Một là: Bộ máy tổ chức gọn nhẹ, có hiệu lực thì giải quyết công việc mới
hiệu quả. Trong bộ máy tổ chức quan trọng nhất là mô hình tổ chức, cơ cấu các phòng ban nghiệp vụ và trình độ phẩm chất của mỗi ngƣời ở từng vị trí.
Hai là: Quy trình nghiệp vụ là yếu tố quan trọng ảnh hƣởng trực tiếp tới
công tác kiểm soát chi đầu tƣ XDCB. Vì vậy Quy trình nghiệp vụ phải đƣợc xây dựng theo hƣớng cải cách thủ tục hành chính, quy định rõ thời hạn giải quyết công việc, trình tự công việc phải thực hiện một cách khoa học. Đồng thời cũng quy định rõ quyền hạn cũng nhƣ trách nhiệm của từng bộ phận.
Ba là: Trình độ chuyên môn của cán bộ kiểm soát chi đầu tƣ. Yếu tố con
ngƣời luôn là yếu tố có tầm quan trọng đặc biệt đối với mọi hoạt động. Nếu cán bộ có năng lực chuyên môn tốt sẽ loại trừ đƣợc các thiếu sót và sai phạm trong các hồ sơ thanh toán, cũng nhƣ trợ giúp cung cấp đầy đủ thông tin cho cấp lãnh đạo và đơn vị sử dụng ngân sách nói chung cũng nhƣ vốn đầu tƣ XDCB nói riêng. Ngƣợc lại nếu năng lực chuyên môn kém, tất yếu sẽ không thể hoàn thành tốt công tác đƣợc giao, không phát hiện ra sai phạm và gây thất thoát cho Nhà nƣớc. Vì vậy việc tăng cƣờng bồi dƣỡng cho lực lƣợng cán bộ luôn là mối quan tâm thƣờng xuyên.
Bốn là: Trang thiết bị, cơ sở vật chất kỹ thuật. Kiểm soát chi NSNN qua
KBNN đòi hỏi yêu cầu hiện đại hoá về công nghệ nhất là trong hoàn cảnh hiện nay khi khối lƣợng vốn giải ngân qua KBNN ngày càng lớn. Việc phát triển ứng dụng công nghệ thông tin sẽ giúp tiết kiệm thời gian giải quyết công việc. Đảm bảo công việc diễn ra nhanh chóng, chính xác và thống nhất. Do đó việc xây dựng một cơ sở vật chất kỹ thuật công nghệ hoàn chỉnh cho toàn bộ hệ thống KBNN là một đòi hỏi tất yếu.