Kết thúc vòng đàm phán Urugoay, đến năm 1995, Ủy ban Thương mại và Môi trường (CTE) của WTO, một cơ quan chuyên trách về các vấn đề liên quan đến thương mại và môi trường đã được thành lập. CTE bao gồm các thành viên của WTO và một số quan sát viên từ các tổ chức liên chính phủ. CTE ra đời với chức năng thống nhất mối quan hệ giữa thương mại và môi trường để thúc đẩy sự phát triển bền vững, đồng thời đưa ra các đề xuất thích hợp sửa đổi một số điều khoản của hệ thống thương mại đa phương, nhằm đạt được sự hài hịa giữa thương mại và mơi trường. Chức năng của CTE được quy định trong Hiệp định Marrakesh, đó là “xác định các mối liên hệ giữa thương mại và môi trường nhằm thúc đẩy phát triển bền vững”.
Tuy nhiên, các thành viên WTO cũng nhận thức được rằng, WTO không phải là tổ chức bảo vệ mơi trường. Nó chỉ có khả năng về chính sách phối hợp giữa lĩnh vực thương mại và môi trường được giới hạn bởi các chính sách thương mại và những khía cạnh của thương mại liên quan đến những chính sách về mơi trường, có ảnh hưởng quan trọng đối với thương mại, nhất là thương mại quốc tế.
Để giải quyết những mối liên quan giữa thương mại và môi trường, thành viên của WTO chỉ hoạt động dựa trên những quy định của WTO về việc giải quyết các vấn đề mơi trường. Tuy nhiên, họ tin tưởng rằng các chính sách về thương mại và mơi trường có thể bổ sung cho nhau. Bảo vệ mơi trường góp phần bảo tồn tài nguyên thiên nhiên dựa vào sự tăng trưởng kinh tế. Đồng thời, mở rộng tự do thương mại dẫn đến tăng trưởng kinh tế, góp phần đáp ứng các yêu cầu về bảo vệ môi trường. Để đi đến nhận thức này, vai trò của WTO là tiếp tục mở rộng tự do thương mại, đồng thời đảm bảo rằng các chính sách mơi trường khơng cản trở thương mại và các điều luật thương mại cũng khơng thể đại diện chính thức để bảo vệ môi trường theo mối quan tâm của một nước.
Vấn đề môi trường chiếm vị trí khá quan trọng trong các quy định của GATT/WTO. Điều này thể hiện khá rõ ngay trong lời nói đầu của Hiệp định Marrakesh: “… mở rộng sản xuất, thương mại hàng hóa và dịch vụ, trong khi đó
vẫn đảm bảo việc sử dụng tối ưu nguồn lực của thế giới theo đúng mục tiêu phát triển bền vững, bảo vệ và duy trì mơi trường và nâng cao các biện pháp để thực hiện điều đó…”. [34]
Trong hệ thống các văn kiện, thỏa thuận, hiệp định của GATT/WTO, có một số quy định liên quan trực tiếp tới vấn đề môi trường trong thương mại quốc tế. Trong số đó, đáng kể nhất là các Điều 1 và Điều 3 của GATT về việc không phân biệt đối xử, cũng như các mục của Điều 20 về ngoại lệ chung. Ngoài ra vấn đề môi trường được nêu trong các hiệp định khác, ví dụ như: Hiệp định trợ cấp và các biện pháp đối kháng; Hiệp định nông nghiệp; Hiệp định về các rào cản kỹ thuật đối với thương mại (TBT); Hiệp định về áp dụng các biện pháp vệ sinh kiểm dịch động thực vật (SPS); … Các điều khoản WTO liên quan đến vấn đề thương mại và bảo vệ mơi trường được trình cụ thể hơn ở dưới đây: