Hoàn thuế GTGT là một trong những nội dung rất quan trọng của luật thuế GTGT, góp phần phát huy tác dụng tích cực của sắc thuế GTGT trong việc khuyến khích và thúc đẩy các cơ sở kinh doanh tiến hành sản xuất kinh doanh, giải quyết khó khăn về vốn cho các doanh nghiệp. Cơ sở để xác định số thuế GTGT được hoàn là căn cứ vào chứng từ, hóa đơn và số liệu kê khai mà DN cung cấp, được cơ quan thuế kiểm tra. Do vậy, kết quả thực hiện công tác quản lý kê khai như thế nào sẽ tác động lớn đến kết quả hồn thuế. Nếu cơng tác quản lý kê khai không được thực hiện tốt sẽ gây thất thu cho NSNN do các DN trốn thuế bằng việc khai sai thuế suất, kê khai thiếu doanh thu,… Và từ việc kê khai sai số thuế GTGT đầu vào và thuế GTGT đầu ra, DN không những không phải nộp thuế GTGT mà cịn được hồn thuế. Qua cơng tác kiểm tra trước hoàn thuế sau hay kiểm tra sau hoàn thuế trước, cán bộ đội kiểm tra thuế phát hiện ra các sai sót, gian lận từ đó giảm số thuế đề nghị hoàn, hoặc truy thu số thuế đã hoàn.
Thủ tục hoàn thuế GTGT được Chi cục thực hiện theo đúng trình tự của quyết định số 905/QĐ-TCT năm 2011của Tổng cục trưởng Tổng cục thuế như sau:
- Cán bộ phịng KK&KTT nhận bộ hồ sơ hồn thuế do người nộp thuế gửi lên, trong đó bao gồm: giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN, tờ khai thuế GTGT của tháng yêu cầu hồn thuế, bảng kê hóa đơn mua vào bán ra đi kèm. Tùy từng trường hợp cụ thể, cán bộ thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế thuộc loại hoàn thuế trước kiểm tra sau hoặc kiểm tra sau, hoặc kiểm tra trước hoàn thuế sau. Cán bộ thuế làm hai mẫu nhận xét gửi qua bộ phận kiểm tra thuế: Phiếu nhận xét hồ sơ hoàn thuế, phiếu phân loại hồ sơ hoàn thuế.
- Tại bộ phận kiểm tra thuế căn cứ trên phiếu phân loại và nhận xét hồ sơ hoàn thuế từ bộ phận KK&KTT gửi qua, đội kiểm tra thuế tiến hành xem xét và ra quyết định kiểm tra hoàn thuế GTGT tại trụ sở người nộp thuế.
- Đến tiếp xúc tại trụ sở người nộp thuế: Đoàn kiểm tra làm việc tại trụ sở người nộp thuế và đọc biên bản công bố quyết định kiểm tra,lập biên bản kiểm tra về kết quả quá trình kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Kết thúc q trình kiểm tra, tồn bộ văn bản được lưu hành thành bộ hồ sơ kiểm tra cho từng DN và lưu tại đội kiểm tra.
Ba năm qua, tại Chi cục thuế chỉ thực hiện hoàn thuế cho một doanh nghiệp vào năm 2011 là Công ty TNHH xuất nhập khẩu Tám Mại.
Căn cứ vào hồ sơ nghị hồn trả khoản thu NSNN của Cơng ty TNHH XNK Tám Mại, gồm: giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN kèm theo bảng kê xuất khẩu hàng
hóa, bảng kê khai thuế GTGT đề nghị hoàn, bảng kê tờ khai xuất khẩu, bảng kê hợp đồng xuất khẩu, bảng kê chúng từ thanh toán qua ngân hàng (phụ lục 01). Bộ phận KK&KTT tiến hành lập phiếu phân loại hồ sơ hoàn thuế (phụ lục 02) và ra thông báo về việc chuyển HS sang diện kiểm tra trước hoàn thuế sau gửi cho đội kiểm tra thuế và cho Công ty TNHH XNK Tám Mại (Phụ lục 03)
Sau đó HS được chuyển qua đội kiểm tra thuế để xem xét, kiểm tra tình trạng nợ thuế của cơng ty đồng thời đội kiểm tra lập phiếu xác nhận tình trạng nợ thuế (phụ lục 04). Đội kiểm tra đã tiến hành lập đoàn kiểm tra đối chiếu, xác minh tại hồ sơ thực có tại đơn vị. Do điều kiện về thời gian, kinh phí, nên đồn kiểm tra không thể đi đến trực tiếp tại các cơ sở đã cung cấp bán hàng cho Công ty, cũng như các cơ sở đã mua hàng của Công ty. Trong q trình hoạt động Cơng ty đã chấp hành kê khai và nộp thuế đầy đủ, kịp thời theo quy định. Qua kiểm tra đã xác nhận hồn trả cho Cơng ty số tiền là 451.804.860 đồng, với lý do hồn trả: hồn thuế GTGT đối với hàng hóa thực xuất khẩu. Số tiền thuế khơng đủ điều kiện hồn là 42.548.387 đồng, vì lý do:
- Qua kiểm tra số HĐ số 0000443 ngày 17/03/2011 nhưng HĐ này không phải là HĐ mua vào của Công ty TNHH XNK Tám Mại với số thuế 18.548.387 đồng không được chấp nhận khấu trừ thuế.
- Qua kiểm tra đơn vị đã bán ra trên HĐ số 0082318 của công ty TNHH XNK Tám Mại ngáy 22/3/2011 nôi dung bán gạch, đơn vị mua Công ty Thoong Vông Đươn. Qua kiểm tra tờ khai hải quan khơng có nên đồn kiểm tra thống nhất đưa doanh thu tên tính vào thuế bàn hàng nội địa, 24.000.000 đồng.
- Đề xuất xử lý: phạt vi phạm hành chính theo Điểm 2. Điều 13, Nghi định số 98/2007/ND-CP ngày 07/06/2007 số tiền 4.255.000 đồng.
Kết thúc kiểm tra, đoàn kiểm tra tiến hành lập biên bản kiểm tra tại công ty TNHH XNK Tám Mại có xác nhận của đại diện cơng ty và đại diện đồn kiểm tra. Trên cơ sở biên bản kiểm tra tại Công ty đội kiểm tra thuế lập phiếu đề xuất hoàn thuế gửi lãnh đạo Chi cục xem xét, sau đó ra quyết định hồn thuế.