CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN
3.2. Kết quả tạo dòng và giải trình tự từng phần bộ gen IHHNV
3.2.2. Kết quả giải trình tự
Mục tiêu của giải trình tự là nhằm thu nhận dữ liệu nt của bộ gen IHHNV trên tôm sú tại Việt Nam nhằm phục vụ cho việc nghiên cứu về trình tự, cấu trúc và chức năng của bộ gen IHHNV. Mẫu tôm sú bệnh thu thập ở Bạc Liêu chỉ nhiễm IHHNV, không nhiễm trình tự DQ228358 được đem giải trình tự theo nguyên tắc đi dọc bộ gen với bảy cặp mồi IHHNV1 – IHHNV7. Mỗi đoạn có kích thước từ 600 bp đến 650 bp, độ chồng lắp giữa hai đoạn kề nhau là 50 bp đến 70 bp.
3.2.2.1. Bộ gen IHHNV thu nhận từ tôm sú
Có bảy đoạn DNA của bộ gen IHHNV đã được giải trình tự bao gồm: đoạn 1 có kích thước 691 bp, đoạn 2 gồm 635 bp, đoạn 3 có 627 bp, đoạn 4 có kích thước 662 bp, đoạn 5 bao gồm 631 bp, đoạn 6 có 600 bp và đoạn 7 có kích thước 495 bp thu nhận từ mẫu tôm bệnh của Bạc Liêu. Chi tiết bảy đoạn IHHNV sau khi giải trình tự và hiệu chỉnh được trình bày như sau:
− Trình tự IHHNV1, có chiều dài giải được 691 bp Mạch xuôi
GTCCTATATAAGAGATGACGGACCTCACCGGTCTCCCAGTCTCTAACTGACG AGTGAAGAGGCTATTCCAAGTGACTAAGGACAATTTTGGAACATGGAAGAT ACGAATAACCACCCGTGGCAGTCCATACCTAGACCAACGTTATTTGGATCTT CACGTGACAGTGAACCAACAGAAGTCTTTGAAAACGTATTCGGAGAAAGAC AAGCCCCAGGAAACCAATGTAACTACTGATGACTGACTAGGTGACTATCCAT AACTTTTCTAACAGACGCAAGTGACGAACTTTGTCGTCACTTACAAAAGACG TAACCGCTTTCGTCCGTCACTCATATAAATCTTTCTCTGTCTTTCAGACGACA TACCCCAACAAATATCACTGCGCTACTGTCCAGATCACATTCTACCGTGGTGC TTCATAGGGAACAGACCCGTTCTCTACTGCCTCTGCAACGAGTGTTTCATAGA CAATCTCAATGTCAACGGACAGTGTCAACACTGTCATCCCGACGACGAAGAA TGGACAGAAAATATGGCCAAGGACATACTGCATTCACGTCAGGGCGAACCA GAATCACTTAGTGAATTGCTTCGAGAACGCACGAACGAAACTGACTCCAGCC AGGGGAATTTCTCCAAGCCTTCTCACCCAA
Mạch ngược
TTTCGTTCGTGCGTTCTCGAAGCAATTCACTAAGTGATTCTGGTTCGCCCTGA CGTGAATGCAGTATGTCCTTGGCCATATTTTCTGTCCATTCTTCGTCGTCGGG ATGACAGTGTTGACACTGTCCGTTGACATTGAGATTGTCTATGAAACACTCGT TGCAGAGGCAGTAGAGAACGGGTCTGTTCCCTATGAAGCACCACGGTAGAAT GTGATCTGGACAGTAGCGCAGTGATATTTGTTGGGGTATGTCGTCTGAAAGA CAGAGAAAGATTTATATGAGTGACGGACGAAAGCGGTTACGTCTTTTGTAAG TGACGACAAAGTTCGTCACTTGCGTCTGTTAGAAAAGTTATGGATAGTCACC TAGTCAGTCATCAGTAGTTACATTGGTTTCCTGGGGCTTGTCTTTCTCCGAAT
Chương 3. Kết quả - Bàn luận Phạm Văn Hùng
- 63 -
ACGTTTTCAAAGACTTCTGTTGGTTCACTGTCACGTGAAGATCCAAATAACGT TGGTCTAGGTATGGACTGCCACGGGTGGTTATTCGTATCTTCCATGTTCCAAA ATTGTCCTTAGTCACTTGGAATAGCCTCTTCACTCGTCAGTTAGAGACTGGGA GACCGGTGAGTCCGTCATCTCTTATATAGGACCTATGACGTCATATGTTGTAA CGGTTTCCTGCGAAGC
