Trong quá trình lập dự toán NSNN hàng năm, phòng Tài chính - Kế toán phối hợp với các đơn vị trực thuộc hƣớng dẫn lập dự toán cho năm tiếp theo dựa trên số liệu đã thực hiện của năm trƣớc liền kề. Tuy nhiên trong quá trình lập dự toán NSNN các đơn vị còn lập chƣa sát với thực tế, chƣa có con số chi tiết cụ thể, thiếu thuyết minh nên gây khó khăn cho các cán bộ phòng Tài chính - Kế toán thẩm định dự toán cũng nhƣ khi tổng hợp số liệu giải trình với các cơ quan có thẩm quyền cấp phát kinh phí NSNN. Phát huy chức năng giám sát trƣớc khi chi Ngân sách làm cơ sở cho quá trình chấp hành và quyết toán ngân sách cần có các giải pháp để hoàn thiện công tác lập và phân bổ dự toán NSNN của Cục:
- Đặt công tác lập dự toán NSNN vào đúng vị trí quan trọng của nó, chấm dứt tình trạng tùy tiện, thiếu trách nhiệm trong việc lập dự toán NSNN hàng năm của các phòng hoặc yêu cầu các phòng lập dự toán theo đúng số kinh phí đƣợc cấp.
- Thực hiện đúng quy trình lập dự toán NSNN, quy định một cách cụ thể và chấp hành nghiêm ngặt thời gian lập dự toán ở các phòng với các mẫu biểu thống nhất và các định mức tiêu chuẩn rõ ràng, biên chế phù hợp với nhiệm vụ đƣợc giao.
- Dự toán NSNN của các phòng phải thể thiện đầy đủ chi tiết nội dung thu-chi (chi thƣờng xuyên và không thƣờng xuyên), trên cơ sở đó mới có thể xác định đƣợc kế hoạch NSNN tƣơng đối chính xác và tạo cơ sở cho việc kiểm soát chi tiêu ở các khâu tiếp theo.
- Công thức phân bổ đƣợc xây dựng chi tiết, rõ ràng, công khai và thống nhất theo tiêu chí phân bổ nhất định, việc lựa chọn tiêu chí để thích hợp vừa đạt đƣợc tính công bằng và đạt đƣợc hiệu quả chi NSNN.