Chủ thể tham gia bồi thường bao gồm cơ quan Nhà nước có thẩm quyền và chủ đầu tư. Trong đó, việc thu hồi đất sử dụng vào mục đích quốc phịng an ninh, lợi ích quốc gia, lợi ích cơng cộng hoặc mục đích phát triển kinh tế thì Nhà nước sẽ là chủ thể đứng ra để bồi thường. Ngoài ra, đối với các dự án nhỏ lẻ sản xuất kinh doanh phù hợp với quy hoạch sử dụng đất đã được xét duyệt thì nhà nước khơng thu hồi đất, vì vậy việc bồi thường sẽ khơng được Nhà nước thực hiện mà chủ đầu tư và người sử dụng đất sẽ thoả thuận với nhau theo hình thức chuyển nhượng, cho th, góp vốn bằng QSDĐ.
- Trường hợp do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền bồi thường
Cơ quan Nhà nước thu hồi đất sẽ tiến hành bồi thường (có 2 cơ quan hành chính Nhà nước địa phương có thẩm quyền thu hồi đất là UBND cấp tỉnh và UBND cấp huyện), việc bồi thường sẽ căn cứ vào tình hình thực tế ở địa phương mà UBND cấp tỉnh sẽ giao việc bồi thường cho Hội đồng bồi thường cấp huyện hay Tổ chức phát triển quỹ đất thực hiện.
- Trường hợp thoả thuận giữa chủ đầu tư và người sử dụng đất
+ Nếu các bên đạt được thống nhất, Hội đồng bồi thường sẽ gửi biên bản xác nhận phương án bồi thường cho chủ tịch UBND cấp có thẩm quyền phê duyệt, sau đó phương án bồi thường sẽ được niêm yết cơng khai tại trụ sở UBND cấp xã để người bị thu hồi đất rà sốt và có ý kiến cuối cùng.
+ Nếu trong quá trình thoả thuận mà các bên khơng đạt được thống nhất thì Hội đồng GPMB sẽ yêu cầu các cơ quan quản lý, nhà đầu tư hoặc nhà tư vấn xem xét lại phương án bồi thường. Nếu xét thấy vấn đề nào chưa phù hợp, chưa cơng bằng thì Hội đồng bồi thường sẽ trình Chủ tịch UBND cấp huyện quyết định phê duyệt bổ sung hoặc điều chỉnh, nhưng xét thấy đề xuất là đúng đắn mà người sử dụng đất vẫn cố tình khơng thực hiện, Hội đồng bồi thường sẽ trình cơ quan có thẩm quyền tiến hành biện pháp cưỡng chế đo đạc, kiểm kê tài sản để làm căn cứ cho việc bồi thường.