Quản lý nước theo lưu vực sông có sự khác biệt so với quản lý nước theo địa giới hành chính của các tỉnh ở chỗ phạm vi xem xét và giải quyết của quản lý nước ở đây là trên toàn bộ lưu vực sông, trong đó chức năng của quản lý nước có thể bao gồm hai loại, đó là: Đề ra các tiêu chuẩn, kiểm tra, điều hành các tổ chức chịu trách nhiệm quản lý vận hành các công trình khai thác sử dụng nước, quản lý và điều hành về tài nguyên nước trên toàn bộ lưu vực sông.
Việc xác định các chức năng và nhiệm vụ của tổ chức lưu vực sông phải tương xứng với yêu cầu quản lý của lưu vực sông trong thực tế, trong đó chú trọng những yêu cầu cốt yếu. Với một lưu vực sông cụ thể tuỳ theo tình hình thực tế và yêu cầu quản lý trong từng thời kỳ mà có thể lựa chọn một số chức năng chính và tối cần thiết để thực hiện trước. Các chức năng khác có thể đưa vào trong tiến trình thực hiện các giai đoạn sau.
Các chức năng có thể được thực hiện bởi các tổ chức lưu vực sông: [54]
+ Chức năng Phối hợp: tổ chức lưu vực sông có nhiệm vụ là một "diễn đàn phối hợp" về quản lý tài nguyên nước phù hợp với các tiêu chuẩn nước/tiêu chuẩn môi trường. Phạm vi quyền hành pháp (tức là quyền và trách nhiệm) của tổ chức lưu vực sông tốt hơn nên được quy định trong pháp luật về tài nguyên nước. Trong khi thực hiện nhiệm vụ của mình, các tổ chức mới nên tôn trọng những tổ chức và cơ cấu có chức năng quản lý nước đa mục đích đã tồn tại và hoạt động hiệu quả.
+ Chức năng Quản trị: để các tổ chức lưu vực sông hoàn thành chức năng quản trị, điều quan trọng là luật pháp phải quy định cơ cấu hành chính nội bộ trong tổ chức lưu vực sông.
+ Chức năng Phân phối: nếu các tổ chức lưu vực sông có sức mạnh để thực hiện chức năng này cho các cơ quan khác hoặc người sử dụng nhằm cải thiện tình hình sử dụng nước đa mục đích, pháp luật cần nêu rõ chính xác cách thức thực hiện chức năng này. Để đảm bảo cam kết của người sử dụng, pháp luật cung cấp và tạo điều kiện cho họ tham gia quản lý tài nguyên nước, vì rõ ràng không phải tất cả các chủ thể sẽ sẵn sàng thực hiện phán quyết của một tổ chức lưu vực sông.
+ Chức năng Tư vấn: ngoài vai trò điều phối, các lưu vực sông tổ chức có thể cung cấp các ý kiến tư vấn cho các cơ quan khác liên quan đến quản lý nước ở các lưu vực sông khi thực hiện các nghiên cứu cụ thể. Khía cạnh quan trọng của chức năng này bao gồm việc cung cấp thông tin về cân bằng tài nguyên nước
trong lưu vực sông cho cơ quan chịu trách nhiệm cấp giấy khai thác, sử dụng tài nguyên nước.
+ Chức năng Giám sát: tổ chức lưu vực sông có trách nhiệm giám sát nguồn nước trong lưu vực sông, trên toàn bộ chiều dài của lưu vực, và đối với tất cả hoạt động sử dụng tài nguyên của lưu vực. Điều này đòi hỏi sự tồn tại của các tiêu chuẩn đối với chất lượng và số lượng nước được dùng như là khuôn khổ pháp lý cho công tác giám sát. Tiêu chuẩn và các quy định này sẽ chỉ được tuân thủ nếu có các hình thức phạt đối với hành vi không tuân thủ.
+ Chức năng Trọng tài: kể từ khi tổ chức lưu vực sông là cơ quan phối hợp, nó cũng được coi là một thực thể thích hợp nhất để làm trọng tài viên trong các cuộc tranh chấp phát sinh giữa các chủ thể về sử dụng nước, cũng như để ngăn ngừa tranh chấp.