Quản lý thuế nhập khẩu sau thông quan thuận lợi hay khó khăn còn phụ thuộc vào ý thức chấp hành pháp luật của đối tượng nộp thuế, nếu đa số đối tượng nộp thuế tuân thủ pháp luật thì quá trình kiểm tra, giám sát sẽ dễ dàng hơn, thời gian thông quan hàng hóa sẽ nhanh hơn. Ngược lại, nếu có nhiều đối tượng nộp thuế cố tình trốn tránh, chây ỳ trong việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế thì công việc quản lý của có quan Hải quan sẽ phức tạp hơn rất nhiều, thậm chí còn gặp nguy hiểm, nguy cơ mất mát cán bộ rất lớn. Hơn nữa, tình trạng nợ đọng thuế, gian lận thương mại chủ yếu do đối tượng nộp thuế có thái độ không tuân thủ pháp luật về thuế. Để phân biệt những đối tượng kém ý thức tuân thủ, cơ quan Hải quan áp dụng quản lý rủi ro vào quy trình quản lý thuế nhập khẩu sau thông quan. Đây là một bước đột phá trong cải cách thủ tục hành chính của cơ quan Hải quan, hỗ trợ cơ quan hải quan trong việc
tập trung bố trí, sắp xếp nguồn vào quản lý có hiệu quả đối với các lĩnh vực, các đối tượng được xác định là có đọ rủi ro tuân thủ cao. Cơ chế quản lý rủi ro cũng tạo thuận lợi cho hoạt động thương mại, khuyến khích sự tuân thủ tự giác của đối tượng quản lý. Hiện nay, để phân luồng hồ sơ khai thuế của người nộp thuế, hệ thống quản lý rủi ro chủ yếu dựa vào các thông tin về đối tượng nộp thuế như tính chấp hành pháp luật về thuế của người nộp thuế, hàng hóa xuất khẩu, hàng hóa nhập khẩu, tính ngẫu nhiên … Những căn cứ là cơ sở để cơ quan hải quan xếp loại đối tượng nộp thuế vào ba loại: có ý thức tuân thủ tốt; có ý thức tuân thủ trung bình; có ý thức tuân thủ kém. Trên cơ sở phân loại như vậy cơ quan Hải quan sẽ tập trung quản lý các đối tượng nộp thuế có ý thức tuân thủ kém.