Mặc dù đã đạt được một số kết quả nhất định nhưng nhìn chung sản xuất rau hữu cơ tại thành phố Bắc Kạn còn rất nhiều khó khăn và hạn chế. Sản xuất rau hữu cơ tại thành phố Bắc Kạn còn tồn tại nhưng hạn chế sau:
Thứ nhất, số lượng hộ tham gia sản xuất và diện tích rau hữu cơ còn nhỏ. Số lượng tổ chức, cá nhân tham gia sản xuất rau hữu cơ tại thành phố Bắc Kạn còn ít, tuy có phát triển nhưng tốc độ còn chậm. Ngoài một số hộ nông dân nhỏ lẻ và 03 hợp tác xã thì trên địa bàn thành phố hiện chưa có một doanh nghiệp nào đầu tư vào lĩnh vực này. Diện tích sản xuất có tăng lên nhưng mới chỉ chiếm 0,02% diện tích đất nông nghiệp của địa phương.
Thứ hai, năng suất của các mô hình sản xuất rau hữu cơ còn thấp hơn so với các vùng sản xuất tại các tỉnh, thành phố khác. Năng suất rau hữu cơ tại thành phố Bắc Kạn mới chỉ đạt từ 5,5 tấn/ha đến 6,2 tấn/ha trong khi năng suất tại một số vùng sản xuất rau hữu cơ lân cận như Sóc Sơn (Hà Nội) khoảng 16 tấn/ha, Lương Sơn (Hòa Bình) đạt trung bình 9,5tấn/ha một năm. Bên cạnh đó, chủng loại sản phẩm của các mô hình sản xuất cũng chưa đa dạng, chưa tương xứng với tiềm năng phát triển của địa phương. Hiện mới chỉ
cung cấp được 11 loại rau hữu cơ các loại. Ngoài việc tăng năng suất sản phẩm thì việc đa dạng hóa các sản phẩm cũng là một nội dung quan trọng. Bởi vì, nhu cầu của thị trường phong phú và thay đổi không ngừng. Các sản phẩm rau hữu cơ tại thành phố Bắc Kạn chưa đa dạng chứng tỏ năng lực cạnh tranh của các nhà sản xuất chưa được nâng cao, chưa đáp ứng sự thay đổi thường xuyên, liên tục của thị trường.
Thứ ba, tiêu thụ rau hữu cơ còn khó khăn, sản phẩm chưa được cấp chứng nhận theo tiêu chuẩn. Tình hình tiêu thụ gặp nhiều khó khăn do toàn bộ các sản phẩm rau hữu cơ sản xuất ra trên địa bàn thành phố Bắc Kạn hiện chưa được Nhà nước và các tổ chức có liên quan cấp giấy chứng nhận theo tiêu chuẩn của sản phẩm nông nghiệp hữu cơ, chưa có sản phẩm nào tạo dựng được thương hiệu cao trên thị trường. Điều này là một trở ngại rất lớn trong việc tìm kiếm thị trường tiêu thụ cho sản phẩm. Tình hình tiêu thụ gặp nhiều khó khăn tất yếu sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến doanh thu và lợi nhuận.
Thứ tư, các đề án, kế hoạch, hành động cụ thể thúc đẩy phát triển rau hữu cơ chưa có. Mặc dù chính quyền địa phương đã quan tâm và thực hiện nhiều chính sách để phát triển ngành nông nghiệp của thành phố nhưng những chính sách trên mới chỉ mang tính chất phát triển chung cho ngành, chưa có những đề án, kế hoạch cụ thể cho sự phát triển riêng của các sản phẩm rau hữu cơ. Các tổ chức, cá nhân tham gia vào sản xuất rau hữu cơ còn gặp nhiều khó khăn về vốn, kiến thức, mặt bằng sản xuất, thương hiệu, thị trường tiêu thụ... và chưa được sự hỗ trợ kịp thời từ các cấp chính quyền địa phương.