Dòng vi khuẩn mang DNA plasmid có gen mong muốn đã được tách DNA plasmid và làm sạch sản phẩm. Sau đó, DNA plasmid được xác định trình tự nucleotide theo phương pháp của Sanger. Sau khi xử lý số liệu trình tự chủng RLB1 như sau:
AGAGTTTGAT CCTGGCTCAG AACGAACGCT GGCGGCAGGC CTAACACATG CAAGTCGAAC GATCTCTTCG GAGAGAGTGG CAGACGGGTG AGTAACGCGT GGGAACCTAC CTGGTGGTAC GGAATAACGC AGGGAAACTT GTGCTAATAC CGTATAAGCC CTTAGGGGGA AAGATTTATC GCCATTGAAT GGGCCCGCGT TGGATTAGCT TGTTGGTGGG GTAATGGCCT ACCAAGGCGA CGATCCATAG CTGGTCTGAG AGGATGATCA GCCACACTGG GACTGAGACA CGGCCCAGAC TCCTACGGGA GGCAGCAGTG AGGAATATTG GACAATGGGG GAAACCCTGA TCCAGCCATG CCGCGTGAGT GATGAAGGCC TTAGGGTTGT AAAGCTCTTT CACCGGCGAA GATAATGACG GTAGCCGGAG AAGAAGCCCC GGCTAACTTC GTGCCAGCAG CCGCGGTAAT ACGAAGGGGG CTAGCGTTGT TCGGAATCAC TGGGCGTAAA GCACACGTAG GCGGACTGTT TAGTCGGGGG TGAAATCCTG AGGCTCAACC TCAGAACTGC CTCCGATACT GACAGTCTAG AGTCCGGAAG AGGTGAGTGG AATTCCGAGT GGAGAGGTGA AATTCGTAGA TATTCGGAGG AACACCAGTG GCGAAGGCGG CTCACTGGTC CGGTACTGAC GCTGAGGTGC GAAAGCGTGG GGAGCAAACA GGATTAGATA CCCTGGTAGT CCACGCCGTA AACGATGAAT GCCAGCCGTC GGGGGGCATG CCCTTCGGTG GCGCAGTTAA CGCATTAAGC ATTCCGCCTG GGGAGTACGG TCGCAAGATT AAAACTCAAA GGAATTGACG GGGGCCCGCA CAAGCGGTGG AGCATGTGGT TTAATTCGAA GCAACGCGCA GAACCTTACC AGCCCTTGAC ATCCCGATCG CGAGGACCAG AGATGGACCT TTTCAGTTCG GCTGGATCGG AGACAGGTGC TGCATGGCTG
TCGTCAGCTC GTGTCGTGAG ATGTTGGGTT AAGTCCCGCA ACGAGCGCAA CCCTCGCCCT TAGTTGCCAG CATTCAGTTG GGCACTCTA AGGGGACTGC CGGTGATAAG CCGGAGGAAG GTGGGGATGA CGTCAAGTC CTCATGGCCC TTACGGGCTG GGCTACACAC GTGCTACATG GCGGTGACAA TGAGC
Trình tự chủng RLB1 có kích thước 1193 bp đúng với tính toán lý thuyết (căn cứ theo trình tự gen 16S rRNA của vi khuẩn và RLB). Điểm cắt của enzyme EcoRI cũng được tìm thấy ở vị trí khoảng 610 bp, điều này phù hợp với giả thuyết của chúng tôi về điểm cắt của enzyme EcoRI có mặt trong trình tự đoạn gen 16S rRNA của chủng RLB1. So sánh trình tự đoạn gen 16S rRNA của chủng RLB1 với các trình tự gen của các vi sinh vật đã được công bố trên ngân hàng gen thế giới và phân tích bằng phần mềm Blast 2.1 NCBI, độ tương đồng giữa chủng RLB1 với một số chủng vi sinh vật khác được xác định (bảng 3.4).
Bảng 3.4: Mức độ tương đồng đoạn gen mã hóa 16S rRNA của chủng RLB1 với một số chủng vi khuẩn khác
Tên vi sinh vật Mức độ tương đồng
Uncultured bacterium clone VIETMHD 16S
ribosomal RNA gene, partial sequence 99% Uncultured bacterium clone TANMHD 16S
ribosomal RNA gene, partial sequence. 96% Uncultured bacterium clone MOZMHD 16S
ribosomal RNA gene, partial sequence. 96%
Trình tự gen 16S rRNA của chủng RLB1 có mức tương đồng 99% với các vi khuẩn VIETMHD, 96% với vi khuẩn TANMHD và vi khuẩn MOZMHD. Theo Nunan và cộng sự (2007) tại đại học Arizona đã công bố chủng VIETMHD được giải trình tự từ máu tôm hùm nhiễm bệnh sữa ở Việt Nam vì vậy chủng RLB1 của chúng tôi có độ tương đồng cao tới 99% với chủng này. Chủng RLB1 có độ tương đồng 96% với các chủng TANMHD và MOZMHD do các chủng TANMHD, MOZMHD được lấy từ các nước Tanzania, Mozambique trên vật chủ là tôm sú bị nhiễm bệnh sữa cho thấy có sự khác biệt giữa các chủng Rickettsia gây bệnh sữa trên các đối tượng khác nhau cũng như vùng địa lý khác nhau [40].