Nhiệm vụ và quyền hạn của Ủy ban lưu vực sông được quy định cụ thể tại các Quyết định thành lập các Ủy ban do Thủ tướng Chính phủ ban hành. Hiện nay, đã có ba Ủy ban lưu vực sông được thành lập, tựu chung lại có thể thấy nhiệm vụ và quyền hạn của các Ủy ban này như sau:
+ Tổ chức thực hiện, điều phối và giải quyết các vấn đề tổng thể mang tính liên ngành, liên vùng trong hoạt động khai thác, bảo vệ và phát triển bền vững môi trường sinh thái, cảnh quan lưu vực sông;
+ Tổ chức, hướng dẫn và chỉ đạo thống nhất việc thực hiện Đề án tổng thể lưu vực sông, báo cáo định kỳ tình hình thực hiện 6 tháng một lần với Thủ tướng Chính phủ;
+ Chỉ đạo việc rà soát các quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế- xã hội, quy hoạch ngành có liên quan đến lưu vực, kiến nghị cơ quan có thẩm điều chỉnh bổ sung quy hoạch theo phương pháp tiếp cận quản lý tổng hợp tài nguyên nước và phát triển bền vững;
+ Thống nhất và thông qua chương trình hành động, phê duyệt kế hoạch hoạt động 5 năm, hàng năm của Ủy ban lưu vực sông trên cơ sở Đề án tổng thể lưu vực sông đã được phê duyệt theo nguyên tắc đồng thuận và phối hợp giữa các tỉnh trong lưu vực sông; chỉ đạo việc thực hiện các chương trình, dự án đã được phê duyệt;
+ Phối hợp với các bộ, ngành có liên quan chỉ đạo, hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ trong bảo vệ và phát triển bền vững môi trường sinh thái cảnh quan lưu vực sông và việc triển khai các chương trình, dự án thực hiện Đề án tổng thể lưu vực sông.
+ Tham mưu xây dựng các cơ chế, chính sách về bảo vệ môi trường trong lưu vực; kiến nghị với Thủ tướng, các bộ, ngành, địa phương và cơ quan nhà nước có thẩm quyền về việc ban hành, sửa đổi, bổ sung các chính sách và văn bản quy phạm pháp luật nhằm thực hiện các hiệu quả Đề án và bảo đảm các mục tiêu về bảo vệ môi trường sinh thái, sử dụng hợp lý tài nguyên lưu vực sông;
+ Hình thành và vận hành hệ thống cung cấp thông tin chung về các vấn đề liên quan đến bảo vệ và phát triển bền vững môi trường sinh thái cảnh quan lưu vực sông và việc triển khai Đề án tổng thể lưu vực sông; theo dõi và yêu cầu Ủy ban nhân dân các tỉnh thuộc lưu vực sông báo cáo về tình hình thực hiện Đề án thuộc phạm vi trách nhiệm quản lý của mình;
+ Hợp tác với các tổ chức quốc tế và các tổ chức trong nước việc thực hiện các nhiệm vụ của Đề án tổng thể Lưu vực sông và thực hiện bảo vệ, phát triển bền vững lưu vực sông;
+ Kiến nghị với Thủ tướng về giải pháp xử lý những vấn đề bất đồng phát sinh giữa các tỉnh thuộc lưu vực sông trong công tác bảo vệ và phát triển bền vững môi trường sinh thái cảnh quan lưu vực sông và việc triển khai Đề án tổng thể lưu vực sông vượt quá thẩm quyền của UBND các tỉnh thuộc lưu vực sông;
+ Kiến nghị với Thủ tướng về việc sửa đổi, bổ sung các nội dung của Đề án, về kiện toàn hoặc giải thể tổ chức Ủy ban lưu vực sông.
Ủy ban lưu vực sông được thành lập đối với lưu vực sông thuộc Danh mục lưu vực sông lớn hoặc lưu vực sông thuộc Danh mục lưu vực sông liên tỉnh.
Danh mục lưu vực sông lớn được quy định tại điểm a khoản 2 Điều 6 Nghị định 120/NĐ-CP gồm: bao gồm các lưu vực sông Hồng, sông Thái Bình, sông Bằng Giang, sông Kỳ Cùng, sông Mã, sông Cả, sông Vũ Gia, sông Thu Bồn, sông Ba, sông Đồng Nai, sông Cửu Long (Mê Kông);
Danh mục lưu vực sông liên tỉnh được quy định tại điểm b khoản 2 Điều 6 Nghị định 120/NĐ-CP: bao gồm các lưu vực sông có diện tích lưu vực nằm trên địa bàn từ hai tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trở lên.
