Hiện nay, hệ thống NHTM Việt Nam đông đảo về số lượng và đa dạng về quy mô. Tùy thuộc vào quy mô và cơ cấu của từng ngân hàng mà các quy trình nội bộ được thiết lập. Loại rủi ro hoạt động này xảy ra với một số NHTM Việt Nam là do quy trình nội bộ của từng ngân hàng còn tồn tại nhiều điểm bất cập, chưa thực sự phù hợp với hoạt động quản lý kinh doanh, tạo kẽ hở cho kẻ xấu lợi dụng, gây thiệt hại cho ngân hàng.
Rủi ro quy trình nội bộ bắt nguồn từ các nguyên nhân như: Việc nới lỏng và kiểm soát thiếu chặt chẽ dẫn đến sai sót trong công việc của người quản lý, theo dõi; Các cán bộ quản lý và nhân viên cả tin dễ dãi hoặc không nghiêm túc thực hiện quy trình công tác theo quy định của ngân hàng nên bị đồng nghiệp lợi dụng dẫn đến xảy ra sai sót, rủi ro; các cán bộ của ngân hàng cố tình thực hiện sai quy trình, thông đồng với nhau và với khách hàng để làm giả hồ sơ, giấy tờ, thực hiện các nghiệp vụ khi không đủ tiêu chuẩn, điều kiện theo quy định ...
động thường xảy ra trong hoạt động huy động vốn như: Đối tượng hủy giấy gửi tiền của khách hàng và làm giả giấy gửi tiền mạo tên người khác và ghi số tiền gửi ít hơn, tạo ra số tiền chênh lệch; hoặc trong các giao dịch của khách hàng gửi tiền, các đối tượng phạm tội bằng cách ghi vào sổ tiết kiệm đúng số tiền mà khách hàng gửi tiền tiết kiệm, ký tên, đóng dấu giao cho khách hàng giữ, nhưng sau đó hủy giấy gửi tiền mà khách hàng tự kê khai và làm giả giấy gửi tiền khác với số tiền ghi ít hơn số tiền gửi thực của khách hàng và lúc đó mới hạch toán vào hệ thống chứng từ của ngân hàng, chiếm đoạt số tiền chênh lệch ngoài sổ sách. Với những khách hàng gửi góp theo tháng, khi khách hàng đến gửi tiền tiết kiệm lần đầu, đối tượng thường hạch toán đầy đủ vào hệ thống chứng từ nhưng lần sau thì đối tượng không hạch toán số tiền gửi của khách hàng vào hệ thống chứng từ nữa mà chiếm đoạt luôn số tiền đó. Một số trường hợp khác đối tượng phạm tội làm giả giấy rút tiền, mạo tên khách hàng gửi tiền tiết kiệm để rút một phần tiền từ ngân hàng; Với những trường hợp rút tiền mặt bằng séc, đối tượng có thể sửa chữa, thêm số vào trước số tiền rút để chiếm đoạt…; Hay như trong hoạt động cấp tín dụng, do khâu kiểm soát không chặt chẽ đã dẫn đến việc cán bộ tín dụng không thực hiện đúng quy trình của ngân hàng, cho vay những khách hàng không đủ điều kiện mà không bị phát hiện hoặc được che giấu, thông đồng trong suốt thời gian dài.