Sau khi ghép cả hai mạch
GCTTCGCAGGAAACCGTTACAACATATGACGTCATAGGTCCTATATAAGAGA TGACGGACTCACCGGTCTCCCAGTCTCTAACTGACGAGTGAAGAGGCTATTC CAAGTGACTAAGGACAATTTTGGAACATGGAAGATACGAATAACCACCCGT GGCAGTCCATACCTAGACCAACGTTATTTGGATCTTCACGTGACAGTGAACC AACAGAAGTCTTTGAAAACGTATTCGGAGAAAGACAAGCCCCAGGAAACCA ATGTAACTACTGATGACTGACTAGGTGACTATCCATAACTTTTCTAACAGAC GCAAGTGACGAACTTTGTCGTCACTTACAAAAGACGTAACCGCTTTCGTCCG TCACTCATATAAATCTTTCTCTGTCTTTCAGACGACATACCCCAACAAATATC ACTGCGCTACTGTCCAGATCACATTCTACCGTGGTGCTTCATAGGGAACAGA CCCGTTCTCTACTGCCTCTGCAACGAGTGTTTCATAGACAATCTCAATGTCAA CGGACAGTGTCAACACTGTCATCCCGACGACGAAGAATGGACAGAAAATAT GGCCAAGGACATACTGCATTCACGTCAGGGCGAACCAGAATCACTTAGTGAA TTGCTTCGAGAACGCACGAACGAAACTGACTCCAGCCAGGGGAATTTCTCCA AGCCTTCTCACCCAA
Trong đó các base ở vị trí 651 (G), 664 (G) và 689 (A) có tín hiệu xấu ở mạch xuôi, còn mạch ngược thì không giải được vì quá gần mồi. Riêng ở vị trí 60 thì mạch xuôi có chèn C, nhưng tín hiệu xấu trong khi ở mạch ngược không có chèn vào. Vì vậy C ở vị trí chèn này được loại bỏ.
− Trình tự IHHNV2, có chiều dài giải được 635 bp Mạch xuôi
CCCAGGTCCAAATCAAGAGCCTAGACCCACTACCGAACAACTTCTTAATATG TCTCAAGAACTGTTCCAGTTTTCAGACGAGGAAGACAACTCTCAAACTCCTC CAAGAACTTCAACACCAGAACAAACTGATCCTAAGGTCTGCGTGGATAACCT GGGAATTCGAGAGGGAACAGGAAACGGAACAATTCAACTTGGAAGTGAATC AGAAAACTCCCTTGGAAGTGTTGGAAACAGTGATGACAGGGGTCAAAAGAG ACAGAGAGGAATTACTTACATCAGTGACACATCAGATTCCTCTGGATCAGAT GACGAAAATCTGGATACACCACATAGAAATAAAAGAACCAGAAACTCCAAC ACCACAAAAGAGACAAGCGGAGGAAACGGCGGAGGAGATCAGGAAAGCGA TCATGGAAGCAATGGAAATCGACTGGAACCTACCAATGGAGGAGAGAGCAA TAGTAGCGGAACACAACCCGACTTTATTGAAGGGACTCCCGACGGACCGGAC GAAATGGACGGAAGGCGACTGGAAGAGAGTGAGATTGATAAACAAGTGGAA AGTGCAACATGGTACACCTTCGTCAT
Mạch ngược
ACTTGTTTATCAATCTCACTCTCTTCCAGTCGCCTTCCGTCCATTTCGTCCGGT CCGTCGGGAGTCCCTTCAATAAAGTCGGGTTGTGTTCCGCTACTATTGCTCTC TCCTCCATTGGTAGGTTCCAGTCGATTTCCATTGCTTCCATGATCGCTTTCCTG
Chương 3. Kết quả - Bàn luận Phạm Văn Hùng ATCTCCTCCGCCGTTTCCTCCGCTTGTCTCTTTTGTGGTGTTGGAGTTTCTGGT TCTTTTATTTCTATGTGGTGTATCCAGATTTTCGTCATCTGATCCAGAGGAAT CTGATGTGTCACTGATGTAAGTAATTCCTCTCTGTCTCTTTTGACCCCTGTCAT CACTGTTTCCAACACTTCCAAGGGAGTTTTCTGATTCACTTCCAAGTTGAATT GTTCCGTTTCCTGTTCCCTCTCGAATTCCCAGGTTATCCACGCAGACCTTAGG ATCAGTTTGTTCTGGTGTTGAAGTTCTTGGAGGAGTTTGAGAGTTGTCTTCCT CGTCTGAAAACTGGAACAGTTCTTGAGACATATTAAGAAGTTGTTCGGTAGT GGGTCTAGGCTCTTGATTTGGACCTGGGGTGAGAAGGCTTGGAGAAATTCCC TGGCTGGAGTGAGTTTCGTT
