- Đối với vùng QRDR của gyrB
3.1.2. K ết quả giải trình tự vùng QRDR của gene gyrA của các chủng kháng FQ
kháng FQ
100% (109/109) các chủng kháng FQ được giải trình tự cho thấy chứa điểm đa hình S95T. Điểm đa hình này không liên quan đến tính kháng FQ và có hiện diện ở các chủng kháng cũng như nhạy với FQ.
320bp 500bp
3.1.2.1. Hình một số kiểu đột biến phát hiện được trong vùng QRDR của gene gyrA từ các chủng kháng FQ
Hình 3.2 đến Hình 3.6 minh họa một số kiểu đột biến trong vùng QRDR của gene gyrA đã phát hiện được trong 109 chủng kháng FQ.
Hình 3.2 Kết quả giải trình tự thể hiện đột biến đơn tại A90V trên vùng QRDR của gene gyrA.
Vị trí đột biến là 269, nu C trong trình tự chuẩn được thay bằng nu T trong chủng giải trình tự, làm codon 90 bị thay từ alanine (A, hoang dại) thành valine (V, đột biến).
Hình 3.3. Kết quả giải trình tự thể hiện đột biến tại A90V kiểu dị hợp trên vùng QRDR của gene gyrA.
Vị trí đột biến trong kiểu đột biến trên là 269, nu C trong trình tự chuẩn được thay bằng nu T hay vẫn giữ nguyên là nu C trong chủng được giải trình tự, làm codon 90 bị thay từ alanine thành valine hay vẫn là alanine.
Hình 3.4. Kết quả giải trình tự thể hiện đột biến tại G88A và A90V trên vùng QRDR của gene gyrA.
Tại các vị trí đột biến, có sự dị hợp của peak tín hiệu: G263C/G, C269C/T. Trên
Hình 3.4, vị trí tô xanh trên trình tự và peak được giới hạn bởi hai đường màu hồng thể hiện tại vị trí 263 có tín hiệu của nu T (màu xanh dương) và nu C (màu đen). Đột biến này làm codon 88 dị hợp thay vì mã hóa cho glycine lại mã hóa cho alanine (đột biến) hay glycine (hoang dại); codon 90 dị hợp có thể mã hóa cho alanine (hoang dại) hay valine (đột biến).
Hình 3.5. Kết quả giải trình tự thể hiện đột biến tại D94G kiểu dị hợp trên vùng QRDR của gene gyrA.
Kết quả phân tích của mạch xuôi (forward) cho thấy có sự thêm một nu tại vị trí 282 nhưng khi so sánh tín hiệu của cả hai mạch xuôi và ngược (reverse), chúng ta có thể nhận định rằng đây là kiểu dị hợp tại vị trí nu 281. Tại nucleotide thứ 281 này, nu A trong trình tự chuẩn được thay bằng nu G hay giữ nguyên là nu A trong chủng được giải trình tự, làm codon 94 bị thay từ aspartic acid (D) thành glycine (G) hay vẫn là aspartic acid.
Hình 3.6. Kết quả giải trình tự thể hiện đột biến tại D94D/G/A kiểu dị hợp trên vùng QRDR của gene gyrA.
Tại nucleotide thứ 281 của chủng trong Hình 3.6, nu A trong trình tự chuẩn được thay bằng nu G hay nu C hay vẫn là nu A làm codon 94 bị thay từ aspartic acid (D) thành glycine (G) hay alanine (A) hay vẫn là aspartic acid.
3.1.2.2. Các đột biến trong QRDR của gene gyrA
Kết quả giải trình tự của 109 chủng kháng FQ được trình bày trong Bảng 3.1. (Xem thêm phụ lục 1)
Bảng 3.1. Các đột biến trong vùng QRDR của gene gyrA trong 109 chủng kháng FQ. Kiểu đột biến Vị trí nucleotide đột biến Số lượng tỷ lệ (%) Số lượng hp Hoang dại G284C 24 22.0 - A90V C269T 22 20.2 5 D94G A281G 28 25.7 12 D94A A281C 12 11.0 4
Kiểu đột biến Vị trí nucleotide đột biến Số lượng tỷ lệ (%) Số lượng hp D94Y G280T 5 4.6 - D94N G280A 2 1.8 - D94H G280C 1 0.9 - D94G-A A281G-C 1 0.9 2 S91P T271C 2 1.8 - D89N G265A 1 0.9 - G88A / A90V G263C / C269T 1 0.9 2
A90V / D94A C269T / A281C 3 2.8 6
A90V / D94G C269T / A281G 5 4.6 10 A90V / S91P / D94G-A C269T / T271C / A281G-C 1 0.9 4 S91P / D94G-A T271C / A281G-C 1 0.9 3 Tổng cộng: 109 100.0
A: alanine, D: aspartic acid, G: glycine, N: asparagine, S: serine, P: proline, H: histidine, V: valine, Y: tyrosine, hp: peak dị hợp.
Kết quả cho thấy 22% (24/109) chủng kháng FQ không chứa đột biến trong vùng QRDR của gene gyrA.
Có 5 vị trí đột biến được xác định trong vùng này là G88A (n=1), D89N (n=1), S91P (n=3), A90V (n=32) và D94X (n=59). Trong đó, tại vị trí 94, có các kiểu đột biến đa dạng nhất từ aspartic acid chuyển thành glycine, alanine, tyrosine, asparagine và histidine.
Bên cạnh đó, số lượng các peak dị hợp (có hai peak tín hiệu tại cùng một vị trí nu, xem minh họa Hình 3.3 đến Hình 3.6) tìm thấy trong các chủng kháng FQ này là 48/121 vị trí đột biến.
Tỷ lệ các kiểu đột biến trong vùng QRDR của gene gyrA được trình bày trong
Hình 3.7. 22.00% 0.9% 0.9% 20.2% 1.8% 44.9% 9.2% 0.00% 10.00% 20.00% 30.00% 40.00% 50.00% T ỷ l ệ
Hoang dại G88A/A90V D89N A90V S91P D94X ĐB kết hợp
Kiểu đột biến
Tỷ lệ các kiểu đột biến trong QRDR của gyrA
Hình 3.7. Biểu đồ biểu diễn tỷ lệ của các kiểu đột biến trong vùng QRDR của gene gyrA xác định từ 109 chủng kháng FQ. A: alanine, V: valine, G: glycine, D:
aspartic acid, N: asparagine, S: serine, P: proline, X: các kiểu đột biến tìm thấy tại codon 94, ĐB kết hợp: các kiểu đột biến kết hợp, gồm A90V/D94A, A90V/D94G, A90V/S91P/D94G-A và S91P/D94G-A.