Quản lý mục tiêu đào tạo nhằm đảm bảo mục tiêu được xây dựng hợp lý và được thực hiện trọn vẹn. Mục tiêu được xác định theo nhiều bậc khác nhau và khi đào tạo theo định hướng thực hành ứng dụng thì mục tiêu đào tạo gắn liền với nội dung kiến thức, kỹ năng, thái độ ngành nghề cụ thể, chính vì vậy quản lý mục tiêu được thực hiện căn bản là tại Khoa.
Khi xây dựng mục tiêu đào tạo lãnh đạo Khoa cần gắn chặt chẽ với mục tiêu phát triển của ngành trên cả ba khía cạnh kiến thức, kỹ năng và thái độ của sinh viên theo hướng thực hành ứng dụng
Về kiến thức: đào tạo theo định hướng thực hành ứng dụng phải xác định được những tiêu chuẩn kiến thức cơ bản, chuyên sâu gắn với yêu cầu phát triển nghề. Sinh viên phải nắm vững kiến thức chuyên môn cốt lõi, hệ thống tri thức để có cơ sở vận dụng thực hành vào giải quyết công việc cụ thể.
Về kỹ năng: Mục tiêu chung của đào tạo theo định hướng thực hành ứng dụng là khả năng thực hành, ứng dụng lý luận vào thực tiễn của người học chính vì vậy kỹ năng nghề nghiệp là một yêu cầu quan trọng đối với mục tiêu đào tạo. Căn cứ vào đặc trưng của từng ngành nghề cụ thể mà mục tiêu rèn luyện kỹ năng cho từng ngành học được xác định.
Về thái độ: thái độ, ý thức nghề nghiệp luôn là yếu tố quan trọng quyết định tới sự thành công trong lao động nghề nghiệp, luôn tích cực tìm tòi, sáng tạo và vận dụng những kiến thức lý luận vào thực tiễn là đòi hỏi quan trọng trong xác định mục tiêu về thái độ trong đào tạo.