Hiện nay, nhìn chung các NHTM được tổ chức theo mô hình quản trị hiện đại, trong đó tách bạch rõ ràng nhiệm vụ quyền hạn của chủ sở hữu, hội đồng quản trị, ban kiểm soát và ban điều hành. Về cơ bản, các cơ quan quản trị, điều hành, kiểm soát của ngân hàng đều đủ về số lượng, chất lượng từng bước được chuẩn hóa đảm bảo các điều kiện, tiêu chuẩn tối thiểu về đạo đức và trình độ chuyên môn theo quy định của Nghị định số 59/2009/NĐ-CP ngày 16/07/2009 về tổ chức và hoạt động của NHTM( Nghị định số 59)
Trong những năm qua, cùng với sự tăng trưởng nhanh về quy mô hoạt động, hầu hết các NHTM đã tăng cường đáng kề số lượng nhân sự trong bộ máy quản trị, điều hành. Song song với sự gia tăng về số lượng là sự nâng cao về chất lượng của các nhân sự chủ chốt. Đa số các nhân sự chủ chốt tại các NHTM đều là những người có trình độ chuyên môn và kinh nghiệm trong lĩnh vực tài chính ngân hàng, am hiểu pháp luật. Hội đồng quản trị, ban điều hành của một số ngân hàng thương mại cổ phần như Techcombank, Tienphongbank,VPBank, Eximbank đã có sự tham gia của các thành viên người nước ngoài. Một số các ngân hàng đã thành lập các Uỷ ban chuyên trách trực thuộc Hội đồng quản trị, bổ sung thành viên hội đồng quản trị độc lập.
Tuy nhiên, hiện tại, vẫn còn một số NHTM chưa đảm bảo mô hình quản trị phù hợp với pháp luật hiện hành( Luật Doanh nghiệp 2005, Nghị định số 59). Các NHTM 100% vốn Nhà nước vẫn giữ mô hình Hội đồng quản trị với các thành viên do Nhà nước bổ nhiệm, đồng thời Nhà nước cũng bổ nhiệm Tổng giám đốc, Ban kiểm soát. Tổng giám đốc giữ vai trò chủ đạo trong đa số các quyết định của ngân hàng, vai trò của Hội đồng quản trị mờ nhạt không đảm bảo cơ chế kiểm soát giữa các cơ quan quản trị điều hành, vi phạm các nguyên tắc quản trị ngân hàng lành mạnh.
Tại các NHTM Nhà nước, kể cả NHTM Nhà nước đã cổ phần hóa, vai trò trách nhiệm của chủ sở hữu Nhà nước còn mờ nhạt, trách nhiệm của các cơ quan quản trị, kiểm soát, điều hành ngân hàng trước chủ sở hữu không rõ ràng, do đó hạn chế hiệu quả của cơ chế kiểm soát và quản trị ngân hàng.
Ngoài ra, tại phần lớn các NHTM, bao gồm tất cả các NHTM Nhà nước kể cả 2 NHTM Nhà nước đã cổ phần hóa và nhiều NHTM cổ phần, Hội đồng quản trị đều chưa có thành viên hội đồng quản trị độc lập và chưa thành lập
cac ủy ban chuyên môn trự c thuộc hội đồng quản trị theo quy định của Nghị định số 59 và Luật tổ chức tín dụng 2010, ngoại trừ một vài NHTM đã quan tâm đến việc nâng cao tầm hoạt động của bộ máy quản trị điều hành bằng việc mời các chuyên gia giỏi tham gia hội đồng quản trị với tư cách thành viên hội đồng quản trị độc lập hay thành lập các ủy ban trực thuộc hội đồng quản trị.
Hiện nay, ngoại trừ Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển nông thôn chưa đưa bộ phận kiểm toán nội bộ đi vào hoạt động, tất cả các NHTM khác đều đã thành lập và vận hành chức năng kiểm toán nội bộ, thiết lập hệ thống kiểm soát nội bộ theo đúng quy định của pháp luật. Nhiều ngân hàng đã xây dựng được một đội ngũ kiểm soát viên khá đông đủ tại tất cả các bộ phận nghiệp vụ của ngân hàng như dịch vụ khách hàng và thẩm định, hỗ trợ tín dụng, kế toán giao dịch, thanh toán quốc tế, nguồn vốn, kinh doanh ngoại tệ…Hoạt động kiểm toán nội bộ đã được triển khai tập trung vào một số nghiệp vụ, hoạt động có độ rủi ro cao và đã đưa ra các kết luận, khuyến nghị kịp thời.
