Mặc dù, có cả một Quỹ gen những vi sinh vật có khả năng bảo vệ cây trồng khỏi bệnh dưới điều kiện thực nghiệm, nhưng sự phát triển thương mại của nhiều chủng sinh vật đối kháng đã làm ảnh hưởng đến những lợi ích được tạo ra do sự mâu thuẫn giữa vị trí cánh đồng với thời gian canh tác. Sự thay đổi trong hoạt động của các tác nhân kiểm soát sinh học được quy cho nhiều yếu tố. Trong đó bao gồm: khả năng tương thích của cây chủ với các tác nhân kiểm soát sinh học được hình thành từ kiểu di truyền của cây chủ, phương pháp canh tác nông nghiệp, sinh vật đối kháng bị đột biến làm mất hoạt tính, sự đề kháng của mầm bệnh với các cơ chế kiểm soát sinh học, tính chất có thể bị tổn thương của tác nhân kiểm soát sinh học do các cơ chế chống đỡ của mầm bệnh, cuối cùng là tác động của môi trường đến sự sống sót và hoạt tính của tác nhân kiểm soát sinh học.
Sinh vật đối kháng là những cơ thể sống nên dù được lây nhiễm trực tiếp trên cây chủ, trên đồng ruộng, hoặc trên môi trường giàu dinh dưỡng trong nhà kính thì chúng cũng không có được sự sinh trưởng, phát triển và hoạt lực đối kháng mạnh bằng nếu chúng được sinh ra và lớn lên ngoài tự nhiên. Chỉ cần thay đổi một trong những điều kiện ngoại cảnh trong thời gian sinh trưởng có thể có những tác động sâu sắc đến khả năng kiểm soát một mầm bệnh thực vật của một tác nhân kiểm soát sinh học nào đó. Nhưng ngược lại, khi thay đổi cùng những điều kiện giống như trên thì chỉ ảnh hưởng rất nhỏ đến khả năng kiểm soát bệnh của một loại thuốc trừ sâu hóa học. Sự chuẩn bị và tích lũy chất giữ giống và nuôi cấy các sinh vật đối kháng đòi hỏi nhiều điều kiện tất yếu. Những chất nuôi, giữ các tác nhân kiểm soát sinh học thường không thể tích lũy được ở những điều kiện nhiệt độ khắc nghiệt. Ngoài ra, thời gian bảo quản của nhiều chất giữ
Số hóa bởi Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn
giống sinh vật đối kháng là không được dài như của thuốc trừ sâu hóa học; Bởi vậy, không thể bảo quản được một số lượng lớn các sinh vật đối kháng trước khi sử dụng.