Lưu vực sông lớn có nhiều tiểu lưu vực sông liên tỉnh thì có thể thành lập Tiểu ban Lưu vực sông liên tỉnh;
Riêng đối với lưu vực sông nội tỉnh, việc điều phối các hoạt động bảo vệ môi trường nước, khai thác, sử dụng và phát triển tài nguyên nước, phòng, chống và giảm thiểu tác hại do nước gây ra trên lưu vực sông do Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh chỉ đạo.
Cơ cấu của Ủy ban lưu vực sông lớn: gồm đại diện lãnh đạo các Bộ, ngành liên quan, đại diện lãnh đạo Ủy ban nhân dân cấp tỉnh của một số tỉnh có lãnh thổ nằm trong lưu vực sông, đại diện một số đơn vị quản lý công trình khai thác, sử dụng tài nguyên nước có quy mô lớn (nếu có) do một Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường làm Chủ tịch Ủy ban.
Ủy ban Lưu vực sông liên tỉnh hoặc Tiểu ban Lưu vực sông liên tỉnh gồm đại diện lãnh đạo UBND cấp tỉnh của các tỉnh có lãnh thổ nằm trong lưu vực sông, đại diện Bộ TN&MT, các Bộ, ngành có liên quan khác và các đơn vị quản lý công trình bảo vệ, khai thác, sử dụng, phát triển tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước có quy mô lớn (nếu có) trong lưu vực sông. Chủ tịch Ủy ban là một lãnh đạo Ủy ban nhân dân cấp tỉnh do các tỉnh có lãnh thổ nằm trong lưu vực sông cử với nhiệm kỳ 02 năm theo chế độ luân phiên giữa các tỉnh.
Giúp việc cho các Ủy ban lưu vực sông là Văn phòng lưu vực sông đặt tại một đơn vị thuộc Bộ TN&MT. Văn phòng lưu vực sông có con dấu và tài khoản, biên chế riêng, kinh phí hoạt động do ngân sách nhà nước cấp trong kinh phí hoạt động hàng năm của Bộ TN&MT. Tổ chức và hoạt động của Văn phòng lưu vực sông do Bộ trưởng Bộ TN&MT quy định trên cơ sở thống nhất với Uỷ ban lưu vực sông.
Ngoài ra tại các tỉnh trong lưu vực sẽ có một Văn phòng điều phối Dự án tổng thể lưu vực sông, còn gọi là các văn phòng sông địa phương, đạt tại các Sở TN&MT thuộc các tỉnh lưu vực sông, có kinh phí hoạt động do ngân sách nhà nước cấp trong kinh phí hoạt động hàng năm của Sở TN&MT. Các thành viên Văn phòng sông địa phương này hoạt động theo cơ chế kiêm nhiệm. Tổ chức và hoạt động của Văn phòng sông địa phương do Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh quy định trên cơ sở thống nhất với Uỷ ban lưu vực sông.
.Nguồn tài chính hoạt động
Nguồn chi cho quản lý và bảo vệ môi trường lưu vực sông từ ngân sách nhà nước không được phân bổ thành mục chi riêng. Khoản chi này chủ yếu nằm trong ngân sách của Bộ TN&MT, Bộ NN&PTNT (đối với cấp trung ương) và Sở TN&MT, Sở NN&PTNT (đối với cấp địa phương).
- Tổng kinh phí đầu tư cho bảo vệ môi trường nói chung không ngừng tăng
(thực hiện các chủ trương và chỉ đạo của Nghị quyết số 41-NQ/TW của Bộ Chính trị, Bộ TN&MT đã, đang phối hợp Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch đầu tư lập đề án, tổ chức và triển khai chi 1% ngân sách hàng năm cho sự nghiệp môi trường). Tuy nhiên, cho đến nay đầu tư cho hoạt động bảo vệ môi trường lưu vực sông còn ít, chưa đáp ứng yêu cầu.
- Nguồn vốn: Trong thời gian qua, nguồn vốn cho công tác quản lý và bảo vệ
môi trường lưu vực sông đã từng bước được đa dạng hoá: ngân sách nhà nước, tài trợ quốc tế, đầu tư từ cộng đồng và khu vực tư nhân. Mặc dù vậy, hiện nay, đầu tư cho bảo vệ môi trường lưu vực sông chủ yếu là từ ngân sách nhà nước, các nguồn khác còn chiếm tỷ lệ rất nhỏ.
- Hiệu quả đầu tư: Tác dụng và hiệu quả sử dụng vốn còn hạn chế; Chưa xác định được các ưu tiên để đầu tư tập trung có trọng điểm, đầu tư còn trùng lặp [19].