Kính hiển vi điện tử truyền qua TEM (Transmision electron microscopy) là một thiết bị được sử dụng để nghiên cứu siêu cấu trúc của vật rắn. Phương pháp này sử dụng chùm điện tử có năng lượng cao chiếu xuyên qua mẫu vật rắn mỏng và sử dụng các thấu kính từ để tạo ảnh với độ phóng đại lớn (có thể lên tới hàng triệu lần).
Bonami và cộng sự (1980) đã sử dụng phương pháp kính hiển vi điện tử truyền qua để nghiên cứu siêu cấu trúc của RLO gây bệnh trên loài cua Carcinus mediterraneus. Mẫu được cố định trong dung dịch gồm 3% glutaraldehyde và 2%
osmium tetroxide 12 và được gắn epon. Cắt thành các phần siêu mỏng và nhuộm theo phương pháp của Reynold. Kết quả quan sát dưới kính hiển vi điện tử cho thấy có sự tồn tại của rất nhiều vi sinh vật ký sinh bên trong các không bào trong nguyên sinh chất. Chúng được phân biệt bởi một màng nguyên sinh chất và một vách tế bào. Chúng có dạng hình que, một vài trong số chúng phân đôi theo hình thức nhị phân [10].
Rena và cộng sự (1990) cũng đã sử dụng phương pháp kính hiển vi điện tử để nghiên cứu bệnh hoại tử gan tụy trên tôm thẻ chân trắng (P. vannamei). Kết quả quan sát dưới kính hiển vi điện tử (TEM) cho thấy sự tồn tại của 3 nhóm vi sinh vật chính là: RLO, vi khuẩn có dạng hình xoắn ốc và vi khuẩn dạng sợi. RLO gây bệnh trên đối tượng này có dạng hình que, kích thước 0,3 x 0,9 µm, tồn tại trong nguyên sinh chất, có một màng nguyên sinh chất và một vách tế bào [48].
Trong nghiên cứu về bệnh do RLB gây ra trên tôm sú (P. monodon), Nunan và cộng sự (2003) đã dùng kính hiển vi điện tử truyền qua (TEM) để phát hiện RLB. Tác giả đã phát hiện tế bào RLB có dạng que, kích thước 0,45 µm – 1,5 µm. RLB phân chia theo hình thức nhị phân [39].
Phương pháp kính hiển vi điện tử cũng được sử dụng trong nghiên cứu bệnh sữa ở loài cua châu Âu (Carcinus maenas) bởi Fiona Eddy và cộng sự (2007). Kết quả quan sát bằng kính hiển vi điện tử cho thấy các tác nhân gây bệnh sữa tồn tại trong các
đại thực bào trong các mô liên kết xung quanh các ống gan tụy. RLB nhân lên trong nguyên sinh chất của các đại thực bào cố định. Bên trong không bào của các tế bào bị nhiễm có các thể sợi myelin, còn RLB lại chiếm ưu thế ở vùng ngoại vi của màng nguyên sinh chất. Một số lượng lớn RLB cũng tồn tại tự do bên trong máu cua bệnh, số ít còn lại (<0.01 % tế bào kiểm tra) được tìm thấy bên trong nguyên sinh chất của tế bào máu [28].
Ở nước ta, nhóm nghiên cứu của Đỗ Thị Hòa và cộng sự (2009) cũng đã phát hiện RLB bằng kính hiển vi điện tử truyền qua (TEM). Theo kết quả của nhóm nghiên cứu, RLB gây bệnh sữa trên tôm hùm bông nuôi ở các tỉnh miền Trung Việt Nam có dạng cong nhiều như vành trăng khuyết, kích thước 1,5 – 2,5 µm, không có tiên mao, không có lông [2].