3.2. Phân loại nấm vân chi đỏ và đen
3.2.2.3. Xây dựng cây phân loại
Mặc dù chúng tơi giải trình tự tồn bộ vùng gen từ ITS1, 5.8S, ITS2 và vùng D1/D2 của rDNA nhưng qua khảo sát trên GenBank, khơng có nhiều trình tự các
lồi nấm được giải trình tự tồn bộ vùng gen như trên. Do vậy chúng tôi quyết định sử dụng vùng gen mã hóa cho ITS1, 5.8S và ITS2 để xây dựng cây phân loại của nấm vân chi đỏ.
Kết quả BLAST trên GenBank cho thấy rằng nấm vân chi đỏ có trình tự
tương đồng 100% với Trametes sanguinea BRFM 1114 (J.G. Berrin et al., 2012)
Hình 3.22. Kết quả khuếch đại rDNA bằng PCR. bp
Nấm vân chi đỏ
Kết quả và bàn luận
[47], Trametes sanguinea CR35 và Pycnoporus sanguineus CBS. Mặt khác Pycnoporus sanguineus là một tên khác của Trametes sanguinea (Hình 1, phụ lục).
Nhằm đánh giá chính xác và xác định mối quan hệ của nấm vân chi đỏ với các lồi nấm khác, chúng tơi tiếp tục xây dựng cây phân loại.
Các trình tự sau khi tải về được so sánh và chọn vùng khởi đầu và kết thúc thích hợp sử dụng phần mềm Bio Edit Verion 7.1.3. Cây phân loại được vẽ bằng
chương trình MEGA 5.0.
Cây phân loại được vẽ theo phương pháp Neighbor-joining tree với độ lặp lại là 1000 lần, các giá trị Boostrap lớn hơn 65% mới được thể hiện.
Theo Hình 3.23: nấm vân chi đỏ tương đồng và khơng có sự khác biệt về trình tự DNA với lồi Trametes sanguinea BFRM 1114 và có mối quan hệ gần gũi với các loài khác trong giống Trametes. Dựa vào hình cũng cho thấy rằng giống Trametes có mối quan hệ gần với lồi Ganoderma lucidum và cùng nhóm với lồi
Hình 3.23. Cây phân loại thể hiện mối quan hệ họ hàng giữa nấm vân chi đỏ
và các loài nấm khác. Tên chủng của từng loài trong Bảng 3, phụ lục.
Trametes sanguinea BRFM 1114 (JX082366.1) Trametes hirsuta (AB158313.1)
Trametes versicolor BCRC3638 (AY309019.1) Trametes ochracea (AB15314.1)
Ganoderma lucidum CSAA0801 (FJ940919.1) Grifola frondosa AFTOL-ID701 (AY854084.1)
Hericium erinaceus KUMC 1023 (AY534601.1) Tricholoma matsutake TM4 (AB036981.1)
Hypsizygus marmoreus 1196 (FJ609257.1) Pleurotus cystidiosus PSUMC609 (AY315792.1)
Pleurotus floridanus CCRC 36038 (AY265832.1) Pleurotus eryngii 6690 (AY450347.1)
Flammulina velutipes (AF036928.1) Lentinula edodes 50624-ACCC (AY683137.1)
Volvariella volvacea Vv-4(V) (JN086661.1) Nam van chi do
Kết quả và bàn luận
G. frondosa. Bởi vì tất cả đều cùng một bộ đó là bộ Polyporales, ngoại trừ H. erinaceus thuộc bộ Russulales, các lồi cịn lại đều thuộc bộ Agaricales [71].
Từ kết quả khảo sát trên chúng tôi kết luận nấm vân chi đỏ phân lập tại Việt Nam có tên khoa học là Trametes sanguinea.