CHƯƠNG III: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
3.2.4. So sánh trên ngân hàng gen và bản đồ genome tằm
So sánh trên ngân hàng gen
Phân đoạn gen liên quan đến khả năng chống chịu nhiệt độ và ẩm độ cao của giống tằm được dùng làm chuỗi truy cập trong chương trình BLAST để tìm kiếm các chuỗi đích đã được đăng ký trên ngân hàng gen dựa vào mức độ tương đồng về nucleotide. Kết quả cho thấy một phần trình tự đoạn gen nghiên cứu có độ tương đồng với 3 trình tự mã số được đăng ký trên ngân hàng gen: Mã số dbj|AP009031.1|
Hình 19. Trình tự phân đoạn liên quan đến khả năng chịu nóng ẩm của tằm dâu.
Nguyễn Thị Lan 67
với mức tương đồng là 95%, mã số gb|DQ243612.1| với mức tương đồng là 95% và dbj|AP009027.1| với mức tương đồng thấp nhất là 90%.
Với mã số dbj|AP009031.1|:
Mức độ tương đồng của đoạn gen liên quan tới khả năng chống chịu của tằm dâu (1500bp) và mã số dbj|AP009031.1| trên ngân hàng gen là 95% (81/85 nucleotide tương đồng). Mã số dbj|AP009031.1| nằm trên nhiễm sắc thể số 2 của
Hình 20: So sánh trình tự phân đoạn 1500bp trên ngân hàng gen
Nguyễn Thị Lan 68
trình tự genome tằm dâu, mã số locus là AP009031 và có chiều dài là 110.996 bp.
Sự tương đồng giữa trình tự đoạn gen (1500bp) và mã số dbj|AP009031.1| thể hiện ở đoạn nucleotide từ 11 tới 95 (với trình tự đoạn gen) tương ứng với đoạn nucleotide 46.675 đến 46.592 (với mã số dbj|AP009031.1|). Ở trình tự nucleotide của mã số dbj|AP009031.1|, nucleotide số 46.653 là A được thay thế là C ở vị trí số 33 với trình tự đoạn 1500bp. Tương tự nucleotide số 46.610 là G được thay thế là T ở vị trí nucletide số 76, 46.608 là T được thay thế là C ở vị trí số 78. Tuy nhiên, ở vị trí nucletide số 92 của đoạn 1500bp là C trong khi ở vị trí tương ứng của dbj|AP009031.1| là 46.595 lại không xuất hiện nucleotide nào.
Với mã số gb|DQ243612.1|:
Mức độ tương đồng của đoạn gen liên quan tới khả năng chống chịu của tằm dâu (1500bp) với mã số gb|DQ243612.1| trên ngân hàng gen đạt 95% (81/85 nucleotide tương đồng) giống mức tương đồng của trình tự đoạn gen liên quan tới khả năng chống chịu với mã số dbj|AP009031.1| cả về sự thay thế số nucleotide của đoạn gen ở vị trí số 33, 76, 78, 92. Mã số gb|DQ243612.1| có kích thước là 746bp và số locus là DQ243612. Sự tương đồng giữa trình tự đoạn gen (1500bp) và mã số gb|DQ243612.1| thể hiện ở đoạn nucleotide từ 11 tới 95 (với trình tự đoạn gen) tương ứng với đoạn nucleotide 134 đến 51 (với mã số gb|DQ243612.1|). Sự sai khác của các nucleotit ở vị trí số 33, 76, 78, 92 của phân đoạn 1550bp tương ứng với vị trí số 112, 70, 68, 54 của mã số gb|DQ243612.1|.
Nguyễn Thị Lan 69
Với mã số dbj|AP009027.1|:
Mức độ tương đồng của đoạn gen liên quan tới khả năng chống chịu của tằm dâu (1550bp) và mã số dbj|AP009027.1| trên ngân hàng gen là 90% (81/90 nucleotide tương đồng). Mã số dbj|AP009027.1| nằm trên nhiễm sắc thể số 17 của bộ genome tằm, mã số locus là AP009027 và kích thước là 157.022 bp. Sự tương đồng của trình tự đoạn gen và mã số dbj|AP009027.1| được thể hiện ở kích thước đoạn từ nucleotide số 9 đến 97 (với trình tự đoạn gen 1550bp) tương ứng với đoạn nucleotide số 100.851 đến 100.939 (với mã số dbj|AP009027.1|). Ở trình tự nucleotide của mã số dbj|AP009027.1|, nucleotide số 100855 là T tương ứng với vị trí 13 của trình tự đoạn gen 1500bp lại không xuất hiện nucleotide. Ngược lại, ở vị trí nucleotide số 25 của trình tự đoạn gen là a trong khi vị trí tương ứng với mã số dbj|AP009027.1| là 100.867 lại không xuất hiện nucleotide. Ở vị trí nucleotide số 29 của trình tự đoạn gen là a được thay thế là T ở vị trí nucleotide số 100871 của mã số dbj|AP009027.1|. Tương tự, nucleotide số 34 là C được thay thế là G ở vị trí số 100.876, nucleotide số 37 và 38 là AA được thay thế là GG ở vị trí nucleotide số 100.879 và 100.880. Nucleotide số 75, 76 là C và T được thay thế bằng A và G ở vị trí 100.917, 100.918. Và cuối cùng là nucleotide số 78 của đoạn gen là C được thay thế bằng T của mã số dbj|AP009027.1| ở vị trí nucleotide 100.920.
Nguyễn Thị Lan 70
So sánh trên bản đồ genome tằm
So sánh trên bản đồ gen tằm, trình tự của phân đoạn 1500 phân lập nằm ở nhiễm sắc thể 18, nhiễm sắc thể này có chiều dài khoảng 15Mb và ước tính có khoảng 4611 gene, trình tự 1500 của chúng tôi nằm ở vị trí 15.602.957-15.604.458 (hình 21 và hình 22), vùng gen này chưa xác định được chức năng.
3.2.5. Thiết kế mồi, tối ƣu điều kiện khuếch đại phân đoạn liên quan đến