Số lượng loài cõy thuốc tại VQG Phong Nha – Kẻ Bàng và đồng bào dõn tộc sử dụng gồm cú 189 loài thuộc 153 chi của 72 họ thực vật. Tuy nhiờn, bước đầu điều tra nờn kết quả chưa đầy đủ. Trong đú, cú 8 loài nằm trong Sỏch đỏ Việt Nam (2007), cú 3 loài nằm trong Nghị định 32/CP của Chớnh phủ năm 2006. Đõy là tri thực bản địa và là nguồn tài nguyờn quý giỏ cho y dược học, cho cộng đồng dõn cư, đồng thời cú thể phỏt triển cỏc sản phẩm hàng húa địa phương phục vụ khỏch.
Nhiều loài thực vật khỏc cú giỏ trị kinh tế và khoa học đang bị đe dọa nguy cấp và rất nguy cấp ở mức độ toàn cầu như: Dipterocarpus kerrii (CR), Dipterocarpus turbinatus (CR), Dipterocarpus hasseltii (CR). Hopea chinensis (CR), Hopea hainanensis (CR), Hopea mollissima (CR), Hopea reticulata (CR), Hopea siamensis (CR), Vatica diospyroides (CR), Dalbergia bariaensis (EN), Dalbergia mammosa (EN), Erythrophleum fordii (EN), Hopea pierrei (EN), Vatica cinerea (EN).
Về động vật
Đó thống kờ được 735 loài động vật cú xương sống, với 127 loài bị đe dọa, trong đú cú 91 loài ghi trong sỏch đỏ Việt Nam, 72 loài ghi trong sỏch đỏ IUCN 2006, trong số 41 loài động vật đặc hữu cho dóy Trường Sơn cú 30 loài đặc hữu hẹp cho Việt Nam.
Thỳ: Việt Nam cú 224 loài thỳ sống trờn cạn thỡ ở Phong Nha đó ghi nhận được 132 loài thỳ, trong đú cú 46 loài được mụ tả trong sỏch Đỏ Việt Nam, 34 loài được ghi trong Sỏch đỏ IUCN 2006. Đặc biệt khu hệ thỳ cú tới 9 loài đặc hữu hẹp
cho dóy Trường Sơn, trong đú cú 2 loài đặc hữu của Việt Nam. Cú mặt ở đõy một số loài cú ý nghĩa khoa học, bị đe dọa nguy cấp và rất nguy cấp ở mức toàn cầu là Voọc Hà tĩnh Trachypithecus laotum hatinhensis (EN), Chà vỏ chõn nõu Pygathrix nemaeus (EN), Vượn đen mỏ trắng Nomacus leucogenys siki (EN), Hổ Panthera tigris (EN), Sao la Pseudoryx nghetinhensis (CR), Súc bay đen trắng Hylopetes alboniger (EN), Chú súi Cuon alpinus (EN)