Cùng với sự phát triển của toàn ngành thuế, Chi cục thuế huyện Yên thành được thành lập vào ngày 01/10/1990 trên cơ sở sáp nhập phòng thuế cơng thương nghiệp; phịng thuế nơng nghiệp; tổ thu thuế quốc doanh.
Từ ngày đầu thành lập cơ sở vật chất còn nhiều thiếu thốn, tổ chức bộ máy còn nhiều bất cập nhưng được sự quan tâm chỉ sâu sát của Huyện ủy, UBND và Cục thuế Nghệ An, lãnh đạo Chi cục thuế đã khẩn trương sắp xếp ổn định tổ chức bộ máy, xây dựng chương trình, kế hoạch và các biện pháp tổ chức thực hiện nhiệm vụ chính trị một cách khoa học và có trọng tâm, trọng điểm, đồng thời tập trung chỉ đạo triển khai và thực hiện tốt các chính sách về thuế trên địa bàn huyện, nhằm góp phần ổn định và phát triển sản xuất kinh doanh, tạo nguồn thu bền vững cho NS nhà nước.
Khi mới thành lập Chi cục thuế có 65 cán bộ, chủ yếu là cán bộ chuyển ngành mới học sơ cấp về thuế. Cụ thể: trình độ đại học có 06 cán bộ; trình độ trung cấp 23 cán bộ và 36 cán bộ có trình độ sơ cấp. Hàng năm, chi cục thuế xây dựng kế hoạch đào tạo, bồi dưỡng và cử cán bộ tham gia các lớp tập huấn, bồi dưỡng nghiệp vụ do Tổng cục thuế và Cục thuế tổ chức. Công tác đào tạo và tự đào tạo được chú trọng, bồi dưỡng cán bộ công chức về các kiến thức chun mơn thuộc lĩnh vực mình đảm nhiệm, đào tạo chú trọng các kỹ năng gắn với vị trí làm việc cụ thể của từng cán bộ. Tổ chức bộ máy của chi cục từ khi mới thành lập đến nay đã được tổ chức sắp xếp lại theo chức năng, nhiệm vụ quyền hạn và cơ cấu tổ chức. Từ 09 tổ, đội thuế nay sắp xếp lại chỉ còn 07 đội thuế chức năng, bộ máy được tinh giảm gọn nhẹ, chất lượng, năng lực của
NĐ68/CP. Cụ thể: trình độ đại học có 28 cán bộ, trình độ trung cấp có 28 cán bộ và 02 cán bộ sơ cấp.
Từ khi thành lập đến nay Chi cục thuế Yên Thành đã luôn nỗ lực phấn đấu hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao, trong nhiều năm liền được tặng thưởng nhiều danh hiệu thi đua của Đảng và Nhà nước. Năm 2008 được tặng Bằng khen của Bộ trưởng Bộ Tài chính, năm 2010 được
Thủ tướng Chính phủ tặng bằng khen,…