Dự án Khu bảo tồn biển Hòn Mun được Chính phủ phê duyệt tại công văn số 1777/CP-QHQT ngày 20/12/2000. Đây là Dự án Khu bảo tồn biển đầu tiên của Việt Nam, do Chính phủ Việt Nam, Tổ chức Bảo tồn thiên nhiên quốc tế, Quỹ môi trường toàn cầu, Ngân hàng thế giới và Tổ chức phát triển quốc tế của Đan Mạch đồng tài trợ.
Ôm lấy phần lớn vùng nước trong Vịnh Nha Trang, Khu bảo tồn biển Hòn Mun bao gồm các hòn đảo: Hòn Tre, Hòn Miễu, Hòn Tằm, Hòn Một, Hòn Mun, Hòn Rơm, Hòn Cau (Hòn Hố), Hòn Vung (Hòn Đụn), và Hòn Nọc. Diện tích tổng thể khoảng 160 km2, trong đó diện tích các đảo là 38 km2 và vùng nước quanh các đảo là 122 km2. Những vấn đề quan trọng và nhạy cảm về tự nhiên và con người trong khu vực này đã biến nó trở nên cần thiết có một loại hình quản lý dưới dạng khu bảo tồn.
Dự án thí điểm Khu bảo tồn biển Hòn Mun do bộ Thủy Sản, Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa và Tổ chức Bảo tồn thiên nhiên thế giới (IUCN) thực hiện, sẽ tìm ra các biện pháp sao cho Khu bảo tồn biển Hòn mun sẽ là Khu bảo tồn biển được quản lý tốt nhất ở Việt Nam. Mục đích của Dự án là “Bảo tồn một mô hình điển hình về đa dạng sinh học
biển có tầm quan trọng quốc tế và đang bị đe dọa”, để đạt được mục tiêu: “Giúp cộng đồng dân cư tại các đảo nâng cao đời sống và cộng tác với các bên liên quan khác để
bảo vệ và quản lý có hiệu quả đa dạng sinh học biển tại Khu bảo tồn biển Hòn Mun, tạo
nên mô hình hợp tác quản lý Khu bảo tồn biển tại Việt Nam”. Nhờ kế hoạch phân vùng
sử dụng trong Khu bảo tồn, chúng ta sẽ bảo vệ được các Rạn San Hô, Thảm cỏ biển, Rừng ngập mặn và các hệ sinh thái khác.
Trong khu bảo tồn biển Hòn Mun các khu vực được phân chia thành vùng nhằm quản lý các mục đích sử dụng khác nhau trong vịnh và giúp vịnh có thể phát triển bền vững, cụ thể như sau:
Vùng bảo vệ nghiêm ngặt: là những vùng mà sinh vật biển được bảo vệ nghiêm ngặt để sinh trưởng và phát triển và môi trường thì được duy trì ở trạng thái tự nhiên nhất. Du lịch được phát triển nhưng hạn chế và không ảnh hưởng đến môi trường. Các hoạt động đánh bắt thủy sản hoàn toàn bị cấm ở các khu vực này.
Vùng phục hồi sinh cảnh: là nơi mà sinh cảnh có thể phục hồi trạng thái tự nhiên. Du lịch không gây ảnh hưởng đến môi trường và hạn chế đánh bắt.
Vùng sử dụng đa mục đích: là nơi mà các hoạt động được phép thực hiện nhưng các hoạt động này không được ảnh hưởng đến môi trường, chẳng hạn như lưới giã cào thì không được phép hoạt động.
Vùng đệm: bao quanh tất cả các đảo và nhằm bảo vệ rạn san hô và các sinh cảnh khác. Chỉ có một số hoạt động được phép thực hiện trong các vùng này.
Dự án bao gồm 4 hợp phần chính:
1/ Giám sát và đánh giá: Để quản lý bền vững cần phải hiểu biết về đa dạng sinh học và môi trường biển của vịnh Nha Trang. Việc nghiên cứu đa dạng sinh học đã được tiến hành nhằm xác định loài, các khu vực san hô còn tốt hay đang bị đe dọa và những khu vực cần được tái tạo, phục hồi. Viện hải dương học Nha Trang và các chuyên gia đánh giá đa dạng sinh học của dự án đã tiến hành nghiên cứu trên mặt rộng của Khu bảo tồn. Kết hợp các kết quả nghiên cứu và sự hiểu biết của người dân về tài nguyên sẽ giúp chúng ta hiểu hơn những người sử dụng và các mối đe dọa trong Khu bảo tồn.
2/ Xây dựng năng lực: Bằng các hình thức quản lý, thông tin, tuyên truyền, quảng cáo (Pano,áp pích, tranh ảnh, bản tin, tham quan, hội thảo…), Ban quản lý dự án đã cung cấp tới người dân sinh sống trên các đảo, du khách tham quan du lịch những hiểu biết về tài nguyên, sự đa dạng sinh học, giá trị về kinh tế, văn hóa, xã hội, lịch sử của Khu bảo tồn biển Hòn Mun, giúp người dân có ý thức giữ gìn và bảo vệ Khu bảo tồn. Dự án đã thiết kế chương trình phim video về giáo dục cộng động và các hoạt động giáo dục khác trong trường học. Xây dựng trung tâm thông tin và giáo dục tại Hòn Mun nhằm nâng cao hiểu biết và nhận thức của cư dân và du khách tham quan về khu bảo tồn.
3/ Quy hoạch và quản lý có sự tham gia của cộng đồng: Dự án chú trọng sự tham gia của cộng đồng cư dân trong việc tham gia quản lý khu bảo tồn. Điều này sẽ tạo cơ sở để quản lý bền vững và lâu dài. Những khu vực nào cần được bảo vệ nghiêm ngặt sẽ được cân nhắc kỹ và cùng thảo luận với cộng đồng để đảm bảo sao cho cuộc sống của ngư dân được đảm bảo. Dự án sẽ thiết kế các chương trình tạo thu nhập thay thế và tạo vốn tín dụng cho ngư dân.
4/ Các hoạt động tạo thu nhập thay thế: Đứng trước thực trạng nguồn lợi bị suy giảm và cơ hội tìm kiếm việc làm hiếm hoi, nhất là đối với phụ nữ. Dự án sẽ tìm kiếm các hoạt động tạo thu nhập phụ và hỗ trợ cho các hoạt động này. Đặc biệt các công nghệ mới về nuôi trồng thủy sản và chương trình tín dụng sẽ được hỗ trợ cho các nhóm đối
tượng cần thiết. Chương trình thí điểm về nuôi Hải sâm, Vẹm xanh, Rong sụn, Cá Mú, Cá Dìa, Hàu,… đang được triển khai tại các vùng nuôi trong khu bảo tồn. Tương lai, có thể tổ chức cho cư dân tạo thêm thu nhập từ hoạt động du lịch và các hoạt động nghiên cứu, giáo dục, đào tạo, giải trí…
Dự án này được chia làm 2 giai đoạn chính: