Trước năm 2000, hầu hết các bệnh viện hoạt ựộng theo cơ chế ựơn vị hưởng ngân sách Nhà nước với một phần ngân sách thu từ viện phắ. Theo cơ chế bao cấp, NSNN cấp cho bệnh viện ựược chi cho ựầu tư cơ sở hạ tầng, trang thiết bị (chi phát triển) và các khoản chi phắ trực tiếp cho dịch vụ KCB (chi thường xuyên). Các bệnh viện có vai trò vừa là người cung cấp dịch vụ khám, chữa bệnh vừa là người hoàn trả chi phắ dịch vụ ựã cung cấp. Phần lớn các cơ sở khám, chữa bệnh bị rơi vào tình trạng thiếu nguồn lực, hạn chế việc cung ứng dịch vụ y tế có chất lượng. Thiếu thuốc, thiếu vật tư y tế, cơ sở hạ tầng không ựược nâng cấp là tình trạng chung của hầu hết bệnh viện, kể cả ở cả tuyến trung ương. Trong lúc này phương châm ỘNhà nước và nhân dân cùng làmỢ ựã ựược nhấn mạnh. Các hình thức hành nghề y dược tư nhân, Ộkhám chữa bệnh ngoài giờỢ của cán bộ y tế Nhà nước ựược cho phépẦ
Từ năm 2000 ựến nay, các bệnh viện công lập ựang có sự chuyển ựổi mạnh mẽ về cơ chế tài chắnh qua việc triển khai thực hiện các chủ trương Ộxã hội hóaỢ và giao quyền tự chủ tài chắnh. Mục ựắch chung là: 1) Huy ựộng sự ựóng góp của cộng ựồng xã hội ựể phát triển các hoạt ựộng sự nghiệp y tế; 2) Chuyển các cơ sở cung
ứng dịch vụ y tế công lập sang cơ chế tự chủ cung ứng dịch vụ công ắch không bao cấp tràn lan và không nhằm lợi nhuận; 3) Từng bước chuyển ựổi việc cấp kinh phắ hoạt ựộng thường xuyên cho các cơ sở KCB sang cấp trực tiếp cho ựối tượng thụ hưởng dịch vụ y tế do Nhà nước cung cấp thông qua hình thức Bảo hiểm y tế (BHYT).
Quá trình chuyển ựổi này vẫn chưa chấm dứt, song bước ựầu ựã ựạt ựược những kết quả ựáng khắch lệ. đó là:
Thực hiện cơ chế tự chủ ựã góp phần nâng cao tắnh năng ựộng của các ựơn vị, huy ựộng nguồn lực và mở rộng dịch vụ ựáp ứng nhu cầu ựa dạng nhân dân, ựặc biệt là những người có khả năng chi trả...
đến nay, gần 100% bệnh viện trung ương và khoảng 70% bệnh viện tỉnh, huyện thực hiện tự chủ, trong ựó có 4 ựơn vị trung ương thực hiện tự chủ toàn bộ chi phắ thường xuyên, số còn lại tự chủ một phần. Trong quá trình thực hiện tự chủ, các ựơn vị ựã áp dụng các biện pháp nhằm hạn chế các chi phắ không cần thiết và tăng các dịch vụ có thu lợi cao từ người bệnh, khoán mức thu chi cho từng khoa phòng (http://www.vhea.org.vn)[24].