Có hai biện pháp xử lý xâm phạm quyền cơ bản, thứ nhất là tự thỏa thuận và thứ hai là yêu cầu cơ quan nhà nước có thẩm quyền xử lý xâm phạm.
Giải quyết xâm phạm BMKD bằng biện pháp tự thỏa thuận là việc chủ sở hữu và người có hành vi xâm phạm tự thỏa thuận với nhau cách thức để xử lý đối với hành vi xâm phạm. Ví dụ: các bên thỏa thuận với nhau về mức bồi thường thiệt hại, bên thực hiện hành vi xâm phạm sẽ chấm dứt hành vi xâm phạm và trả khoản bồi thường thiệt hại đã thỏa thuận cho chủ sở hữu BMKD; hoặc các bên thỏa thuận để ký hợp đồng chuyển giao quyền sử dụng BMKD, khi đó bên xâm phạm quyền lại trở thành bên nhận chuyển giao quyền sử dụng hợp pháp… Biện pháp tự thỏa thuận chỉ áp dụng được khi các bên có thiện chí trong việc tìm ra giải pháp để giải quyết vấn đề và thực hiện đúng nội dung đã thỏa thuận với nhau. Tuy nhiên, biện pháp này có ưu điểm rất lớn, đặc biệt là đối với việc xử lý hành vi xâm phạm BMKD, đó là: khơng buộc phải bộc lộ BMKD cho thêm bất kỳ bên thứ ba nào khác (như tòa án hay cơ quan hành chính có thẩm quyền xử lý xâm phạm); các bên có thể giải quyết trong bí mật nên khơng gây tổn hại đến uy tín, danh tiếng của cả hai bên; duy trì được mối quan hệ hịa hảo giữa hai bên.
Giải quyết xâm phạm BMKD thông qua việc yêu cầu cơ quan nhà nước có thẩm quyền xử lý xâm phạm thì lại có thể chia ra thành ba biện pháp nhỏ hơn đó là biện pháp hành chính, biện pháp hình sự và biện pháp dân sự.
Khi chọn biện pháp hành chính, chủ sở hữu BMKD phải yêu cầu các cơ quan hành chính có thẩm quyền như thanh tra, quản lý thị trường, hải quan, công
an102 xử lý hành vi xâm phạm quyền, các cơ quan này sẽ áp dụng những biện pháp
hành chính theo quy định pháp luật để xử lý hành vi xâm phạm.
Biện pháp hình sự thì chỉ áp dụng được khi hành vi xâm phạm quyền đủ yếu tố cấu thành tội phạm và cơ quan xử lý là Tịa án có thẩm quyền. Biện pháp hình sự và biện pháp hành chính khơng bao giờ được áp dụng cùng lúc.
Biện pháp dân sự là biện pháp mà về mặt nguyên tắc quyền lợi của chủ sở hữu được đảm bảo nhất vì có chế định bồi thường thiệt hại cho chủ sở hữu có BMKD bị xâm phạm. Hơn nữa, biện pháp dân sự có thể được áp dụng song song
với biện pháp hành chính hoặc hình sự103. Khi lựa chọn áp dụng biện pháp dân sự,
chủ sở hữu BMKD phải tiến hành khởi kiện ra tòa án, tòa án chỉ thụ lý và giải quyết