Tuy nhiên, công tác kiểm toán nội bộ tại các NHTM hiện còn rất nhiều bất cập. Bộ phận kiểm toán nội bộ của các NHTM hiện vẫn mang nặng tính hình thức, chưa thực sự phát huy vai trò của kiểm toán nội bộ, chưa đủ kha năng đánh giá chất lượng của hệ thống kiểm soát nội bộ. Hoạt động kiểm toán nội bộ chưa có công nghệ phù hợp để thu thập, xử lý thông tin một cách hiệu quả, khoa học. Chất lượng đội ngũ kiểm toán viên chưa cao, số lượng không đủ so với quy mô hoạt động của ngân hàng, thiếu nhiều cán bộ kiểm toán có kỹ năng và nghiệp vụ chuyên sâu, chậm phát hiện những tồn tại của ngân hàng. Phương pháp kiểm toán chưa thực hiện trên cơ sở rủi ro mà vẫn chỉ là phương pháp hậu kiểm, chủ yếu kiểm toán theo sự vụ, mảng nghiệp vụ, chưa ban hành đầy đủ các quy trình kiểm toán cho các mặt nghiệp vụ.Tại nhiều ngân hàng, chưa có sự hợp tác giữa cán bộ kiểm toán nội bộ tại Hội sở và các chi
Hệ thống kiểm soát nội bộ của các NHTM mặc dù được thiết lập theo quy định, song vẫn chưa đầy đủ, chưa đảm bảo tính hiệu lực và hiệu quả của các khâu kiểm soát nội bộ, vẫn để xảy ra nhiều vụ việc sai phạm quy trình nghiệp vụ, hồ sơ tín dụng… Các NHTM chưa quan tâm đúng mức đến việc tự rà soát, đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ.
Năng lực quản trị điều hành của các NHTM đã có nhiều chuyển biến tích cực trong những năm gần đây. Nhiều NHTM cổ phần đã có những biến đổi lớn về tư duy trong công tác quản trị, điều hành, mức độ kiến tạo và đầu tư cho bộ máy quản trị, điều hành, tổ chức nhân sự ngày càng được nâng cao rõ nét. Một số NHTM cổ phần có quy mô hoạt động lớn như Sacombank, ACB, Techcom bank đã quan tâm xây dựng bộ máy quản trị, điều hành tiến gần với thông lệ quốc tế, các cơ quan trong bộ máy quản trị điều hành được phân định chức năng nhiệm vụ rõ ràng. Một số ngân hàng cũng đã thuê các tổ chức uy tín của nước ngoài xây dựng lại sơ đồ, cơ cấu tổ chức bộ máy cho phù hợp với quy mô hoạt động mới, phù hợp với các nguyên tắc quản trị điều hành tiên tiến. Một số ngân hàng đã có các chuyên gia nước ngoài tham gia bộ máy quản trị điều hành. Đa số các ngân hàng đã thực hiện nguyên tắc tập thể trong quản trị, điều hành.
Tuy nhiên, so với các chuẩn mực quản trị quốc tế và quy định hiện hành của Nghị định số 59 cũng như Luật tổ chức tín dụng 2010, năng lực quản trị điều hành của các NHTM hiện còn hạn chế. Mức độ hạn chế có sự khác biệt giữa các loại hình NHTM chủ yếu do đặc thù về cơ cấu chủ sở hữu.
Tại các NHTM Nhà nước chưa cổ phần hóa, đặc thù về mô hình tổ chức, cơ cấu và lề lối quản trị điều hành theo cơ chế cũ kéo dài trong nhiều năm đã hạn chế năng lực quản trị điều hành tại các ngân hàng này. Vừa qua, việc
điều chỉnh theo cơ cấu quản trị mới có nảy sinh vướng mắc về tư tưởng, môi trường đoàn kết trong nội bộ một số ngân hàng.
Tại các NHTM Nhà nước đã cổ phần hóa, Nhà nước vẫn giữ 80- 90% vốn (Ngân hàng Ngoại thương: 90,72%; Ngân hàng Công thương: 88,9%), bên cạnh chủ sở hữu Nhà nước đóng vai trò chi phối là các cổ đông nhỏ lẻ, trong đó phần lớn là người lao động tại các ngân hàng này. Hiện tại, vai trò đại diện vốn sở hữu Nhà nước tại các NHTM Nhà nước đã cổ phần hóa đã được xác định (giao cho Ngân hàng Nhà nước). Tuy nhiên, việc Nhà nước tiếp tục giữ tới 90% vốn tại các NHTM Nhà nước đã cổ phần hóa vẫn khiến năng lực quản trị, điều hành tại các NHTM này chưa có sự chuyển biến về căn bản.
Tại các NHTM cổ phần, cơ cấu cổ đông khá đa dạng, gồm Doanh nghiệp Nhà nước, Công ty cổ phần, Doanh nghiệp khác và các cổ đông thể nhân. Thực tế, các cổ đông pháp nhân ít phát sinh việc chuyển nhượng cổ phần, có tính ổn định cao hơn cổ đông thể nhân. Hiện tại, ngoại trừ ba ngân hàng có số lượng cổ đông dưới 100( Đông Nam A, Bắc A, Việt Nam Thương Tín) còn lại tất cả các NHTM cổ phần khác đều đã trở thành công ty đại chúng. Đã có 10/37 NHTM cổ phần có cổ đông chiến lược nước ngoài( Techcombank, VPBank, HBB, Seabank, OCB, EIB, Phương Nam, Sacombank, ACB, ABB). Các NHTM đều báo cáo tuân thủ tỷ lệ sở hữu cổ phần của cổ đông theo quy định, tuy nhiên trên thực tế vẫn còn tồn tại một số ngân hàng có một số cổ đông hoặc nhóm cổ đông chiếm tỷ trọng cổ phần lớn, có thể chi phối định hướng hoạt động của ngân hàng như SCB. Tại một số NHTM cổ phần, phong cách quản trị điều hành chưa được đổi mới, vai trò của Ban kiểm soát mờ nhạt, tính minh bạch trong quản trị, điều hành chưa cao, nhân sự điều hành thường xuyên thay đổi do kém hấp dẫn đối với cán bộ giỏi. Ngoài ra, vẫn còn hiện tượng hoạt động quản trị, điều hành tại một số ít ngân hàng tập trung
trọng cổ phần lớn, có thể chi phối quyết đinh trọng yếu của ngân hàng. Điều này dẫn đến tình trạng ngân hàng hoạt động phục vụ chủ yếu lợi ích của một nhóm người, thiếu cơ chế minh bạch trong quản trị, điều hành, khả năng rủi ro cao. Hơn nữa, trước thực tế số lượng ngân hàng gia tăng, quy mô và mạng lưới hoạt động tăng trưởng mạnh, nhiều ngân hàng đang phải đối mặt với sự khan hiếm nguồn nhân lực chất lượng cao.
Tại các ngân hàng liên doanh, chủ sở hữu là các thành viên góp vốn tham gia liên doanh, trong đó, một bên đối tác trong nước là các NHTM Nhà nước và bên đối tác nước ngoài là các ngân hàng nước ngoài. Mô hình quản trị hiện tại trong các liên doanh chưa tách bạch nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan quản trị, kiểm soát, điều hành. Cơ cấu quản trị chưa đảm bảo về số lượng và chất lượng, nhiều thành viên ban kiểm soát còn vi phạm về vấn đề kiêm nhiệm hiện đã và đang phần nào hạn chế năng lực quản trị của các ngân hàng.
Tại các ngân hàng 100% vốn nước ngoài, với mô hình ngân hàng trách nhiệm hữu hạn một thành viên do ngân hàng mẹ sở hữu 100% vốn điều lệ, năng lực quản trị, điều hành của các ngân hàng này sẽ có ưu thế hơn so với các ngân hàng trong nước do được kế thừa kinh nghiệm quản trị, điều hành, quy trình quản lý nội bộ theo quy chuẩn của ngân hàng mẹ, nhân sự chủ chốt đều là những người có trình độ học vấn cao, có kinh nghiệm hoạt động ngân hàng quốc tế và phần lớn là người nước ngoài.