Sau khi ghép cả hai mạch
AACGAAACTCACTCCAGCCAGGGAATTTCTCCAAGCCTTCTCACCCCAGGTCCAAAT CAAGAGCCTAGACCCACTACCGAACAACTTCTTAATATGTCTCAAGAACTGTTCCAG TTTTCAGACGAGGAAGACAACTCTCAAACTCCTCCAAGAACTTCAACACCAGAACAA ACTGATCCTAAGGTCTGCGTGGATAACCTGGGAATTCGAGAGGGAACAGGAAACGG AACAATTCAACTTGGAAGTGAATCAGAAAACTCCCTTGGAAGTGTTGGAAACAGTG ATGACAGGGGTCAAAAGAGACAGAGAGGAATTACTTACATCAGTGACACATCAGAT TCCTCTGGATCAGATGACGAAAATCTGGATACACCACATAGAAATAAAAGAACCAG AAACTCCAACACCACAAAAGAGACAAGCGGAGGAAACGGCGGAGGAGATCAGGAA AGCGATCATGGAAGCAATGGAAATCGACTGGAACCTACCAATGGAGGAGAGAGCAA TAGTAGCGGAACACAACCCGACTTTATTGAAGGGACTCCCGACGGACCGGACGAAA TGGACGGAAGGCGACTGGAAGAGAGTGAGATTGATAAACAAGTGGAAAGTGCAAC ATGGTACACCTTCGTCAT
Ở sản phẩm IHHNV2 này tất cả các tín hiệu đều tốt và so với trình tự trùng lắp với IHHNV1 tương ứng các vị trí 651 (G), 664 (G) và 689 (A) tín hiệu xấu là các vị trí 10 (C), 47 (C) do vậy C và C được chọn thay cho G và A khi lắp trình tự bộ gen IHHNV. Riêng vị trí 664 (G) tín hiệu xấu trên IHHNV1, nhưng trên IHHNV2 lại không có base này nên khi lắp trình tự bộ gen IHHNV base chèn này được loại bỏ.
− Trình tự IHHNV3, có chiều dài giải được 627 bp Mạch xuôi
GTACACCTTCGTCATCAGAGAAAAACCACAACCAAGAAGACTCTCCGGACGC ACACACCAAACTTCACCATTACAGATCATGGTGACCACTGGCACATCACATA CTCCGGACACCCAACCAATAAGACCAGACATAGAGCTACAATCCTCGCCTAT CTGGGAGTTACCTTTGCTGCCAGAGCCGAAGCTGAAGCGACTACGGTACTTG TTAGAGATATCAAGAGATGGATACTCTATCTTATCAGATACGGTATTGAACG GCTTTCGTATTTTGGTCTTGGCCACGCCATTTTTAAACGAATCATCAAATACT TCCAACGATACAAAAGAGACGAAGACGCAGTAGACGGACCATGTCCATATA TGACTACTACAAGAGAAGACAGAGCTGAAGAAAAACCTAAAGAAAACAGTG CAGAATATGACTACCTCCAACACTTAGTCAAAACCAAATCTGCAAGAACAGT CCAAGAACTTGTCAATAAACTTGACGATGAGGAATACAAACAGCTATGGACC CGCACCAGAGGACAATATAAAGACAAACTCAGGGGAATACTAACTTACTAC AACAACAAGAAAAAGTCAAA
Mạch ngược
Chương 3. Kết quả - Bàn luận Phạm Văn Hùng
- 65 -
CTGAGTTTGTCTTTATATTGTCCTCTGGTGCGGGTCCATAGCTGTTTGTATTCC TCATCGTCAAGTTTATTGACAAGTTCTTGGACTGTTCTTGCAGATTTGGTTTT GACTAAGTGTTGGAGGTAGTCATATTCTGCACTGTTTTCTTTAGGTTTTTCTTC AGCTCTGTCTTCTCTTGTAGTAGTCATATATGGACATGGTCCGTCTACTGCGT CTTCGTCTCTTTTGTATCGTTGGAAGTATTTGATGATTCGTTTAAAAATGGCG TGGCCAAGACCAAAATACGAAAGCCGTTCAATACCGTATCTGATAAGATAGA GTATCCATCTCTTGATATCTCTAACAAGTACCGTAGTCGCTTCAGCTTCGGCT CTGGCAGCAAAGGTAACTCCCAGATAGGCGAGGATTGTAGCTCTATGTCTGG TCTTATTGGTTGGGTGTCCGGAGTATGTGATGTGCCAGTGGTCACCATGATCT GTAATGGTGAAGTTTGGTGTGTGCGTCCGGAGAGTCTTCTTGGTTGTGGTTTT TCTCTGATGACGAAGGTGTACCATGTTGCACTTTCCACTTGTTTATCAATCTC ACTCT
