Việc Nhà nước ban hành Luật quản lý thuế có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/7/2007 là cơ sở pháp lý vững chắc cho cơ quan quản lý thuế thực thi nhiệm vụ. Bên cạnh ựó trong thời gian qua, các Bộ ngành, nhất là Tổng cục thuế ựã ban hành hàng loạt các thông tư hướng dẫn, các quy trình nghiệp vụ liên quan ựến công tác
quản lý thuế như: Quy trình ựăng ký thuế; Quy trình quản lý kê khai, nộp thuế và kế toán thuế; Quy trình miễn giảm; Quy trình kiểm tra; Quy trình quản lý nợ; Quy trình cưỡng chế nợ; Quy trình hoàn thuế... ựã tạo ựiều kiện thuận lợi về mặt chuyên môn nghiệp vụ cho ựội ngũ cán bộ công chức quản lý thuế. Tuy nhiên trong quá trình triển khai các quy ựịnh về thuế ựã phát sinh một số bất cập ựơn cử như: Theo quy ựịnh của Luật thuế GTGT thì mọi ựối tượng nộp thuế GTGT phải thực hiện chế ựộ sổ sách kế toán, hoá ựơn, chứng từ. Nhưng trên thực tế, việc chấp hành chế ựộ sổ sách kế toán, hoá ựơn, chứng từ tại các doanh nghiệp nhỏ, và nhất là các hộ kinh doanh cá thể không nghiêm, ựa số không thực hiện, một phần do việc ghi chép phức tạp, một phần do thói quen người tiêu dùng không yêu cầu người bán xuất hóa ựơn khi mua hàng... Từ ựó gây rất nhiều khó khăn cho công tác quản lý thuế nhất là việc xác ựịnh doanh số làm cơ sở tắnh thuế, ảnh hưởng ựến hiệu quả của chắnh sách thuế. Thuế TNCN còn mới mẻ nên quá trình triển khai thực hiện cũng còn nhiều khó khăn.