Thứ nhất,do có sự vướng mắc giữa quy trình, thủ tục của nhà tài trợ so
với quy định của Chính phủ Việt Nam trong khâu thẩm định, phê duyệt dự án hay quy chế đấu thầu, mua sắm trang thiết bị, thủ tục giải ngân.
Bên cạnh đó, một số quy ước của nhà tài trợ còn tương đối mới, do đó Ban quản lý dự án phải mất nhiều thời gian làm quen, tiếp cận cùng với những điều kiện chặt chẽ về thủ tục phê duyệt đòi hỏi nhiều loại giấy tờ, qua nhiều bước nên thời gian chuẩn bị dự án cũng như công tác giải ngân, thực hiện dự án bị kéo dài.
Thứ hai,những bất cập về thủ tục hành chính trong nước.
Nhìn chung quy định, thủ tục trong nước còn nhiều rườm rà, phức tạp, chưa rõ ràng, quá nhiều các công đoạn xét duyệt với sự có mặt của nhiều cơ
quan Nhà nước khác nhau khiến cho thời gian kéo dài, gây cản trở cho công tác chuẩn bị và thực hiện dự án, thậm chí cả công tác giải ngân.
Trong thủ tục thanh toán, thời gian chờ xem xét giải quyết của Bộ Tài chính, Sở GTVT thành phố Hải Phòng, Kho bạc cũng thường kéo dài hơn một tuần, thủ tục giữa Ban quản lý dự án và các bên cung cấp dịch vụ, nhà thầu, tư vấn có khi đến một tháng. Số lượng văn bản, giấy tờ hợp lệ phải xác nhận trong các thủ tục cũng rất nhiều. Chính khoảng thời gian bị kéo dài này đã làm ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện và tiến độ giải ngân của dự án.
Thứ ba, ảnh hưởng của lạm phát, giá cả và tỷ giá hối đoái.
Trong năm 2010 lạm phát cao đẩy giá nguyên vật liệu, hàng hóa tăng cao làm cho chi phí bị đội lên, vượt qua mức dự toán ban đầu khi phê duyệt dự án. Ngoài ra, đồng Việt Nam bị mất giá làm cho dự phòng trượt giá nội tệ trong biên bản đàm phán với nhà tài trợ có sự chênh lệch lớn dần đến phải xin điều chỉnh dự phòng trượt giá. Điều này cũng ảnh hưởng đến tiến độ giải ngân của dự án.
Bên cạnh đó còn phải kể đến một số nguyên nhân khách quan khác gây nên chậm tiến độ giải ngân như: dự án được thực hiện trên địa bàn rộng; sự khác biệt về ngôn ngữ trong các văn bản quy định, các hiệp định…; nguồn cung cấp vật liệu khó khăn; thời tiết mưa nhiều; không đủ trang thiết bị và nhân lực trên công trường; nhà thầu gặp vấn đề cung cấp vật liệu do thiếu nhà cung cấp; chậm tiến độ thi công hầm, báo cáo khảo sát đất, bản vẽ thi công, phối hợp trên công trường yếu do các thủ tục liên lạc kém và thiếu hệ thống kế hoạch tốt…nên việc chuẩn bị cũng như thực hiện dự án có nhiều khó khăn, ảnh hưởng đến tiến độ giải ngân dự án nói riêng và tiến độ thực hiện dự án nói chung.