Sau khi ghép cả hai mạch
AGAGTGAGATTGATAAACAAGTGGAAAGTGCAACATGGTACACCTTCGTCAT CAGAGAAAAACCACAACCAAGAAGACTCTCCGGACGCACACACCAAACTTC ACCATTACAGATCATGGTGACCACTGGCACATCACATACTCCGGACACCCAA CCAATAAGACCAGACATAGAGCTACAATCCTCGCCTATCTGGGAGTTACCTT TGCTGCCAGAGCCGAAGCTGAAGCGACTACGGTACTTGTTAGAGATATCAAG AGATGGATACTCTATCTTATCAGATACGGTATTGAACGGCTTTCGTATTTTGG TCTTGGCCACGCCATTTTTAAACGAATCATCAAATACTTCCAACGATACAAA AGAGACGAAGACGCAGTAGACGGACCATGTCCATATATGACTACTACAAGA GAAGACAGAGCTGAAGAAAAACCTAAAGAAAACAGTGCAGAATATGACTAC CTCCAACACTTAGTCAAAACCAAATCTGCAAGAACAGTCCAAGAACTTGTCA ATAAACTTGACGATGAGGAATACAAACAGCTATGGACCCGCACCAGAGGAC AATATAAAGACAAACTCAGGGGAATACTAACTTACTACAACAACAAGAAAA AGTCAAA
Ở sản phẩm IHHNV3 này, tín hiệu giải được rất tốt
− Trình tự IHHNV4, có chiều dài giải được 662 bp Mạch xuôi
TGCAAAATATATCAAAAAGGAAACCAGACTACGACAACATGCAGTGGATAA AGTACATGTTAGCCAACAACGACATCCGTGTACCAGAAATCTTAGCTTGGAT AATCATCGTAGCAGACAAAAAACTGGACAAAATCAACACTCTTGTACTCCAA GGACCAACAGGAACAGGAAAATCTCTTACCATCGGTGCACTACTGGGAAAA CTGAACACAGGACTAGTAACAAGAACAGGAGACTCCAACACCTTCCATCTAC AAAACCTAATCGGCAAGTCCTACGCTCTCTTCGAAGAACCCAGAATCAGTCA AATAACAGTAGACGACTTCAAACTCCTTTTCGAAGGATCAGACCTAGAAGTA AACATAAAACACCAAGAGTCAGAAATTATGGGACGAATCCCAATCTTCATAT CAACAAACAAGGACATAGACTACTGGGTACCACCAGCTGATGGTAAAGCTCT ACAAACAAGAACAAAAACCTTCCACCTAACAAGACAGATAAAAGGTCTGTC AGACAGGATGAACAGCCAGTACGACATCAACCCTCCACCAGACAAGATCAC CAGCGACGACTTCCTAGGCCTCTTCCAAGAATACGAAAAGGAAATCGACGA CA
Mạch ngược
AAGTCGTCGCTGGTGATCTTGTCTGGTGGAGGGTTGATGTCGTACTGGCTGTT CATCCTGTCTGACAGACCTTTTATCTGTCTTGTTAGGTGGAAGGTTTTTGTTCT
Chương 3. Kết quả - Bàn luận Phạm Văn Hùng TGTTTGTAGAGCTTTACCATCAGCTGGTGGTACCCAGTAGTCTATGTCCTTGT TTGTTGATATGAAGATTGGGATTCGTCCCATAATTTCTGACTCTTGGTGTTTT ATGTTTACTTCTAGGTCTGATCCTTCGAAAAGGAGTTTGAAGTCGTCTACTGT TATTTGACTGATTCTGGGTTCTTCGAAGAGAGCGTAGGACTTGCCGATTAGGT TTTGTAGATGGAAGGTGTTGGAGTCTCCTGTTCTTGTTACTAGTCCTGTGTTC AGTTTTCCCAGTAGTGCACCGATGGTAAGAGATTTTCCTGTTCCTGTTGGTCC TTGGAGTACAAGAGTGTTGATTTTGTCCAGTTTTTTGTCTGCTACGATGATTA TCCAAGCTAAGATTTCTGGTACACGGATGTCGTTGTTGGCTAACATGTACTTT ATCCACTGCATGTTGTCGTAGTCTGGTTTCCTTTTTGATATATTTTGCAGGTTT GTAATGAGTGACAGTTGGCTTTGGTTTGACTTTTCC
Sau khi ghép cả hai mạch
