Vấnđề chất lượng và an toàn thực phẩm hiện luôn là mối quan tâm hàng đầu hiện nay. Đối với ngư dân, việc bảo quản cá lạnh là vấn đề cấp thiết. Thực tế hiện nay, phương pháp bảo quản cá sau thu hoạch trên tàu của ngư dân vẫn còn thô sơ,
chủ yếu bằng đá xay nên không đủ khả năng duy trì nhiệt độ bảo quản lạnh trong suốt thời gian khai thác, vận chuyển về cảng. Đa số tàu không có nhiệt kế, kiểm tra nhiệt độ bảo quản và nhật ký giám sát. Các điều kiện an toàn vệ sinh thực phẩm và đảm bảo nhiệtđộ cho cá trong quá trình bốc dỡ, bảo quản, vận chuyển tại cảng chưa đáp ứng đúng yêu cầu, ngư dân thường xếp hải sản nhiều hơn định mức dẫn đến cá bị bầm dập trước khi vào bờ, tạo điều kiện cho vi sinh vật thâm nhập sâu vào thịt cá, gây ảnh hưởng đến chất lượng. Trong khi đó, phương pháp đánh giá chất lượng chủ yếu và phổ biến là đánh giá theo cảm quan của doanh nghiệp, nậu vựa dẫn đến hiện tượng phân loại chất lượng cá không đồng đều, ngư dân thường bị ép giá, nếu cá bị xếp loại là cá mắm thì giá trị giảm hơn 1/2. Bên cạnh đó, phương thức mua xô đã làm cho ngư dân ít quan tâm đến việc xử lý và bảo quản cá sau đánh bắt làm cho cá về cảng thấp, giảm giá trị xuất khẩu.
Mặt khác, thời gian qua giá dầu tăng dẫn đến các chi phí đềutăng nên người dân đi biển đánh bắt dài ngày hơn, có một số hộ ngư dân do ý thức hạn chế đã sử dụng một số chất bảo quản cá, ảnh hưởng rất lớn đến tiêu thụ.
Ngư dân hiện cũng đã chú ý đầu tư nâng cấp tàu của họ và một số tàu cũng đã trang bị hầm lạnh chứa cá, tuy nhiên số lượng còn khá hiếm.
Theo thói quen lâu nay, các chủ nậu vựa thường sử dụng phương pháp ướp đá để bảo quản sản phẩm. Đá sử dụng hầu hết là đá xay. Mặt khác, do thiếu thông tin nên một số nậu vựa thường sử dụng các chất bảo quản dạng hóa chất và thuốc kháng sinh để kéo dài thời gian bảo quản và vận chuyển. Điều này đã làm giảm chất lượng cá, gây tác hại đến sức khỏe con người và ảnh hưởng đến chất lượng nguyên liệu thủy sản phục vụ cho xuất khẩu. Vì thế tính cạnh tranh của sản phẩm trên thị trường giảm đi đáng kể.
Tất cả các khâu trong hoạt động thu mua của người bán lẻ cũng như của người bán sỉ đều chưa được quy định hay kiểm soát về chất lượng. Các tác nhân trung gian này vẫn thường sử dụng hóa chất trong quá trình bảo quản để cho sản phẩm tươi lâu hơn nhằm kiếm lời. Trong khi đó, công ty chế biến rất khó khăn trong việc phát hiện vấn đề này. Nhưng người tiêu dùng rất khó phát hiện khi mua và sử dụng. Có thể
thấy, việc kiểm soát chất lượng sản phẩm ở những tác nhân trung gian này chưa được các cơ quan chức năng quan tâm và kiểm tra, kiểm soát.
Vấn đề chất lượng là một yếu tố đóng vai trò quyết định sự thành công hay thất bại của các công ty chế biến trên thị trường thực phẩm. Chất lượng của mặt hàng cá ngừ trong quá trình chế biến tại các công ty chế biến đều được quản lý theo các tiêu chuẩn của hệ thống HACCP, GMP, ISO 9001:2000… tùy theo yêu cầu của nhà nhập khẩu. Việc kiểm tra chất lượng được tiến hành xuyên suốt quá trình chế biến sản phẩm từ khâu đánh giá kiểm tra chất lượng cá ngừ Sọc Dưa nguyên liệu đầu vào đến các công đoạn sơ chế nguyên liệu. Ở mỗi một khâu nguyên liệu dịch chuyển tới đều được tiến hành kiểm tra để phát hiện ra lỗi sai và tiến hành xử lý ngay tại chỗ. Tuy nhiên vì các công đoạn chỉ tiến hành kiểm tra trên mẫu nên không tránh khỏi xác suất vẫn còn tồn tại những sản phẩm chưa đạt yêu cầu về vệ sinh và chất lượng do bị nhiễm thuốc kháng sinh và các hóa chất không cho phép.