Ngư dân
Quy định về truy xuất nguồn gốc thủy sản đánh bắt đang là một xu hướng chung của thế giới, và tất cả các nước muốn xuất khẩu vào EU đều phải tuân theo. Đối với ngư dân, việc khai báo nguồn gốc xuất xứ sản phẩm khai thác là vấn đề hết sức khó khăn. Trên thực tế, Khánh Hòa chưa hình thành được đội tàu khai thác quy mô lớn, ngư dân khai thác theo kiểu tự phát. Hầu hết ngư dân ra khơi riêng lẻ nên việc thông tin tới ngư dân về áp dụng các quy định mới rất khó khăn, có ngư dân còn không hề biết tới quy định IUU là gì, có người biết được thông qua các phương tiện truyền thông chứ chưa hề nghe một phổ biến chính thức nào từ các cơ quan quản lý. Có những ngư dân đã được phổ biến và hướng dẫn cụ thể nhưng họ vẫn chưa thể thay đổi thói quen khai thác lâu nay của mình, họ không quen với việc ghi nhật ký đánh bắt hàng ngày, bên cạnh đó một số ngư dân trình độ còn hạn chế thậm chí có ngư dân còn không biết chữ nên việc ghi nhật ký của họ cũng là một trở ngại lớn. Với ngư dân, việc ghi chép chính thức tọa độ cũng là một vấn đề phức tạp. Vì vậy, vấn đề cụ thể hóa vùng khai thác, ngày khai thác và phân biệt hết các loại thủy sản nhất là tên khoa học thì rất khó đối với ngư dân.
Nhìn chung, ngư dân hiểu còn rất mơ hồ về việc thực hiện các quy định truy xuất nguồn gốc này, giấy tờ, thủ tục thì lại phức tạp nên việc ngư dân thực hiện còn rất hiếm, số tàu vi phạm các quy định không ghi nhật ký hàng ngày để báo cáo vùng khai thác còn rất nhiều.
Nậu vựa
Việc truy xuất nguồn gốc đối với chủ nậu vựa hết sức khó khăn bởi các chủ nậu vựa không phải thu mua từ một tàu mà mua từ rất nhiều tàu khác nhau, giấy tờ thủ tục phức tạp nên rất nhiều nậu vựa không muốn thực hiện quy chế này. Chính vì vậy mà hiện nay đa số các nậu vựa vẫn chưa thực hiện việc truy xuất nguồn gốc.
Khó khăn nhất của các công ty chế biến hiện nay đó chính là vấn đề truy xuất nguồn gốc sản phẩm thủy sản khai thác. Hầu hết các công ty chế biến xuất khẩu thủy sản Khánh Hòa đều thu mua nguyên liệu qua các chủ nậu vựa tại các cảng cá