Một số vụ việc nổi cộm có thể kể đến như: Vụ việc tại Vietinbank chi nhánh Long Thành: Từ năm 2006 đến tháng 4/2008, 07 cán bộ ngân hàng gồm Giám đốc chi nhánh Trần Thị Thanh Nga, Phó Giám đốc Nguyễn Đức Dũng, Trưởng Phòng khách hàng, Phó Phòng khách hàng và 03 cán bộ tín dụng đã vi phạm nghiêm trọng trong việc cấp tín dụng cho khách hàng. Trong đó, Bà Nga và ông Dũng trực tiếp ký duyệt hàng loạt hợp đồng tín dụng vay đối với một số khách hàng (gồm 150 hợp đồng tín dụng, tổng số tiền vay 423 tỷ đồng) để kinh doanh nhưng hồ sơ không có giấy phép kinh doanh, không thẩm định tài sản của khách hàng, cho vay sai mục đích và vượt định mức không thông qua hội đồng tín dụng. Sau khi Vietinbank kiểm tra đã phát hiện những khách hàng trên tập trung vào 03 nhóm khách hàng gồm: họ Hồ, họ Lê, họ Vũ (03 nhóm họ) và đại diện là các ông, bà: Bà Hồ Thị Yến
Vy, Ông Lê Thanh Mão, Bà Vũ Thị Hoa là người đứng vay và sử dụng tiền vay. Sự “phóng khoáng” của các cán bộ ngân hàng này đã gây thiệt hại lớn cho Nhà nước, các khoản nợ không có khả năng thu hồi. Vietinbank đã đình chỉ các chức vụ Giám đốc, 1 Phó giám đốc của chi nhánh và các cán bộ tín dụng liên quan. Hiện 07 cán bộ của Vietinbank chi nhánh Long Thành và đại diện 03 nhóm họ đã bị bắt tạm giam theo phê chuẩn của Viện Kiểm sát tỉnh Đồng Nai ngày 3/11/2010. Vụ việc này cho thấy sự thiếu chặt chẽ trong từng quy trình cho vay, thiếu sự kiểm tra, giám sát trong và sau cho vay..., dẫn đến việc các cán bộ trong nội bộ ngân hàng thông đồng với nhau và với khách hàng, gây thiệt hại lớn về vật chất và uy tín cho ngân hàng.
Một vụ việc khác là tại Vietinbank chi nhánh Trà Nóc (Cần Thơ): Bà Trần Thị Phương - giám đốc và các cán bộ có liên quan của chi nhánh Vietinbank đã cho Công ty An Khang (Cần Thơ) vay vốn bằng hồ sơ chứng từ không có giá trị. Hậu quả là đến cuối tháng 6/2011, dư nợ của doanh nghiệp này tại Vietinbank chi nhánh Trà Nóc lên đến gần 150 tỉ đồng, khó có khả năng thu hồi. Tháng 7/2011, Bà Trần Thị Phương - giám đốc chi nhánh Vietinbank đã bị hội đồng kỷ luật của Vietinbank cách chức vì sai phạm trong công tác quản trị điều hành, xử lý nghiệp vụ tín dụng.
Ngoài ra, trên thực tế đã có không ít trường hợp tài sản bảo đảm lưu tại kho không quản lý sát sao dẫn đến sơ hở để cán bộ có thể tráo đổi tài sản gây thiệt hại cho ngân hàng. Như vụ án của Phạm Chí Vinh là cán bộ kho quỹ của Techcombank Hoàn Kiếm, đã lợi dụng kẽ hở trong khâu kiểm kê, bàn giao hồ sơ tài sản thế chấp để dùng thủ đoạn tráo đổi, rút ruột các bao bì đựng các giấy tờ có giá của khách hàng, sau đó Vinh đã đưa giấy lộn cho vào phong bì niêm phong rồi chuyển cho kho quỹ quản lý. Với thủ đoạn này Vinh đã biển thủ 1,28 tỷ đồng trái phiếu Chính phủ và 8.000 USD. Vụ việc xảy ra do sự thiếu sót trong khâu kiểm soát, cán bộ đã không thực hiện đúng quy trình về giao nhận tài sản bảo đảm, cầm cố; Hay như vụ việc của Nguyễn Thanh Hà, cán bộ Agribank Việt Nam, chi nhánh Tam Trinh đã làm giả chứng từ của 51 khách hàng và 59 món tiền gửi tiết kiệm, không nhập kho quỹ và không hạch toán vào hệ thống của ngân hàng để chiếm đoạt gần 2 tỷ đồng…
Những vụ việc nêu trên là ví dụ điển hình dẫn đến rủi ro hoạt động cho ngân hàng mà nguyên nhân bắt nguồn từ sự thiếu chặt chẽ trong một số khâu hoạt động nghiệp vụ của ngân hàng, đặc biệt là khâu giao dịch và thẩm định cho vay, tạo kẽ hở cho các cán bộ có thể lợi dụng, thực hiện sai các quy trình, quy định của ngân hàng. Mặt khác, về phía khách hàng , do một số người quá cả tin hoặc thiếu cẩn trọng nên đã không kiểm tra chữ ký, không thực hiện đúng các quy định về giao dịch tiền tệ khi gửi hoặc rút tiền, sử dụng séc, không thường xuyên kiểm tra tài khoản… từ đó vô tình tạo điều kiện cho các đối tượng xấu lợi dụng.