Do ngành chế biến sản xuất cao su là thế mạnh đồng thời là một trong những ngành gây ô nhiễm nghiêm trọng đến môi trường nước của LVS Đồng Nai. Tổng lưu lượng nước thải của khoảng 102 cơ sở, nhà máy chế biến cao su là 40.559 mP
3
P
/ngày đêm. Điển hình là Nhà máy chế biến cao su – Công ty TNHH MTV cao su Bến Cát, Bình Dương với lưu lượng thải khá lớn 4.764,38mP
3
P
/ngày đêm, chiếm 11,6% tổng lưu lượng thải của cả lưu vực sông; trong đó tải lượng BOD là 2139,2kg/ngày; COD là 4283,18kg/ngày; TSS là 724,19kg/ngày; tổng Nitơ là 533,61 kg/ngày; tổng Photpho là 385,91kg/ngày.
Phần lớn các cơ sở , nhà máy đều chưa có hệ thống xử lý nước thải hoặc hệ thống xử lý nước thải thô sơ (chiếm gần 80%) và chỉ có gần 20% bao gồm 11 cơ sở nhà máy đã được chứng nhận hoàn thành hệ thống xử lý nước thải , 03 cơ sở đang xây dựng hệ thống xử lý, 03 cơ sở đã xây dựng nhưng chưa đạt yêu cầu và 05 cơ sở đang chạy thử nghiệm hệ thống xử lý nước thải.
Trên địa bàn tỉnh Đồng Nai, Công ty cao su Đồng Nai bao gồm rất nhiều nhà máy và các cơ sở nhỏ lẻ trực thuộc Công ty (28 nhà máy và cơ sở ) nằm phân tán trên các xã Long Giao , Xuân Đường, Xuân Mỹ, Xuân Quế, Long Đức, Xuân Lập, Xuân Lộc, Thừa Đức, Suối Tre, Sông Nhạn thuộc huyện Long Khánh , tỉnh Đồng Nai, đa số chưa có hệ thống xử lý nước thải . Tổng lượng nước thải từ các cơ sở này lên đến hơn 3000 mP
3
P
/ ngày đêm, chiếm 7,3% tổng lưu lượng thải của cả lưu vực. Bên cạnh đó, Bình Phước với 30 cơ sở, tiếp đến là Tây Ninh (khoảng 16 cơ sở), Bình Dương (khoảng 17 cơ sở) và Thành phố Hồ C hí Minh (khoảng 03 cơ sở). Trong đó , Công ty Cao su Miền nam thuộc huyện Hooc Môn , Hồ Chí Minh có lượng nước thải tính theo ngày đêm lên đến 1.200 mP
3
P
nhà máy sơ chế mủ cao su đã gây ô nhiễm nặng nề đến môi trường nước mặt, nước ngầm và không khí.
Quy trình chế biến cao su thiên nhiên và sản xuất các sản phẩm từ cao su tạo ra rất nhiều chất thải gây ô nhiễm , điển hình là cơ sở Xuân Lập , Đồng Nai có chức năng chế biến mủ ly tâm (latex) và mủ cốm từ mủ tạp.
Nguồn khí thải gây ô nhiễm chủ yếu là khí thải đốt dầu từ quá trình vận hành lò xông mủ, hơi amoniac, hơi axit trong quá trình đánh đông và mùi hôi của cao su tự nhiên. Ngoài ra, còn có các axit béo dễ bay hơi (VFA) có mùi tanh hôi, khó chịu, các khí CORxR, NORxR, SORxR, cacbonhydro, aldehyde thải ra từ hoạt động của các phương tiện tiêu thụ xăng và dầu diezel.
Nước thải có màu đen, đục, nổi váng và có mùi khó chịu. Hơn nữa là hàm lượng chất hữu cơ khá cao, cao su đông tụ nổi váng lên bề mặt ngăn cản oxy hoà tan dẫn đến hàm lượng DO rất nhỏ. Tại nguồn tiếp nhận nước thải, do quá trình lên men yếm khí sinh ra các mùi hôi gây khó chịu cho dân cư, nước nguồn bị nhiễm bẩn không thể sử dụng cho sinh hoạt. Ngoài ra trong nước thải cao su còn chứa các hợp chất acid dễ bay hơi, mercaptan... gây ảnh hưởng trực tiếp đến cuộc sống người dân.