Nhìn vào báo cáo số thống kê tình hình nhân lực của Cục Hải quan tỉnh Hà Tĩnh chúng ta có thể thấy tỉ lệ người có trình độ đại học và sau đại học cao nhưng chất lượng vẫn chưa đồng đều. Năng lực đào tạo của Cục còn hạn chế cả ở chiến lược, kế
hoạch, chương trình, phương pháp, đội ngũ giảng viên và phương tiện giảng dạy. Tại Cục Hải quan tỉnh Hà Tĩnh có một điều đáng lo ngại của đội ngũ cán bộ
công chức đó là sự cách biệt về độ tuổi. Trước đây, khi Cục Hải quan tỉnh Hà Tĩnh được thành lập và tách ra từ Hải quan Nghệ Tĩnh (năm 1992) thì một số lớn cán bộ đã có nhiều thâm niên được điều động về làm việc. Do đó, đội ngũ cán bộ tương đối lớn
tuổi không thể đưa đi đào tạo nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ khi cơ chế,
chính sách quản lý nhà nước về hải quan thay đổi liên tục. Trong những năm gần đây, để phục vụ yêu cầu chuyên môn, Cục Hải quan tỉnh Hà Tĩnh đã tuyển dụng một số lượng lớn công chức mới ra trường nhưng lại chỉ mới qua đào tạo chuyên môn nghiệp
vụ hải quan ngắn hạn, chưa có nhiều kinh nghiệm. Từ thực tế đó dẫn đến nhiều khó khăn trong công tác bố trí nhân sự phù hợp ảnh hưởng đến hiệu quả công tác quản lý
thuế.
Nguyên nhân dẫn đến tình trạng trên phần lớn là do yếu tố lịch sử để lại. Trước đây, nguồn nhân lực của Cục Hải quan tỉnh Hà Tĩnh chủ yếu do chuyển từ các ngành như bộ đội, công an…không được đào tạo chuyên sâu về nghiệp vụ hải
quan, chủ yếu hoạt động bằng kinh nghiệm nên rất hạn chế trong cách tiếp cận các phương pháp làm việc, quản lý hiện đại đòi hỏi sự nhanh nhạy với thời cuộc, nắm bắt kịp thời các đổi mới về công nghệ…Trong khi đó, lực lượng công chức trẻ mới
được tuyển dụng lại còn thiếu kinh nghiệm, phần lớn lại làm việc tại các vị trí không
có nhiều cơ hội để học hỏi nâng cao trình độ nên chưa có nhiều đóng góp vào công tác quản lý thuế tại đơn vị.
Bên cạnh đó, chế độ đãi ngộ đối với công chức hải quan cũng là nguyên nhân
ảnh hưởng đến chất lượng đội ngũ công chức như khó thu hút được những người
giỏi, chưa tạo được sự an tâm, toàn tâm toàn ý vào công việc của công chức. Điều
này làm giảm đáng kể năng lực quản lý nhà nước nói chung và quản lý thuế nhập
khẩu nói riêng của Cục Hải quan tỉnh Hà Tĩnh.