Nói tới tổ chức Đảng trong các cơ quan báo chí là nói tới các tổ chức cơ sở đảng (trong các cơ quan báo chí). Cùng với hệ thống quan điểm báo chí của Đảng, sự lãnh đạo của Đảng đối với các vấn đề cụ thể, hằng ngày dựa vào chính các tổ chức đảng và đảng viên trong cơ quan báo chí. Nếu không có tổ chức đảng trong các cơ quan đó thì sự lãnh đạo của Đảng sẽ trở nên chung chung, không có người trực tiếp thực hiện. Sự có mặt tổ chức đảng trong cơ quan báo chí là điều kiện để Đảng triển khai sự lãnh đạo trực tiếp thường xuyên và kịp thời. Các tổ chức này có điều kiện trực tiếp lĩnh hội quan điểm của Đảng, tham gia vào quá trình hình thành các quyết định của cơ quan báo chí.
Có thể nói rằng, tổ chức cơ sở đảng là một trong những khâu quan trọng nhất trong quá trình thực hiện sự lãnh đạo của Đảng; bởi đây là nền tảng của Đảng.
Sự nghiệp CNH, HĐH đặt ra yêu cầu ngày càng cao với các tổ chức cơ sở đảng nói chung và các tổ chức cơ sở đảng trong các cơ quan báo chí nói riêng. Tổ chức cơ sở đảng ở các cơ quan báo chí có nhiệm vụ lãnh đạo cán bộ, đảng viên quán triệt đường lối, chính sách của Đảng và Nhà nước, phát huy vai trò tích cực, chủ động đóng góp ý kiến vào việc xác định và tổ chức thực hiện các chủ trương, kế hoạch công tác của cơ quan, tham gia vào xây dựng tổ chức, cải tiến lề lối làm việc, đấu tranh chống tiêu cực, kiểm tra đảng viên là tổng biên tập trong việc chấp hành đường lối, pháp luật và tiến hành công tác tổ chức - cán bộ trong cơ quan.
Sự lãnh đạo thông qua tổ chức đảng ở cơ quan báo chí phải thường xuyên. Coi trọng việc chăm lo bồi dưỡng, đào tạo và quản lý đội ngũ cán bộ, nhất là tổng biên tập. Khi cần thiết, có thể bổ sung và điều động cán bộ, để đảm bảo tổ chức đảng ở đó luôn vững mạnh, phát huy tốt vai trò lãnh đạo của mình trong cơ quan báo chí.
Từ vai trò của tổ chức cơ sở đảng nói chung và trong cơ quan báo chí nói riêng, Chỉ thị 22/CT-TW ngày 17-10-1997 của Bộ Chính trị khẳng định: Lập ban cán sự đảng, ban biên tập ở các cơ quan báo chí, nhà xuất bản quan trọng; ở các nơi không lập ban cán sự đảng, ban biên tập thì giao trách nhiệm lãnh đạo cho cấp uỷ hoặc chi bộ cơ quan.
ở các cơ quan báo chí, trong khi cần khắc phục thái độ coi nhẹ vai trò của tổ chức đảng, tuyệt đối hoá quyền và vai trò của người phụ trách (tổng biên tập, giám đốc), cần tránh cả khuynh hướng chỉ lãnh đạo tập thể chung chung, không phát huy vai trò và đề cao trách nhiệm của người phụ trách theo đúng quy định của Luật Báo chí.
Tuỳ theo trình độ, năng lực thực tế của đồng chí phụ trách báo, đài nhà xuất bản mà cấp uỷ đảng quy định những vấn đề gì đồng chí đó không được tự ý quyết định, nhất thiết phải thỉnh thị cấp uỷ hoặc đồng chí đại diện cơ quan chủ quản, nhất là những vấn
đề có quan hệ đến việc giữ gìn bí mật của Đảng và Nhà nước, tình hình an ninh chính trị và quan hệ đối ngoại.
Có thể thấy rằng, trong từng giai đoạn cách mạng, Đảng đã tích luỹ được nhiều kinh nghiệm về lãnh đạo báo chí thông qua tổ chức đảng trong cơ quan quản lý Nhà nước về báo chí và tổ chức Đảng trong các cơ quan báo chí trong Hội Nhà báo. Song, trong tình hình mới, cần xác định rõ hơn nữa chức năng, nhiệm vụ, mối quan hệ giữa các tổ chức ấy để đem lại hiệu quả cao hơn trong lãnh đạo của Đảng đối với báo chí.