GGAAAAGTCAAACCAAAGCCAACTGTCACTCATTACAAACCTGCAAAATAT ATCAAAAAGGAAACCAGACTACGACAACATGCAGTGGATAAAGTACATGTT AGCCAACAACGACATCCGTGTACCAGAAATCTTAGCTTGGATAATCATCGTA GCAGACAAAAAACTGGACAAAATCAACACTCTTGTACTCCAAGGACCAACA GGAACAGGAAAATCTCTTACCATCGGTGCACTACTGGGAAAACTGAACACA GGACTAGTAACAAGAACAGGAGACTCCAACACCTTCCATCTACAAAACCTAA TCGGCAAGTCCTACGCTCTCTTCGAAGAACCCAGAATCAGTCAAATAACAGT AGACGACTTCAAACTCCTTTTCGAAGGATCAGACCTAGAAGTAAACATAAAA CACCAAGAGTCAGAAATTATGGGACGAATCCCAATCTTCATATCAACAAACA AGGACATAGACTACTGGGTACCACCAGCTGATGGTAAAGCTCTACAAACAA GAACAAAAACCTTCCACCTAACAAGACAGATAAAAGGTCTGTCAGACAGGA TGAACAGCCAGTACGACATCAACCCTCCACCAGACAAGATCACCAGCGACG ACTTCCTAGGCCTCTTCCAAGAATACGAAAAGGAAATCGACGACA
Ở sản phẩm IHHNV4, tín hiệu giải trình tự thu được được rất tốt. Tuy nhiên base ở vị trí 2 là G thì mạch xuôi không giải được chỉ có ở mạch ngược với tín hiệu xấu, nhưng ở vị trí tương ứng là 617 trên IHHNV3 lại là A với tín hiệu tốt, do vậy A ở vị trí này được lấy khi lắp bộ gen IHHNV.
− Trình tự IHHNV5, có chiều dài giải được 631 bp Mạch xuôi
GAAATCGACGACATCATCGACATCATGTGCGCCGATTCAACAAGATCAAGCC CAAGGTAAAAGATCCAGGAGGGATGCACATAATGAAGACGAAGAACACGCC GAGGGATCAAGTGGACCAGACCCACACAGATGTCTACAATTCAATACGGGA GACTCAATACATATTACTTTCCAAACAAGAAGATACTTCGAATTCGACGCTG CCAATGATGGAAACTTCGACGGAAAAAACTTATACTGCCTCCCACTACATTG GATGAACTTATATCTCTATGGACTGAAAAGCAGTGACAGTTCAGCAACAGAA ACACAGCGATATAAGATGGTAAAGTCAATGATGAAAACCTACGGATGGAAA GTTCACAAAGCAGGCGTCGTAATGCACTCAATGGTACCCCTTATGAAAGACT TAAAGGTATCAGGAGGAACATCATTTGAAACTCTCACATTTACAGATACCCC ATATTTAGAAATATTTAAGGATACTACTGGACTACATAATCAACTAGCAACT AAGGAAGCCGACGTAACATTAGCAAAATGGATACAAAATCCGCAACTTGTG ACAGTACAATCAACAGCAGCAAACTATGAAGACAC
Mạch ngược
Chương 3. Kết quả - Bàn luận Phạm Văn Hùng
- 67 -
ACAAGTTGCGGATTTTGTATCCATTTTGCTAATGTTACGTCGGCTTCCTTAGT TGCTAGTTGATTATGTAGTCCAGTAGTATCCTTAAATATTTCTAAATATGGGG TATCTGTAAATGTGAGAGTTTCAAATGATGTTCCTCCTGATACCTTTAAGTCT TTCATAAGGGGTACCATTGAGTGCATTACGACGCCTGCTTTGTGAACTTTCCA TCCGTAGGTTTTCATCATTGACTTTACCATCTTATATCGCTGTGTTTCTGTTGC TGAACTGTCACTGCTTTTCAGTCCATAGAGATATAAGTTCATCCAATGTAGTG GGAGGCAGTATAAGTTTTTTCCGTCGAAGTTTCCATCATTGGCAGCGTCGAAT TCGAAGTATCTTCTTGTTTGGAAAGTAATATGTATTGAGTCTCCCGTATTGAA TTGTAGACATCTGTGTGGGTCTGGTCCACTTGATCCCTCGGCGTGTTCTTCGT CTTCATTATGTGCATCCCTCCTGGATCTTTTACCTTGGGCTTGATCTTGTTGAA TCGGCGCACATGATGTCGATGATGTCGTCGATTTCCTTTTCGTATTCTTGGAA GAGTCCTAGG
Sau khi ghép cả hai mạch
