Những nỗ lực cho việc bảo vệ và quản lý vịnh Nha Trang chỉ mới bắt đầu. Kết quả hoạt động7 năm vừa rồi của tỉnh Khánh Hòa và Dự án thí điểm KBTB Hòn Mun đã thiết lập nên một nền tảng rất quan trọng cho việc quản lý vịnh Nha Trang sau này. Tuy nhiên, vẫn còn những thách thức rất lớn về lâu dài để đảm bảo sự duy trì và sự phát triển của vịnh Nha Trang. Môi trường vịnh Nha Trang đang phải chịu tác động bởi những sức ép nghiêm trọng như ô nhiễm môi trường, chất lượng nước suy giảm và khai thác quá mức. Nếu những vấn đề thách thức trên không được quan tâm trong một vài năm tới thì chất lượng môi trường của vịnh Nha Trang sẽ khó tránh khỏ những mất mát về những lợi ích mà nó có thể thu được trong tương lai. Những khó khăn thách thức trong tương lai đã được định hình như:
Duy trì chất lượng nước trong toàn vịnh Nha Trang:
Rạn san hô và các loài sinh vật biển là những loài vốn rất nhạy cảm với những thay đổi của môi trường nước. Tuy nhiên, hiện đang có những vấn đề ảnh hưởng đáng kể tới chất lượng nước trong vịnh Nha Trang như hàm lượng các trầm tích từ hoạt động xây
dựng, chất phù dưỡng từ hoạt động nuôi trồng Thủy Sản và các chất thải rắn khá cao. Các chất thải này phần lớn từ các con sông và các hoạt động phát triển trên đất liền. Đây thực sự là vấn đề cần phải được quan tâm một cách toàn diện.
Mở rộng hoạt động tuần tra của Ban quản lý KBTB vịnh Nha Trang: Yêu cầu hiện nay là Ban quản lý KBTB vịnh Nha Trang phải mở rộng hơn hoạt động tuần tra của mình trên khắp các vùng lõi trong vịnh. Thêm vào đó nhân viên đội tuần tra cưỡng chế của Ban quản lý KBTB Hòn Mun cũng cần phải được giao đầy đủ những quyền hạn cần thiết để thực hiện nhiệm vụ của mình. Ngoài ra, cũng cần phải thiết lập sự cộng tác với các cơ quan khác trong vùng bảo vệ như Bộ đội biển phòng, Chi cục bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản, Công ty Yến sào,v.v..
Tái tạo lại nguồn giống dự trữ thủy sản và các loài đã bị suy thoái: Nguồn lợi cá rạn san hô đang bị suy giảm nghiêm trọng trong KBTB vịnh Nha Trang. Một điều quan trọng nữa là “vùng lõi” trong KBTB cần phải được mở rộng thêm khoảng 30% tổng diện tích KBTB vịnh Nha Trang. Như vậy mới đảm bảo được hiệu quả trong việc tái tạo lại nguồn lợi thuỷ sản và các loài khác.
Duy trì nuôi trồng thủy sản trong KBTB: Các hoạt động nuôi trồng thủy sản hiện đang diễn ra trong vịnh Nha Trang là chưa bền vững và hỗ trợ cho mục tiêu của KBTB chưa đạt được như mong muốn. Vì vậy, một kế hoạch nuôi trồng thủy sản toàn diện và thân thiện với môi trường như rong sụn và các loài có thể lọc nguồn thức ăn đã được phát triển trong vịnh Nha Trang là định hướng đúng đắn cho người dân địa phương
Duy trì hoạtđộng du lịch sinh thái trong KBTB: Mặc dù du lịch sinh thái đem lại những đóng đáng kể góp cho sự phát triển của tỉnh, song nếu không có những kế hoạch quản lý toàn diện và dự báo an toàn thì lượng du khách quá lớn sẽ có tác động ngược lại đối với môi trường.
Duy trì tài chính cho Ban quản lý KBTB vịnh Nha Trang: Việc quản lý KBTB vịnh Nha Trang cần phải có nguồn tài chính bền vững cho các hoạt động như tàu bè, tuần tra và các hoạt động khác,v.v.. Vì vậy cần phải có một cơ chế tài chính bền vững. Điều quan trọng khác nữa là tất cả những phí thu được từ những người sử dụng du lịch phải phục vụ cho việc quản lý bền vững của vịnh.
Áp dụng Quản lý tổng hợp ven bờ đối với vịnh Nha Trang: Quá trình lập kế hoạch cho các vùng ven bờ cần được triển khai theo phương thức tổng hợp nhằm đảm
bảo rằng các hoạt động triển khai sẽ không làm tác động đáng kể đối với môi trường. Các hoạt động đã triển khai cần phải được lập kế hoạch cẩn thận để đảm bảo các tác động như lắng đọng trầm tích, nước thải và cơ sở hạ tầng không ảnh hưởng tới các giá trị của Vịnh.
Cơ chế chính sách KBTB quốc gia: Phát triển một cơ chế chính sách KBTB sẽ thúc đẩy mạnh mẽ hoạt động quản lý của vịnh Nha Trang. Cơ chế này sẽ là nền tảng vững chắc cho việc triển khai các kế hoạch quản lý và thiết lập vai trò trách nhiệm của Ban quản lý KBTB.
Chương 4: