Cỏc hoạt động, cơ sở hạ tầng và dịch vụ du lịch cú thể phỏt triển và quản lý hiệu quả nhất theo phõn vựng du lịch cụ thể để bảo đảm cỏc hoạt động du lịch diễn ra ở mức độ bền vững. Như thế sẽ đảm bảo một trải nghiệm du lịch chất lượng cao, khai thỏc tối đa lợi ớch bảo tồn và giảm thiểu tỏc động tiờu cực. Ba phõn khu du lịch cụ thể đề xuất thiết kế để hỗ trợ phỏt triển du lịch phự hợp với mục tiờu quản lý của VQG PNKB, Quyết định số 186/2006/QĐ-TTg về ban hành quy chế quản lớ rừng, Quyết định 104/2007/QĐ-BNN về việc ban hành quy định về quản lý hoạt động du lịch sinh thỏi tại cỏc Vườn quốc gia và Khu bảo tồn Thiờn nhiờn.
(1) Phõn khu hành chớnh và dịch vụ
Phõn khu này bao gồm cỏc cơ sở nghiờn cứu – thớ nghiệm khoa học, và dịch vụ du lịch, vui chơi giải trớ. Phõn khu Hành chớnh và Dịch vụ của VQG PNKB rộng khoảng 3.411 ha. Hiện tại khu vực này bao gồm hạ tầng phụ trợ (quản lý và nghiờn cứu khoa học) của VQG PNKB và cỏc điểm tham quan, cụng trỡnh phục vụ du lịch cú thể đỏp ứng được số lượng du khỏch với quy mụ lớn.
Khu vực từ ngó tư Quốc lộ 20 phớa cổng vào VQG PNKB. Khu vực này bao gồm chủ yếu là rừng phục hồi, địa chất karst, sụng, khu vực tổ chức cỏc hoạt động du lịch dựa vào thiờn nhiờn. Mụi trường tự nhiờn trong khu vực này cú chất lượng tương đối cao. Khu này đi lại dễ dàng với hệ thống đường hiện cú và gắn với cỏc điểm tham quan du lịch và cơ sở hạ tầng khỏc trong phõn khu DVHC. Cỏc điểm cú tiềm năng phỏt triển trong khu vực này bao gồm Vườn thực vật, Khu bỏn hoang dó, Rừng Gỏo, Hang E, Thung Tre, Hang Tối, sinh thỏi Nước Moọc và sụng Chày.
(2) Phõn khu phục hồi sinh thỏi
Phõn khu Phục hồi Sinh thỏi của VQG PNKB rộng khoảng 17.449 ha. Hiện nay khu vực này cú cỏc hoạt động du lịch hạn chế và phần lớn của khu vực tiếp đún rất ớt khỏch tham quan. Tuy nhiờn, một số điểm cú tiềm năng du lịch nằm trong khu vực này. Đõy là vựng cú tiềm năng lớn để phỏt triển du lịch sinh thỏi một cỏch cẩn trọng với lưu lượng du khỏch thấp. Cỏc khu vực ưu tiờn cho phỏt triển du lịch sinh thỏi sẽ là những khu vực xung quanh và trờn đường vào hang Thiờn Đường, hang
Mẹ Bồng Con, hang Vũm, Đền Tưởng niệm và hệ thống cỏc hang động cú thể tham quan từ bản A Rem bao gồm hang Hổ và hang Cỏ.
Tại nơi cỏc cộng đồng tại VQG PNKB và cỏc vựng lõn cận đang cư trỳ cú thể vào được. Bản A Rem cú tiềm năng hưởng lợi từ phỏt triển du lịch. Cỏc hoạt động du lịch trong khu vực như leo nỳi, ngắm thỳ rừng, cỏc hoạt động văn húa và mang đậm truyền thống sẽ giỳp cải thiện sinh kế, giảm ỏp lực về tài nguyờn thiờn nhiờn, và sẽ đem lại những trải nghiệm chất lượng cho du khỏch.
(3) Phõn khu Bảo vệ nghiờm ngặt
Phõn khu vực Bảo vệ nghiờm ngặt của VQG PNKB rộng khoảng 64.894 ha. mặc dự cú nguồn tài nguyờn thiờn nhiờn phong phỳ, nhưng do điều kiện tiếp cận khú khăn và ảnh hưởng bởi những chớnh sỏch chưa hợp lý trong quản lý và khai thỏc du lịch nờn hoạt động du lịch hiện nay ở khu vực này rất hạn chế.
Trờn cơ sở tài nguyờn du lịch hiện cú, phõn khu này phỏt triển du lịch sinh thỏi gắn với phổ cập kiến thức và nghiờn cứu khoa học, nhưng phải chỳ ý khụng chế số lượng du khỏch phự hợp để khụng ảnh hưởng đến tài nguyờn và mụi trường. Những khu vực ưu tiờn cho phỏt triển du lịch sinh thỏi là khu vực đỉnh U Bũ và hang ẫn, Hang Sơn Đũng, Hung Dạng, Hang Chà Nũi.