CCTAGGACTCTTCCAAGAATACGAAAAGGAAATCGACGACATCATCGACATC ATGTGCGCCGATTCAACAAGATCAAGCCCAAGGTAAAAGATCCAGGAGGGA TGCACATAATGAAGACGAAGAACACGCCGAGGGATCAAGTGGACCAGACCC ACACAGATGTCTACAATTCAATACGGGAGACTCAATACATATTACTTTCCAA ACAAGAAGATACTTCGAATTCGACGCTGCCAATGATGGAAACTTCGACGGAA AAAACTTATACTGCCTCCCACTACATTGGATGAACTTATATCTCTATGGACTG AAAAGCAGTGACAGTTCAGCAACAGAAACACAGCGATATAAGATGGTAAAG TCAATGATGAAAACCTACGGATGGAAAGTTCACAAAGCAGGCGTCGTAATG CACTCAATGGTACCCCTTATGAAAGACTTAAAGGTATCAGGAGGAACATCAT TTGAAACTCTCACATTTACAGATACCCCATATTTAGAAATATTTAAGGATACT ACTGGACTACATAATCAACTAGCAACTAAGGAAGCCGACGTAACATTAGCA AAATGGATACAAAATCCGCAACTTGTGACAGTACAATCAACAGCAGCAAAC TATGAAGACAC
Ở sản phẩm IHHNV5 này, tín hiệu giải được rất tốt. Tuy nhiên base ở vị trí 7 (A) thì mạch xuôi không giải được nên chỉ lấy ở mạch ngược dù tín hiệu xấu, vị trí 488 (T) có tín hiệu xấu cả hai mạch, và 630 (A) thì không giải được ở mạch ngược nên chỉ lấy ở mạch xuôi dù tín hiệu không tốt. Xem trên đoạn trùng lắp tương ứng vị trí 7 (A) thì ở IHHNV4 là vị trí 629 (C), do vậy khi lắp với bộ gen IHHNV, C ở vị trí này được lấy.
− Trình tự IHHNV6, có chiều dài giải được 600 bp Mạch xuôi
TACTGGACTACATAATCAACTATCAACTAAGGAAGCCGACGTAACATTGGCA AAATGGATACAAAATCCCCAACTTGTGACCGTACAATCAACAGCAGCAAACT ATGAAGACCCAATCCAACAATTTGGATTCATGGAACAAATGCGAACCGGTGA CAGAAAAGCCTATACAATCCATGGTGACACTAGAAATTGGTATGGCGGAGA AATACCAACAACCGGACCCACCTTCATCCCAAAATGGGGTGGTCAATTAAAA TGGGACAAACCATCCCTTGGAAACCTAGTCTACCCAGCAGACCACCATACAA ACGACTGGCAACAGATCTTCATGAGAATGTCACCAATCAAAGGACCAAATG GAGACGAACTTAAACTTGGCTGCAGAGTACAAGCCGACTTCTTCCTACACCT
Chương 3. Kết quả - Bàn luận Phạm Văn Hùng AGAAGTACGACTCCCACCACAAGGATGTGTAGCAAGTTTGGGGATGTTACAA TATCTTCACGCACCATGTACTGGACAACTTAACAAATGTTATATTATGCATAC TAACTAAATGTATTCGATGTGCAATATATACCCGATTATATCGC
Mạch ngược
ATTTAGTTAGTATGCATAATATAACATTTGTTAAGTTGTCCAGTACATGGTGC GTGAAGATATTGTAACATCCCCAAACTTGCTACACATCCTTGTGGTGGGAGT CGTACTTCTAGGTGTAGGAAGAAGTCGGCTTGTACTCTGCAGCCAAGTTTAA GTTCGTCTCCATTTGGTCCTTTGATTGGTGACATTCTCATGAAGATCTGTTGC CAGTCGTTTGTATGGTGGTCTGCTGGGTAGACTAGGTTTCCAAGGGATGGTTT GTCCCATTTTAATTGACCACCCCATTTTGGGATGAAGGTGGGTCCGGTTGTTG GTATTTCTCCGCCATACCAATTTCTAGTGTCACCATGGATTGTATAGGCTTTT CTGTCACCGGTTCGCATTTGTTCCATGAATCCAAATTGTTGGATTGGGTCTTC ATAGTTTGCTGCTGTTGATTGTACGGTCACAAGTTGGGGATTTTGTATCCATT TTGCCAATGTTACGTCGGCTTCCTTAGTTGATAGTTGATTATGTAGTCCAGTA GTATCCTTAAATATTTCTAAATATGGGGTGTCTGTAA
Sau khi ghép cả hai mạch
