- Đối với vùng QRDR của gyrB
3.2.2. K ết quả giải trình tự vùng QRDR của gene gyrB của các chủng kháng FQ
kháng FQ
Một số kết quả giải trình tự của vùng QRDR của gene gyrB được trình bày trong các Hình 3.9 đến Hình 3.11.
Hình 3.9. Kết quả giải trình tự thể hiện đột biến tại D500H và G509A kiểu dị hợp trên vùng QRDR của gene gyrB.
500bp
Tại vị trí 1498, nu G của trình tự gốc đổi thành nu C nên codon 500 thay vì mã hóa cho aspartic acid (D) thì mã hóa cho histidine (H).
Tại vị trí 1526, nu G trên trình tự gốc đổi thành hoặc là nu C (peak màu đen, cao hơn) hoặc vẫn là nu G (peak màu xanh lá, thấp hơn). Do đó, codon tại vị trí 509 tương ứng có thể vẫn là glycine (G) hay alanine (A).
Hình 3.10. Kết quả giải trình tự thể hiện đột biến tại N538T kiểu dị hợp trên vùng QRDR của gene gyrB.
Tại vị trí 1613, nu A của trình tự gốc đổi thành hoặc là nu A (peak màu đỏ, cao hơn, được giới hạn bởi hai đường màu hồng) hoặc là nu C (peak màu đen, thấp hơn). Do đó, codon tại vị trí 538 tương ứng có thể vẫn là asparagine (N) hay threonine (T).
Hình 3.11. Kết quả giải trình tự thể hiện đột biến tại E540D trên vùng QRDR của gene gyrB.
Tại vị trí 1620, nu A của trình tự gốc đổi thành nu C. Do đó, codon tại vị trí 540 tương ứng là aspatic acid (D) thay cho glutamic acid (E).
Kết quả giải trình tự vùng QRDR của gene gyrB cho 109 chủng kháng FQ để khảo sát cơ chế kháng FQ ở vi khuẩn lao tại Việt Nam được thể hiện trong Bảng 3.2. (Xem thêm phụ lục 1)
Bảng 3.2. Kết quả giải trình tự vùng QRDR của gene gyrB của 109 chủng kháng FQ. Kiểu đột biến Nucleotide đột biến Số lượng Tỷ lệ (%) Số lượng hp Hoang dại - 96 88.1 - S486F C1457T 1 0.9 - D500A A1499C 1 0.9 - D500N G1498A 3 2.8 2 D500H-G509A G1498C-G1526C/G 1 0.9 1 N538T A1613A/C 4 3.7 4 T539P A1615C 1 0.9 - E540D A1620C 1 0.9 - E540V A1610T 1 0.9 - Tổng cộng: 109 100.0
S: serine, F: phenylalanine, D: aspartic acid, A: alanine, N: asparagine, H: histidine, G: glycine, T: threonine, P: proline, E: glutamic acid, V: valine, hp: peak dị hợp.
Trong 109 chủng kháng FQ này, 96 chủng không tìm thấy đột biến trong vùng QRDR của gene gyrB.
6 vị trí codon đột biến được tìm thấy trong 13 chủng kháng FQ rải rác từ codon 486 đến 540.
Đột biến D500N được tìm thấy trong 3 chủng kháng FQ, trong đó có 2 chủng chứa peak dị hợp.
Đột biến N538T được phát hiện trong 4 chủng và cả 4 chủng này đều ở dạng dị hợp tại vị trí phát hiện đột biến (Hình 3.10).
Các đột biến S486F, D500A, D500H-G509A, T539P, E540D, E540V đều chỉ