Bên cạnh hiệu quả kinh tế rất cao của nghề ương tôm thẻ chân trắng ở Quảng Nam. Một vấn đề đang được đặt ra cho ngành thủy sản Việt Nam nói chung và Quảng Nam nói riêng, đó là về chất lượng con giống tôm thẻ chân trắng. Hiện nay các công ty sản xuất giống tôm thẻ chân trắng lớn, chất lượng chủ yếu nằm ở ba tỉnh là Khánh Hòa, Ninh Thuận và Bình Thuận. Các tỉnh miền trung tuy có diện tích nuôi tôm thẻ chân trắng lớn nhưng nguồn giống thì phải mua từ rất xa và rất khó mua do số lượng giống chất lượng cung cấp không đủ. Vì vậy đó là điều kiện để nhiều nguồn tôm giống không rõ nguồn gốc, chất lượng xâm nhập vào.
Ở Quảng nam chất lượng tôm giống là một vấn đề hết sức nan giải. Các trại ương trong tỉnh cung cấp 2/3 lượng giống trong tỉnh. Nhưng nguồn giống ở các trại ương được các hộ nuôi thương phẩm xem như giống “chợ”, chất lượng thấp. Qua phỏng vấn trực tiếp và nhiều nguồn thông tin khác, ương nuôi thẻ chân trắng ở Quảng Nam chủ yếu áp dụng theo qui trình tôm sú. Tuy đa số khi phỏng vấn không cho biết là sử dụng thuốc tây hay kháng sinh, nhưng theo một chủ trại ương cho biết hiện trại của ông và các trại ương khác vẩn đang dùng những loại này trong ương nuôi tôm thẻ chân trắng. Nguồn giống đầu vào và ra đều không được kiểm dịch. Một số trại với diện tích nuôi nhỏ nhưng còn cho sinh sản nhân tạo tôm sú, những bể khác được sử dụng ương nuôi tôm thẻ chân trắng. Đây là một vấn đề tối kỵ trong nuôi tôm, vì rất dễ lây lan bệnh giữa hai loài tôm này[10].
3.3.3. Những ưu nhược điểm của con giống tại các trại ương so với giống chất lượng của các cơ sở sản xuất giống lớn.
Qua phỏng vấn trực tiếp 60 hộ nuôi thương phẩm, một số hộ nuôi mua giống ở các trại ương và một số ít mua tôm ở các công ty lớn như CP, Uni President…, ngoài ra có người đã mua cả hai loại giống cho thấy rằng:
- Khi mua giống: 100% hộ nuôi mua giống ở các trại ương trong tỉnh thì 100% không có giấy kiểm dịch. Các hộ kiểm tra chất lượng tôm chỉ bằng phương pháp cảm quan. Trong khi đó 100% hộ nuôi mua giống ở các cơ sở lớn cho biết 100% là có giấy kiểm dịch lúc mua giống và kiểm tra chất lương tôm bằng mắt thường bằng phương pháp shock độ mặn.
- Giá giống của hai loại giống là chênh lệch nhau rất lớn. Giá giống cơ sở lớn dao động từ 35 - 45 đồng/con, tức gần gấp đôi giá tôm giống ở các trại ương. Các hộ nuôi ưu tiên các vùng đầu tư cao thả giống chất lượng cao như vùng nuôi tôm trên cát.
- Ngoài giá giống thấp, các hộ nuôi thương phẩm ở đây chọn con giống ương tại địa phương vì rất thuận tiện trong khâu mua giống. Tôm giống ở các cơ sở lớn thường ở các tỉnh xa, thời gian vận chuyển lâu, công tác đi lại khó khăn…
- Trong quá trình nuôi: các hộ nuôi cho biết những bệnh thường gặp là đốm trắng, đỏ thân…Những bệnh này lại xẩy ra ở cả trên hai nguồn giống. Điều này cho thấy dịch bệnh do rất nhiều nguyên nhân nhưng với tình hình này thì chưa thể khẳng định là do con giống gây ra. Vì thế phải kiểm soát chặt chẽ trong công tác kiểm dịch con giống.
- Về sự tăng trưởng: Qua phỏng vấn các hộ nuôi cho thấy rằng: Sau 3 tháng nuôi tôm giống ở các cơ sở sản xuất giống lớn đạt 89 con/kg. Trong khi đó tôm giống ở các trại ương của địa phương đạt 107 con/kg sau 3 tháng nuôi.