Trong những năm qua, Hệ thống CNTT của Cục Hải quan tỉnh Hà Tĩnh đã
được Tổng cục Hải quan quan tâm đầu tư khá tốt, phần nào được ứng dụng nhiều trong các mặt công tác. Tuy nhiên, để triển khai thành công thủ tục hải quan điện tử
thì cần phải được đầu tư, trang cấp nhiều hơn nữa. Hiện tại, các trang thiết bị máy móc nghiệp vụ còn thiếu và chưa được trang bị đồng bộ với đổi mới quy trình nghiệp vụ, hệ thống phần mềm chưa được đa tích hợp, sử dụng chưa tiện lợi cho nên vẫ n cò n tình trạng một nhân viên Hải quan phải sử dụng cùng một lúc nhiều phần mềm như phần mềm đăng ký tờ khai, phần mềm GTT01, phần mềm quản lý nợ thuế (RISKMAN)…hệ thống chưa tích hợp với hệ thống quản lý nợ thuế, hệ thống quản lý rủi ro nên thông tin cưỡng chế thuế, thông tin vi phạm không
được cập nhật tự động vào hệ thống quản lý rủi ro để phân luồng mà phải thực hiện bằng thủ công. Hơn nữa, hầu hết các phần mềm lại được thiết kế dựa trên qui trình nghiệp vụ thủ công, nên áp dụng trong giải quyết các thủ tục hải quan hiện
đại là không phù hợp. Việc áp dụng thủ tục hải quan điện tử còn nhiều hạn chế
mà nổi bật là hệ thống mạng và tính kết nối với các hệ thống khác, hiện hệ thống chưa có các chức năng quan trọng như báo cáo, chức năng xử lý tờ khai sau khi được
giám định có điều chỉnh về tên hàng, mã số. Ngoài ra, hệ thống mạng hải quan hiện chưa kết nối với các tổ chức thương mại, các cơ quan quản lý nhà nước như Thuế, Kho bạc, Ngân hàng... Vì vậy, nhiều khâu vẫn phải thực hiện theo phương pháp thủ
công dẫn tới ùn tắc, chậm trễ thời gian giấy tờ do khâu chuyển tiếp bàn giao chứng từ.
Ban cải cách và hiện đại hóa của Cục Hải quan tỉnh Hà Tĩnh mới được thành lập, công tác phối hợp với các đơn vị trong Cục chưa thật chặt chẽ dẫn đến việc theo dõi, đôn đốc thực hiện kế hoạch và thực hiện các báo cáo chưa thật kịp thời.
Các phần mềm ứng dụng CNTT như phần mềm quản lý hàng gia công, hàng SXXK, KT559 (phần mềm kế toán theo dõi nợ thuế), GTT01 (phần mềm giá tính thuế)...thường xuyên bị lỗi kỹ thuật.
Để thực hiện mục tiêu cải cách thủ tục hành chính, hiện đại hóa thủ tục hải quan
trên ứng dụng công nghệ thông tin, trong đó việc đảm bảo ổn định đường truyền tốc độ
cao là hết sức quan trọng.
Với đặc thù địa bàn hoạt động của Hải quan Hà Tĩnh trải dài từ khu vực biên giới đến cảng biển, lại đóng trên các địa bàn hết sức khó khăn về kinh tế, điều kiện
giao thông không thuận lợi, cách xa trung tâm nên việc duy trì hệ thống công nghệ
thông tin hoạt động liên tục là hết sức khó khăn đặc biệt là vào các mùa mưa bão, tình trạng mất điện lưới, đứt cáp quang xảy ra thường xuyên, trong khi đó việc khắc phục
hậu quả rất mất thời gian dẫn đến các quy trình thủ tục hải quan điện tử, truyền nhận
dữ liệu…được thực hiện bằng thủ công ảnh hưởng rất lớn đến công tác quản lý thuế
nhập khẩu của Cục Hải quan tỉnh Hà Tĩnh.