Kết thúc giai đoạn chuẩn bị (từ tháng 6/2001 đến tháng 1/2003) ban quản lý dự án đã hình thành Dự thảo Qui chế tạm thời quản lý Khu bảo tồn. Dự thảo đã được cư dân trong Khu bảo tồn thảo luận, được cơ quan quản lý của Tỉnh và của Bộ Thủy sản đóng góp ý kiến. Ngày 11/03/2002, Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa đã ra quyết định số 26/2002/QĐ-UB ban hành qui chế tạm thời quản lý Khu bảo tồn Hòn Mun.
Với 21 điều khoản qui định đề cập đến các hoạt động có liên quan, đến những luật hiện hành của quốc gia và hình thành định hướng mới cho việc quản lý biển. Qui chế tạm thời của Khu bảo tồn Hòn Mun sẽ nâng cao tính hiệu quả của những điều luật hiện hành trong việc ngăn chặn các hoạt động khai thác phi pháp như sử dụng chất nổ, chất độc để khai thác hải sản. Bên cạnh đó những hoạt động quản lý mới như ngăn chặn việc neo đậu tàu thuyền trực tiếp lên các Rạn san hô, thải rác trực tiếp xuống biển đã và đang được thực hiện.
Qui chế được hình thành dựa trên việc phân vùng của Khu bảo tồn, trong đó có vùng lõi là vùng được bảo vệ nghiêm ngặt, vùng đệm và vùng sử dụng chung. Tất cả mọi hoạt động khai thác thủy sản đều bị cấm tuyệt đối trong vùng lõi, ngoại trừ hoạt động khai thác đã được cấp phép như khai thác Yến Sào.
Từ khi hoạt động đến khi dự án chấm dứt vào giữa năm 2005, Ban quản lý Khu bảo tồn Hòn Mun đã có nhiều nỗ lực trong việc tuyên truyền vận động người dân sống trong vùng nâng cao ý thức bảo vệ biển thông qua các chương trình: Tạo phao neo trong vùng biển để tàu thuyền không thả neo trực tiếp làm hư hại thềm san hô; nghiêm cấm và tuần tra để tránh tình trạng đánh bắt mang tính hủy diệt tại vùng biển này. Bên cạnh đó, để tránh ô nhiễm môi trường biển, tạo điều kiện cho các loài sinh vật biển trở về sinh sống, phục hồi và phát triển thêm các rạn san hô, Ban quản lý đã hướng người dân vùng đảo đổi nghề như nuôi trồng thủy sản, đan lưới, trồng rong sụn, làm hàng thủ công…