Từ năm 2006, yêu cầu đặt ra cho ngành Hải quan Việt Nam là tổ chức hệ thống KTSTQ một cách khoa học và đảm bảo đầy đủ quyền cho hoạt động này. Hiện nay, qua nhiều Quyết định được sửa đổi của Bộ Tài chính và Tổng cục Hải quan (TCHQ), hệ thống KTSTQ đã được tổ chức một cách chuyên biệt và độc lập bao gồm hai cấp: cấp TCHQ và cấp Cục Hải quan tỉnh, thành phố.
a) Cấp Tổng cục Hải quan
Theo Quyết định 1252/QĐ-TCHQ ngày 16/06/2010 của TCHQ về nhiệm vụ và quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Phòng thuộc Cục KTSTQ, Cục KTSTQ có 7 Phòng nghiệp vụ, đảm trách hoạt động KTSTQ theo các lĩnh vực liên quan. Đó là các Phòng: Phòng Tổng hợp; Phòng Kiểm tra trị giá hải quan (Phòng Kiểm tra 1); Phòng Kiểm tra mã số và thuế suất hàng hóa (Phòng Kiểm tra 2); Phòng KTSTQ đối với hàng xuất khẩu, nhập khẩu theo loại hình gia công và sản xuất – xuất khẩu (Phòng Kiểm tra 3); Phòng Kiểm tra thực hiện chính sách thương mại (Phòng Kiểm tra 4); Phòng KTSTQ phía nam (Phòng Kiểm tra 5); Phòng Thu thập, xử lý thông tin.
Đến nay do yêu cầu triển khai nghiên cứu và thực hiện đúng và phù hợp các nghiệp vụ trong quá trình KTSTQ nên các phòng nghiệp vụ được phân chia theo hạng mục, lĩnh vực kiểm tra. Điều này cho thấy tính chuyên nghiệp hơn trong việc tổ chức lại cơ cấu của Cục KTSTQ.
b) Cấp cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố.
Chi cục KTSTQ trực thuộc cục hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố thuộc TCHQ và thực hiện nhiệm vụ theo quy định tại Quyết định số 1092/QĐ – TCHQ ngày 26/6/2006 của TCHQ. Tùy theo quy mô của từng địa phương mà các Chi cục KTSTQ ngoài một chi cục trưởng, một số chi cục phó thì sẽ có số lượng các đội khác nhau. Các chi cục KTSTQ cấp 1 (Chi cục KTSTQ TP. Hồ Chí Minh, Hài Phòng, Hà Nội, Quảng Ninh, Bình Dương, Đồng Nai) thường có mô hình cấp đội rõ ràng (có 3 hoặc 5 đội).
Chi cục cấp 2(17 chi cục) cấp đội được phân chia đơn giản (Có 2 đội: Đội Tham mưu tổng hợp và Đội KTSTQ). Các chi cục cấp 3(10 chi cục) không có cấp đội. Cụ thể mô hình cấp đội của các chi cục KTSTQ cấp 1 như sau:
Cơ cấu tổ chức cấp đội của Chi cục KTSTQ TP. Hồ Chí Minh có 5 đội công tác gồm: Đội văn phòng – Tổng hợp; Đội thu thập, phân tích và xử lý thông tin; Đội KTSTQ đối với hàng hóa xuất nhập khẩu theo loại hình kinh doanh (Đội 1); Đội
KTSTQ đối với hàng hóa xuất nhập khẩu theo mô hình gia công và sản xuất xuất khẩu (Đội 2); Đội KTSTQ đối với hàng hóa xuất khẩu theo loại hình đầu tư và các lĩnh vực khác (Đội 3)
Cơ cấu tổ chức cấp đội của Chi cục KTSTQ Hải Phòng và Hà Nội gồm 5 đội công tác: Đội tham mưu tổng hợp; Đội KTSTQ về giá trị Hải quan (Đội 1); Đội KTSTQ về mã số và thiế suất hàng hóa xuất nhập khẩu (Đội 2); Đội KTSTQ đối với hàng hóa xuất nhập khẩu theo loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu (Đội 3); Đội KTSTQ về thực hiện chính sách thương mại (Đội 4)
Cơ cấu tổ chức cấp đội Chi cục KTSTQ tỉnh Quảng Ninh gồm 03 đội công tác: Đội tham mưu tổng hợp; Đội KTSTQ về trị giá Hải quan, mã số và thuế suất hàng hóa xuất nhập khẩu (Đội 1); Đội KTSTQ đối với hàng hóa xuất nhập khẩu theo loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu và thực hiện chính sách thương mại (Đội 2).
Cơ cấu tổ chức cấp đội của Chi cục KTSTQ tỉnh Đồng Nai và Bình Dương gồm 03 đội công tác: Đội tham mưu tổng hợp; Đội KTSTQ về trị giá Hải quan, mã số và thuế suất hàng hóa xuất nhập khẩu và thực hiện chính sách thương mại (Đội 1); Đội KTSTQ đối với hàng hóa xuất nhập khẩu theo loại hình gia công, sản xuất xuất khảu (Đội 2).
Ngoài ra khi thực hiện KTSTQ tại trụ sở doanh nghiệp thì cần tổ chức một đoàn kiểm tra, Cơ cấu của đoàn kiểm tra thực tiếp tại trụ sở đối tượng kiểm tra về cơ bản có khoảng bốn người, gồm một trưởng đoàn, phó trưởng đoàn, một nhân viên chính và một nhân viên, nhưng số lượng cán bộ KTSTQ có thể thay đổi thùy theo khối lượng giao dịch hàng hóa và phạm vi của đối tượng kiểm tra.
Như vậy, cơ cấu tổ chức bộ máy KTSTQ hiện nay có thể tóm tắt trong sơ đồ sau:
Hình 2.2: Sơ đồ tổ chức bộ máy Kiểm tra sau thông quan của Hải quan Việt Nam