Cỏch thức tổ chức hệ thống Tũa ỏn là một yếu tố có ảnh hưởng rất lớn đến chất lượng xét xử của Tũa ỏn và cũng chớnh là tác động đến vai trũ của Tũa ỏn trong đấu tranh phũng, chống tội phạm núi chung và tội phạm do NCTN thực hiện núi riờng. Ngày nay, xu thế dõn chủ đó đặt Tũa ỏn trước nhiệm vụ rất nặng nề, bởi tự do cá nhân được đánh giá ở sự công bằng của Tũa ỏn và do vậy cỏch thức tổ chức hệ thống Tũa ỏn có ý nghĩa rất quan trọng trong việc thực hiện chức năng xét xử và khả năng độc lập trong xét xử của Tũa ỏn. Hiện nay, ở nước ta hệ thống Tũa ỏn được tổ chức theo địa giới hành chính và theo cấp xét xử, theo đó hệ thống Tũa ỏn gồm: TAND cấp quận (huyện), TAND cấp tỉnh (thành phố) và TAND tối cao. Thẩm phỏn Tũa hỡnh sự cú nhiệm vụ xột xử tất cả cỏc vụ ỏn hỡnh sự, khụng phõn biệt là tội phạm gỡ, người thành niên hay chưa thành niên… Cho nờn, khụng cú một Tũa chuyờn biệt mà ở đó có các Thẩm phán là những người hiểu biết rừ về tõm sinh lý qua cỏc thời kỳ phỏt triển của NCTN, nghiờn cứu chuyờn sõu về cỏc quy định của pháp luật hỡnh sự, phỏp luật tố tụng hỡnh sự liờn quan đến việc xét xử NCTN phạm tội cũng là những yếu tố tác động đến vai trũ của Tũa ỏn trong
việc xột xử NCTN phạm tội. Trong khi đó, BLTTHS năm 2003 lại quy định tại Điều 302: “…Thẩm phán tiến hành tố tụng đối với NCTN phạm tội phải là người có những hiểu biết cần thiết về tâm lý học, khoa học giỏo dục cũng như về hoạt động đấu tranh phũng, chống tội phạm của NCTN” [32, tr.205].
Ngoài ra, với cách thức tổ chức như hiện nay, thực tế cho thấy trong suốt hơn nửa thế kỷ qua, ngành Tũa ỏn đó thực hiện tốt vai trũ của mỡnh, gúp phần tớch cực, quan trọng trong việc xõy dựng và bảo vệ Tổ quốc. Tuy nhiờn, trong tỡnh hỡnh hiện nay, hệ thống tổ chức và hoạt động của ngành Tũa ỏn đó bộc lộ nhiều hạn chế, đó là: thứ nhất, chưa tạo ra cơ chế để bảo đảm tính độc lập trong hoạt động xét xử ; thứ hai, tạo ra sự mất cân đối về số lượng cỏc vụ ỏn giải quyết của cỏc tũa ỏn hàng năm (nhất là giữa số lượng của các Tũa ỏn cấp huyện), do số lượng các vụ án trên thực tế ở các địa phương không giống nhau nên cú những tũa ỏn rất ớt việc trong khi đó lại có những tũa ỏn làm khụng hết việc, tỡnh trạng ỏn tồn đọng thường xảy ra ở những nơi này, ảnh hưởng không nhỏ đến chất lượng hoạt động xét xử của Tũa ỏn và như cậy vai trũ của Tũa ỏn trong đấu tranh phũng, chống tội phạm sẽ khụng được phát huy; thứ ba, cỏch thức tổ chức Tũa ỏn hiện hành gõy ra nhiều lóng phớ, biểu hiện ở chỗ nhiều tũa ỏn huyện chỉ cú 1 đến 2 thẩm phỏn mà vẫn phải cú một bộ mỏy hành chính, văn phũng với những đầu tư tốn kém về con người, cơ sở vật chất và tài chính… nhưng khơng sử dụng hết cơng suất do có số lượng án trên địa bàn của Tũa ỏn xảy ra ớt. Với những lý do trờn, thỡ việc đổi mới tổ chức và hoạt động của hệ thống. Tũa ỏn là đũi hỏi cấp thiết của nhiệm vụ cải cỏch tư pháp hiện nay.
Trên cơ sở đánh giá mơ hỡnh tổ chức Tồ ỏn hiện hành, Nghị quyết số 49/NQ của Bộ Chính trị về chiến lược cải cách tư pháp đó chỉ ra “Tổ chức hệ thống Toà ỏn theo thẩm quyền xột xử, khụng phụ thuộc vào đơn vị hành chính” [3, tr.5]. Đây là định hướng đứng đắn, đáp ứng được đũi hỏi trước mắt cũng như lâu dài đối với việc hoàn thiện hệ thống Toà án nước ta. Thay đổi
cách thức Tồ án từ việc dựa trên tiêu chí địa giới hành chính sang tiêu chí chức năng, thẩm quyền xét sử là sự đổi mới có tính chất then chốt, đột phá cải cách tư pháp, có ý nghĩa đảm bảo nguyên tác độc lập của Toà án, mặt khác đảm bảo được tính hiệu quả và hiệu lực của tồn bộ hệ thống Toà án, khắc phục được những hạn chế của hệ thống Toà ỏn hiện nay.
Chỉ trên cơ sở cơ cấu, tổ chức lại hệ thống Toà án một cách hợp lý thỡ mới đảm bảo cho Toà án hoạt động hiệu quả, từ đó nâng cao chất lượng và năng lực xét xử, phát huy được vai trũ của mỡnh trong việc thực hiện chức năng xét sử nói chung và việc đấu tranh phũng, chống tội phạm do NCTN thực hiện núi riờng.