TTACAGACACCCCATATTTAGAAATATTTAAGGATACTACTGGACTACATAA TCAACTATCAACTAAGGAAGCCGACGTAACATTGGCAAAATGGATACAAAA TCCCCAACTTGTGACCGTACAATCAACAGCAGCAAACTATGAAGACCCAATC CAACAATTTGGATTCATGGAACAAATGCGAACCGGTGACAGAAAAGCCTAT ACAATCCATGGTGACACTAGAAATTGGTATGGCGGAGAAATACCAACAACC GGACCCACCTTCATCCCAAAATGGGGTGGTCAATTAAAATGGGACAAACCAT CCCTTGGAAACCTAGTCTACCCAGCAGACCACCATACAAACGACTGGCAACA GATCTTCATGAGAATGTCACCAATCAAAGGACCAAATGGAGACGAACTTAA ACTTGGCTGCAGAGTACAAGCCGACTTCTTCCTACACCTAGAAGTACGACTC CCACCACAAGGATGTGTAGCAAGTTTGGGGATGTTACAATATCTTCACGCAC CATGTACTGGACAACTTAACAAATGTTATATTATGCATACTAACTAAATGTAT TCGATGTGCAATATATACCCGATTATATCGC
Ở sản phẩm IHHNV6, tín hiệu giải được rất tốt. Tuy nhiên base ở vị trí 60 (T), 86 (G), 107 (C), 119 (C), 381 (C), ở cả hai mạch đều như nhau với tín hiệu xấu, các vị trí 566 (G), 590 (G), và 591 (A) chỉ giải ở mạch xuôi và tín hiệu xấu, do vậy các base này vẫn được chọn cho các vị trí trên trong trình tự IHHNV6. Tuy nhiên khi đối chiếu với trình tự đoạn trùng lắp trên IHHNV5, các vị trí tương ứng với 60 (T), 86 (G), 107 (C), 119 (C) là các vị trí 540 (G), 566 (A), 587 (G), và 599 (A) trên IHHNV5 với các tín hiệu tốt, do vậy khi lắp nối bộ gen IHHNV các nucleotide trên IHHNV5 ở các vị trí này được chọn. Ngoài ra vị trí 630 (A) có tín hiệu xấu trên IHHNV5 lại tương ứng vị trí 150 (C) trên IHHNV6, do vậy base này được chọn khi lắp nối bộ gen IHHNV.
− Trình tự IHHNV7, có chiều dài giải được 495 bp
Chương 3. Kết quả - Bàn luận Phạm Văn Hùng
- 69 -
Mạch xuôi
TTGGCTGCAGAGTACAAGCCGACTTCTTCCTCAACCTAGAAGTACGACTCCC ACCACAAGGATGTGTCTCAAGTTTGGGAATGTTACAATATCTTCACGTACCA TGTACTGGACAACTTAACAGATGTTATATTATGCATACTAACTAATTATATTC TATGTGCAATGTATACCCACTTATATTCAGCTTAAGCCAATAAACCTATATA ATCTATTACTATCTATACCTACCCTCTACACAAACCAGCTACCCAGGCAAGGT GGGACTCCGGCTACCCAGGCATGGTGGGACACTTCTCTACTATTGACGACGT ACTTCGTCACATACGTCACTTACAAAAGACTAAAATCCCTATCGTCAGTCAG TCATTTAGAGTCAGGGATATTGTCCGCCGTCACTTAGAGCGCGAAGCGCGAG TATCCATCATTTAAATTAGTGGTATGACGTCACATATTAAGTA
Mạch ngược
TTTAAATGATGGATACTCGCGCTTCGCGCTCTAAGTGACGGCGGACAATATC CCTGACTCTAAATGACTGACTGACGATAGGGATTTTAGTCTTTTGTAAGTGAC GTATGTGACGAAGTACGTCGTCAATAGTAGAGAAGTGTCCCACCATGCCTGG GTAGCCGGAGTCCCACCTTGCCTGGGTAGCTGGTTTGTGTAGAGGGTAGGTA TAGATAGTAATAGATTATATAGGTTTATTGGCTTAAGCTGAATATAAGTGGG TATACATTGCACATAGAATATAATTAGTTAGTATGCATAATATAACATCTGT TAAGTTGTCCAGTACATGGTACGTGAAGATATTGTAACATTCCCAAACTTGA GACACATCCTTGTGGTGGGAGTCGTACTTCTAGGTTGAGGAAGAAGTCGGCT TGTACTCTGCAGCCAAGTTTAAGTTCGTCTCCATTTGGTCCTTTGATTGT Sau khi ghép cả hai mạch
ACAATCAAAGGACCAAATGGAGACGAACTTAAACTTGGCTGCAGAGTACAA GCCGACTTCTTCCTCAACCTAGAAGTACGACTCCCACCACAAGGATGTGTCT CAAGTTTGGGAATGTTACAATATCTTCACGTACCATGTACTGGACAACTTAA CAGATGTTATATTATGCATACTAACTAATTATATTCTATGTGCAATGTATACC CACTTATATTCAGCTTAAGCCAATAAACCTATATAATCTATTACTATCTATAC CTACCCTCTACACAAACCAGCTACCCAGGCAAGGTGGGACTCCGGCTACCCA GGCATGGTGGGACACTTCTCTACTATTGACGACGTACTTCGTCACATACGTCA CTTACAAAAGACTAAAATCCCTATCGTCAGTCAGTCATTTAGAGTCAGGGAT ATTGTCCGCCGTCACTTAGAGCGCGAAGCGCGAGTATCCATCATTTAAATTA GTGGTATGACGTCACATATTAAGTA
Ở sản phẩm IHHNV7 này, tín hiệu giải được rất tốt. Tuy nhiên base ở vị trí 114 (A), 134 (T), 158 (G), 184 (T), 192 (T), 202 (G), 218 (T), 219 (C), và 220 (A) ở cả hai mạch đều như nhau với tín hiệu xấu, vì vậy các base này vẫn được lấy cho các vị trí trên trong trình tự IHHNV7. Tuy nhiên khi đối chiếu với trình tự đoạn trùng lắp trên IHHNV6, các vị trí tương ứng là các vị trí 494 (G), 514 (C), 538 (A), 564 (A), 572 (G), 582 (A), 598 (C), 599 (G) và 560 (C) trên IHHNV6 có các tín hiệu tốt. Chính vì thế khi lắp nối bộ gen IHHNV các nucleotide trên IHHNV6 ở các vị trí này sẽ được chọn. Ngoài ra vị trí 566 (G), 590 (G), và 591 (A) có tín hiệu xấu trên IHHNV6 tương ứng vị trí 186 (A), 210 (A) và 211 (C) với
Chương 3. Kết quả - Bàn luận Phạm Văn Hùng
tín hiệu tốt trên IHHNV7 nên các base này sẽ được lấy khi lắp nối bộ gen IHHNV.
Với cách giải trình tự và lựa chọn trình tự sau khi giải như trình bày ở trên, các đoạn DNA của IHHNV 1 đến 5 cho kết quả tốt được nối lại với nhau bằng phần mềm BioEdit, loại bỏ các đoạn trùng lấp để tạo thành một phần của bộ gen IHHNV gồm 3091 bp. Hai đoạn còn lại (IHHNV6 – IHHNV7) có kích thước khoảng 600 bp và 495 bp do kết quả thu nhận từ giải trình tự không được tốt nên không được đưa vào để phân tích và biện luận. Chi tiết trình tự nt dưới dạng biểu đồ các đỉnh tín hiệu của từng đoạn DNA của bộ gen thu được từ giải trình tự được trình tại Phụ lục 4.
Một phần bộ gen IHHNV phân lập từ tôm sú nuôi có chiều dài là 3091 bp.
Trong đó nt A chiếm 36,89 %, C là 24,05 %, G chiếm 19,55 % và T là 19,51 %.
Hàm lượng G + C = 43,59 %, A + T = 56,41 % (Hình 3.5). DNA của IHHNV có hàm lượng A+T cao và có tỷ lệ phần trăm tương tự như bộ gen của Hepatopancreatic parvovirus (HPV) phân lập trên tôm sú là 58,35 % [60] nhưng thấp hơn so với các virus khác ở muỗi thuộc giống Brevidensovirus như AaDNV là 61,8 % [11] và ở AaeDNV là 62,5 % [20].