Theo Viện Kinh Tế Qui Hoạch Thủy Sản hiện nay tiềm năng về NTTS mặn lợ ở Quảng Nam là:
Loại hình nước lợ: Diện tích tiềm năng phát triển NTTS nước lợ là 5.835 ha.
Loại hình nước mặn: Khoảng 10.000 ha tại vùng biển Cù Lao Chàm, Vũng An Hòa, vùng lân cận Cửa Đại- thị xã Hội An, huyện Duy Xuyên.
- Khu hệ rừng ngập mặn:
Do không có hệ thống đảo che bên ngoài, sóng tác động trực tiếp vào bờ đã hạn chế sự phát triển của rừng ngập mặn. Các bãi bồi ở vùng cửa sông không phát triển cũng là một trong những nguyên nhân hạn chế sự có mặt của rừng ngập mặn ở dải ven biển miền Trung. Rừng chỉ phát triển ở sâu trong cửa sông và trong các vũng vịnh khuất sóng. Rừng ngập mặn chiếm một vai trò quan trọng trong việc ổn định nguồn lợi thuỷ sản như: tôm, cua, cá và động vật đáy như trai, sò...
Kết quả khảo sát cho thấy rừng ngập mặn thường phân bố ở vùng hạ lưu và cửa các sông ở tỉnh Quảng Nam như sông Thu Bồn (Hội An), sông Trường Giang và đầm An Hòa (huyện Núi Thành).
- Rừng Dừa nước (Nypa fructicans) ở vùng hạ lưu sông Thu Bồn (Hội An):
Vùng hạ lưu sông Thu Bồn đoạn từ Hội An chảy ra biển có hệ thống sông rạch khá chằng chịt. Theo điều tra, trước đây diện tích rừng Dừa nước ở vùng cửa sông Thu Bồn rất lớn nhưng hầu như chưa được nghiên cứu. Trước năm 1990, rừng ngập mặn chủ yếu tập trung ở khu vực Cẩm Thanh (Hội An) với rừng Dừa nước rất đặc biệt cho miền Trung. Sau 1990, rừng Dừa nước ở đây đã bị chặt phá làm đồng muối Cẩm Thanh và ao, đìa nuôi tôm. Hiện nay, ở khu vực này loài Dừa nước hầu như chiếm ưu thế hoàn toàn, chúng thường thấy phân bố dọc theo bờ sông, rạch thành những dãi rừng hẹp. Những diện tích Dừa nước nhỏ còn thấy hiện diện trong các ao đìa chung quanh vườn nhà, khu dân cư do người dân còn giữ lại hoặc mới trồng để khai thác lá và nuôi quảng canh một số các loài tôm cá.
- Rừng ngập mặn ở vùng cửa sông Trường Giang và đầm An Hòa (huyện Núi Thành): Sông Trường Giang dài khoảng 60 km chạy dọc hầu hết các xã ven biển tỉnh Quảng Nam, một đầu nối với cửa Đại (Hội An), đầu kia nối với đầm An Hòa và đổ ra biển theo 2 cửa: Cửa Lở và cửa An Hòa (Kỳ Hà). Trong đầm An Hòa có nhiều cồn lớn, nhỏ thuận lợi cho sự phát triển của rừng ngập mặn. Theo điều tra, trước đây diện tích rừng ngập mặn ở hạ lưu sông Trường Giang và trong đầm An Hòa khá lớn, khoảng 150 ha, nhưng hiện nay chỉ còn thấy rừng ngập mặn phân bố tương đối nhiều ở Cồn Si và mọc rãi rác ven đầm thuộc xã Tam Hải, Tam Giang với tổng diện tích khoảng 20 ha. Thành loài cây ngập mặn phổ biến ở đây là Bần trắng (Sonneratia alba), Mắm biển (Avicennia marina), Mắm trắng (A. alba), Đước đôi (Rhizophora apiculata), Giá (Excoecaria agallocha)... trong đó Bần trắng và các loài Mắm thường chiếm ưu thế.
Thực tại, diện tích rừng này vốn đã hạn hẹp nhưng cũng đang bị khai thác để làm các đầm nuôi thuỷ sản. Việc khai thác này cần được xem xét và có những giới hạn cụ thể nhằm đạt được cả mục đích kinh tế và bảo vệ môi trường.