Chỉ trong vũng thời gian ngắn từ 1999 đến 2009, đó cú 15 loài mới được phỏt hiện trong VQG và cụng bố cho khoa học. Cho đến nay, Phong Nha- Kẻ Bàng là nơi duy nhất phõn bố của 15 loài mới này.
Trong số cỏc loài bũ sỏt một số loài bị đe dọa nguy cấp và rất nguy cấp ở mức độ toàn cầu như: Rựa hộp trỏn vàng (Cuora galbinifrons) - CR, Rựa hộp ba vạch (Cuora trifasciata) - CR, Rựa cõm (Mauremys mutica)- EN, Rựa sa nhõn (Pyxidea mouhotii) - EN, Rựa cổ sọc (Ocadia sinensis) EN, Rựa nỳi vàng
(Indotestudo elongata) -EN, Ba Ba gai (Palea steindachneri) - EN.
Khu hệ Cỏ: Sụng suối đa dạng và tớnh đặc thự dẫn đến sự đa dạng của khu hệ cỏ. Cỏc nhà khoa học đó điều tra được 124 loài trong khu vực. Cho tới nay, thành phần loài cỏ ở đõy được coi là đa dạng nhất trong cỏc khu rừng đặc dụng của Việt Nam.
Đặc biệt trong số đú cú tới 16 loài đặc hữu hẹp mới chỉ tỡm thấy ở VQG Phong Nha- Kẻ Bàng, 4 loài được ghi trong sỏch đỏ Việt Nam (2003) và 5 loài ghi trong sỏch đỏ IUCN 2006. Trong số cỏc taxa đặc hữu, cú tới 12 taxa là loài mới cụng bố cho khoa học được nghiờn cứu tại VQG.
Tắc kố Phong Nha
(Cyrtodactylus phongnhakebangensis)
Tắc kố Cryptus
(Cyrtodactylus cryptus).
Tắc kố Rosler
Cụn trựng: Sự đa dạng về địa hỡnh và cỏc sinh cảnh rừng cũng là điều kiện lý tưởng cho cỏc loài cụn trựng. Những điều tra bước đầu đó xỏc định được sự cú mặt của 369 loài cụn trựng thuộc 40 họ, 13 bộ. Trong số đú cú 270 loài bướm ngày, chiếm khoảng 1/4-1/5 tổng số loài bướm ngày đó phỏt hiện ở Việt Nam. Loài Celaenorrhinus incestus và Halpe pethethronix pagaia thuộc họ Hesperiidae trong Bộ cỏnh vảy (lepidoptera) là hai loài mới được A.L. Devyatkin mụ tả lần đầu tiờn ở Việt Nam năm 2000.
+ Cú một số động vật (chim, thỳ, bũ sỏt, cụn trựng, cỏ…) phong phỳ và điển hỡnh: Xỏc định một số tài nguyờn đạt tiờu chuẩn như sau:
- Loài điển hỡnh, cú thể khẳng định đõy là "cỏi nụi" của cỏc loài linh trưởng 10/24 loài và phõn loài linh trưởng của Việt Nam, trong đú loài Voọc Hà tĩnh (Trachypithecus laotum hatinhensia) chỉ cú ở khu vực Phong Nha - Kẻ Bàng và lõn cận. Năm 1998, cũng theo Phạm Nhật, ước tớnh khoảng 570 – 670 cỏ thể cho VQG Phong Nha- Kẻ Bàng. Hiện tại, nhiều đàn vẫn cũn phõn bố ở vỏch đỏ ven đường Hồ Chớ Minh. Nhiều đoàn làm phim vẫn được ghi hỡnh ảnh loài này trong rừng, dễ quan sỏt ngoài thực địa và từ đường quốc lộ.
- Khướu đỏ mun (Stachyris herberti) là loài mới cho khoa học, cú phõn bố hẹp mới chỉ tỡm thấy ở vựng nỳi đỏ thuộc VQG.
- Rắn lục sừng (Protobothrops cornutus ) và 13 loài bũ sỏt lưỡng cư vừa mới được tỡm thấy trong 10 năm qua chỉ mới phỏt hiện tại khu vực;
- Cỏ Chỡnh mun (Anguilla bicolor) là loài hiện nay cực kỳ hiếm thấy ở Việt Nam nhưng vẫn cú mặt ở khu vực này;
4.1.3 Tài nguyờn DLST nhõn văn
+ Bản sắc văn hoỏ dõn tộc
Trong quỏ trỡnh lao động sản xuất ra của cải vật chất, đồng bào dõn tộc ớt người ở VQG Phong Nha - Kẻ Bàng đó sỏng tạo ra những giỏ trị văn hoỏ tinh thần rất đặc sắc, mang đậm đà sắc thỏi riờng của mỡnh. Một số lễ hội và nghệ thuật đặc sắc của dõn cư vựng đệm và vựng lừi như Lễ hội đập trống của Tộc Macoong - Võn Kiều xó Thượng Trạch (15.1 õm lịch, Lễ hội lấp Lỗ, Lễ hội Đõm Trõu, Lễ hội Cầu mựa, nghệ thuật Hỏt Bội (Tuồng) của xó Hưng Trạch, huyện Bố Trạch vv…[8].